56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1362 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  100 
 
 		 218 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  79.63 
 
 		 222 aa  372  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  68.37 
 
 		 222 aa  312  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  65.58 
 
 		 221 aa  310  1e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  65.58 
 
 		 221 aa  310  1e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  65.58 
 
 		 221 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  65.58 
 
 		 221 aa  308  5e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  65.12 
 
 		 223 aa  305  5.0000000000000004e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  60.93 
 
 		 218 aa  288  4e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  61.5 
 
 		 214 aa  270  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  59.62 
 
 		 214 aa  269  2.9999999999999997e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  58.69 
 
 		 220 aa  265  4e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  52.97 
 
 		 220 aa  233  2.0000000000000002e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  55.35 
 
 		 228 aa  231  6e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  54.63 
 
 		 220 aa  230  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  48.86 
 
 		 239 aa  220  9.999999999999999e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  50.69 
 
 		 223 aa  217  1e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.52 
 
 		 212 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.46 
 
 		 228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  43.32 
 
 		 219 aa  162  3e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.33 
 
 		 222 aa  154  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  43.98 
 
 		 230 aa  153  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.86 
 
 		 227 aa  153  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.09 
 
 		 224 aa  151  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.12 
 
 		 222 aa  151  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.2 
 
 		 222 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.74 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.19 
 
 		 222 aa  148  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.74 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  38.43 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.56 
 
 		 241 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.22 
 
 		 236 aa  146  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  41.67 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.5 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  40 
 
 		 222 aa  143  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.1 
 
 		 234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0840  anti-sigma factor, ChrR  40.27 
 
 		 230 aa  137  8.999999999999999e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_003296  RS00891  hypothetical protein  39.35 
 
 		 226 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  42.39 
 
 		 192 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.38 
 
 		 224 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1968  anti-Sigm factor, ChrR  41.13 
 
 		 150 aa  100  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.603561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  31.9 
 
 		 243 aa  92.4  5e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  29.82 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.76 
 
 		 117 aa  56.6  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.76 
 
 		 117 aa  56.6  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.67 
 
 		 231 aa  55.1  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  36.76 
 
 		 114 aa  55.1  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3257  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.97 
 
 		 206 aa  53.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442246  normal  0.111032 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  34.85 
 
 		 228 aa  46.6  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.89 
 
 		 246 aa  46.6  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6860  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.74 
 
 		 136 aa  44.3  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  42.31 
 
 		 223 aa  43.9  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  31 
 
 		 212 aa  43.1  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  27.47 
 
 		 213 aa  42.7  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3894  cupin 2 conserved barrel domain protein  30.77 
 
 		 156 aa  42  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.186133 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.89 
 
 		 262 aa  41.6  0.009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>