45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_1853 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  100 
 
 		 188 aa  368  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  91.98 
 
 		 198 aa  343  7e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  92.97 
 
 		 198 aa  343  8.999999999999999e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  92.93 
 
 		 187 aa  341  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  91.89 
 
 		 198 aa  338  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  92.43 
 
 		 198 aa  337  5e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  84.18 
 
 		 204 aa  306  8e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  79.68 
 
 		 205 aa  306  9e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  83.62 
 
 		 201 aa  305  3e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  78.38 
 
 		 204 aa  296  1e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2553  rhomboid family protein  62.64 
 
 		 202 aa  217  7.999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0621154  normal  0.0170558 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  61.26 
 
 		 209 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2350  rhomboid family protein  68.63 
 
 		 200 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0538538  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2047  rhomboid family protein  65.24 
 
 		 171 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285623  normal  0.248889 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  54.91 
 
 		 218 aa  195  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2063  rhomboid family protein  63.37 
 
 		 194 aa  189  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1827  hypothetical protein  63.1 
 
 		 205 aa  180  8.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02194  membrane protein, Rhomboid family  47.65 
 
 		 194 aa  150  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.411202  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2148  rhomboid family membrane protein  45.86 
 
 		 206 aa  126  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  48.25 
 
 		 162 aa  125  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004038  membrane protein  42.2 
 
 		 183 aa  124  7e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03896  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1088  integral membrane protein  42.7 
 
 		 186 aa  122  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  43.23 
 
 		 186 aa  120  9e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2522  rhomboid family membrane protein  40.72 
 
 		 195 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1567  hypothetical protein  43.45 
 
 		 183 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.018833  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0169  Rhomboid family protein  36.54 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.406273  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  37.96 
 
 		 193 aa  72  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3112  rhomboid family protein  34.24 
 
 		 199 aa  62  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2892  putative transmembrane protein  32.48 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2486  hypothetical protein  31.84 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2655  hypothetical protein  31.01 
 
 		 206 aa  51.2  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  32.35 
 
 		 579 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1467  hypothetical protein  25.44 
 
 		 211 aa  48.9  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4990  peptidase S54-type, rhomboid-like protein  33.33 
 
 		 220 aa  45.8  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25145  normal  0.208438 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0020  Rhomboid family protein  27.7 
 
 		 242 aa  45.8  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.430888  normal  0.257082 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  28.3 
 
 		 569 aa  43.9  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0800  rhomboid family protein  30.12 
 
 		 181 aa  43.9  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0104  rhomboid family protein  26.78 
 
 		 279 aa  43.5  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.465909  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  29.07 
 
 		 282 aa  43.1  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  30.26 
 
 		 286 aa  43.5  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  26.79 
 
 		 292 aa  42.4  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3791  rhomboid family protein  28.71 
 
 		 284 aa  41.6  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  36.05 
 
 		 303 aa  41.6  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  27.59 
 
 		 365 aa  41.2  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0162  rhomboid family GlpG protein  25 
 
 		 289 aa  41.2  0.009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.562352  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>