24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3793 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3793  hypothetical protein  100 
 
 		 379 aa  771    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0419  hypothetical protein  37.24 
 
 		 395 aa  234  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1096  glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase  37.12 
 
 		 383 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3029  glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase  34.77 
 
 		 421 aa  218  1e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1799  glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase  37.85 
 
 		 395 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1602  glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase  37.01 
 
 		 425 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1149  hypothetical protein  29.89 
 
 		 395 aa  157  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1348  hypothetical protein  27.78 
 
 		 408 aa  73.6  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06675  hypothetical protein  25.87 
 
 		 374 aa  70.1  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0431  hypothetical protein  25.28 
 
 		 374 aa  67.8  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.94677  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4040  outer membrane protein  23.79 
 
 		 379 aa  67  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4057  outer membrane protein  23.86 
 
 		 379 aa  66.6  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0207  hypothetical protein  25 
 
 		 378 aa  60.5  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0792797 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3342  Outer membrane protein/protective antigen OMA87-like protein  23.96 
 
 		 358 aa  56.2  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.501978  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0320  hypothetical protein  27.17 
 
 		 416 aa  50.4  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5722  hypothetical protein  22.18 
 
 		 364 aa  49.3  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2138  hypothetical protein  26.7 
 
 		 382 aa  49.3  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3252  outer membrane protein  23.79 
 
 		 378 aa  47.8  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2446  surface antigen (D15)  24.51 
 
 		 359 aa  46.2  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1599  surface antigen (D15)  23.46 
 
 		 367 aa  46.2  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0482  hypothetical protein  25 
 
 		 388 aa  44.7  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000379744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2510  putative outer membrane protein  23.85 
 
 		 376 aa  43.1  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.854029  normal  0.567275 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0541  hypothetical protein  25.66 
 
 		 388 aa  43.1  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0408675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0660  hypothetical protein  29.52 
 
 		 388 aa  43.1  0.009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000211177  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>