134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3906 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3906  hypothetical protein  100 
 
 		 427 aa  815    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.394161 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3797  hydroxypyruvate reductase  84.78 
 
 		 423 aa  610  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.430898  normal  0.277754 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3071  putative hydroxypyruvate reductase/glycerate kinase  85.01 
 
 		 423 aa  597  1e-169  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.212031  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2329  hydroxypyruvate reductase  54.67 
 
 		 432 aa  414  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.162481  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2118  glycerate 2-kinase  54.68 
 
 		 426 aa  409  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0976  hydroxypyruvate reductase  56.78 
 
 		 429 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0906913  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1449  hydroxypyruvate reductase oxidoreductase protein  57.31 
 
 		 446 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.618251  normal  0.42713 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3177  hydroxypyruvate reductase  58.61 
 
 		 428 aa  401  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000791929 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3717  Hydroxypyruvate reductase  53.83 
 
 		 420 aa  382  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2115  hydroxypyruvate reductase  53.5 
 
 		 440 aa  383  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0122606 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3609  MOFRL domain protein  53.59 
 
 		 419 aa  383  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3154  Hydroxypyruvate reductase  54.42 
 
 		 439 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.941324 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1132  hydroxypyruvate reductase  56.54 
 
 		 435 aa  370  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1122  hydroxypyruvate reductase  51.88 
 
 		 440 aa  365  1e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.468975  normal  0.520204 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1434  hydroxypyruvate reductase  50.23 
 
 		 438 aa  364  2e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3921  Hydroxypyruvate reductase  53.16 
 
 		 446 aa  363  3e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.152569  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3263  glycerate 2-kinase  55.37 
 
 		 420 aa  361  1e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3481  Hydroxypyruvate reductase  53.46 
 
 		 439 aa  361  1e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.866282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3451  glycerate 2-kinase  52.69 
 
 		 443 aa  360  2e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1042  Hydroxypyruvate reductase  51.64 
 
 		 440 aa  361  2e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3865  hydroxypyruvate reductase  50.84 
 
 		 424 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.57883  normal  0.36576 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4300  hydroxypyruvate reductase  50.6 
 
 		 424 aa  359  5e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4659  Hydroxypyruvate reductase  56.94 
 
 		 419 aa  359  5e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1113  hydroxypyruvate reductase  55.61 
 
 		 448 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1644  Hydroxypyruvate reductase  51.56 
 
 		 421 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3625  hydroxypyruvate reductase  50.36 
 
 		 424 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1569  hydroxypyruvate reductase  50.12 
 
 		 424 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.305775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1721  hydroxypyruvate reductase  52.8 
 
 		 447 aa  352  1e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.374264  normal  0.0199208 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1160  hydroxypyruvate reductase  56.03 
 
 		 439 aa  350  2e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.370064  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2309  hydroxypyruvate reductase  50.12 
 
 		 426 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.866459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1461  Hydroxypyruvate reductase  51.43 
 
 		 424 aa  348  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.012769  normal  0.0639524 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2839  MOFRL  50.95 
 
 		 421 aa  347  2e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.127402  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1595  glycerate 2-kinase  48.92 
 
 		 424 aa  347  3e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00618023  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1018  hydroxypyruvate reductase  49.88 
 
 		 448 aa  345  7e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.49104  normal  0.460124 
 
 
-
 
NC_004310  BR0355  hydroxypyruvate reductase, putative  48.23 
 
 		 428 aa  345  8e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4311  hydroxypyruvate reductase  50.84 
 
 		 422 aa  343  2e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0372  putative hydroxypyruvate reductase  48.23 
 
 		 448 aa  343  4e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.236389  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0928  hydroxypyruvate reductase  55.74 
 
 		 460 aa  342  7e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3163  hydroxypyruvate reductase  52.63 
 
 		 423 aa  338  8e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3046  Hydroxypyruvate reductase  53 
 
 		 415 aa  336  5e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.418895  normal  0.698329 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1319  hydroxypyruvate reductase  55.5 
 
 		 422 aa  335  1e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.136183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3294  glycerate 2-kinase  52.15 
 
 		 435 aa  333  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.805027  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0654  MOFRL domain protein  56.79 
 
 		 419 aa  333  4e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45030  hypothetical protein  49.28 
 
 		 421 aa  332  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3833  hypothetical protein  49.04 
 
 		 421 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2772  glycerate 2-kinase  49.88 
 
 		 424 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0569344  normal  0.431109 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1715  Hydroxypyruvate reductase  53.96 
 
 		 421 aa  327  3e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.497663 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4629  hydroxypyruvate reductase  51.28 
 
 		 440 aa  326  5e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5562  hydroxypyruvate reductase  47.55 
 
 		 404 aa  322  6e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.912561  normal  0.104542 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0461  hydroxypyruvate reductase  47.38 
 
 		 424 aa  322  8e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.38588  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3104  hydroxypyruvate reductase  48.56 
 
 		 418 aa  317  3e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3926  hydroxypyruvate reductase  50.36 
 
 		 407 aa  309  6.999999999999999e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9119  hydroxypyruvate reductase  47.6 
 
 		 411 aa  307  2.0000000000000002e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1267  hydroxypyruvate reductase  52.62 
 
 		 422 aa  306  4.0000000000000004e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.315917  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2372  hydroxypyruvate reductase  55.16 
 
 		 424 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.137273  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2209  hydroxypyruvate reductase  50.12 
 
 		 444 aa  304  3.0000000000000004e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0477  hydroxypyruvate reductase  50.13 
 
 		 374 aa  288  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5964  MOFRL domain protein  48.8 
 
 		 434 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3775  MOFRL domain-containing protein  49.53 
 
 		 413 aa  282  7.000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.801472  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0405  MOFRL  46.12 
 
 		 432 aa  282  8.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0774334 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1889  hydroxypyruvate reductase  42.86 
 
 		 450 aa  280  2e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000303684  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0377  Hydroxypyruvate reductase  44.83 
 
 		 432 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.487635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2464  hydroxypyruvate reductase  50.96 
 
 		 421 aa  279  6e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.222248  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5205  hydroxypyruvate reductase  49.04 
 
 		 434 aa  275  9e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.37508  normal  0.0772192 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0362  Hydroxypyruvate reductase  45.18 
 
 		 432 aa  275  9e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.228357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0463  hydroxypyruvate reductase  45.14 
 
 		 437 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00870475  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0099  Hydroxypyruvate reductase  42.75 
 
 		 443 aa  271  1e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7083  putative hydroxypyruvate reductase  45.31 
 
 		 426 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0486  putative hydroxypyruvate reductase oxidoreductase protein  46.06 
 
 		 432 aa  269  8e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.214637 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0433  hydroxypyruvate reductase  48.24 
 
 		 424 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03376  Hydroxypyruvate reductase  40.81 
 
 		 409 aa  266  5.999999999999999e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2230  hydroxypyruvate reductase  44.53 
 
 		 451 aa  265  2e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2747  hydroxypyruvate reductase  45.77 
 
 		 437 aa  264  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2974  Hydroxypyruvate reductase  45.77 
 
 		 437 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.845005 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0207  hydroxypyruvate reductase  42.46 
 
 		 459 aa  263  6e-69  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1207  hydroxypyruvate reductase  37.86 
 
 		 417 aa  262  8e-69  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00103634  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2869  Hydroxypyruvate reductase  46 
 
 		 437 aa  262  1e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5683  Hydroxypyruvate reductase  46.6 
 
 		 428 aa  261  2e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.272807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0126  hydroxypyruvate reductase  46.26 
 
 		 439 aa  261  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.448884 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2000  Hydroxypyruvate reductase  46.84 
 
 		 426 aa  260  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1248  hydroxypyruvate reductase  37.62 
 
 		 417 aa  258  1e-67  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1425  Hydroxypyruvate reductase  42.92 
 
 		 424 aa  258  2e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1897  hydroxypyruvate reductase  45.67 
 
 		 438 aa  253  6e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.216641 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1997  hydroxypyruvate reductase  49.42 
 
 		 458 aa  250  3e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.05256 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2615  hydroxypyruvate reductase  44.59 
 
 		 422 aa  249  7e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0659  hydroxypyruvate reductase  45.77 
 
 		 428 aa  248  1e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3915  MOFRL domain-containing protein  43.8 
 
 		 443 aa  248  2e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.470316 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0806  Hydroxypyruvate reductase  42.86 
 
 		 496 aa  246  6e-64  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.490664  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2854  glycerate 2-kinase  47.38 
 
 		 428 aa  245  9.999999999999999e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0534  hydroxypyruvate reductase  36.43 
 
 		 415 aa  245  9.999999999999999e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0143531  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0566  hypothetical protein  42.49 
 
 		 428 aa  242  7e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2031  hydroxypyruvate reductase  43.45 
 
 		 447 aa  241  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.560327 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0944  Hydroxypyruvate reductase  43.25 
 
 		 439 aa  240  4e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0451317  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2759  Hydroxypyruvate reductase  45.69 
 
 		 317 aa  237  2e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1573  hydroxypyruvate reductase  42.54 
 
 		 452 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0993833  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1502  Hydroxypyruvate reductase  41.03 
 
 		 446 aa  233  5e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1253  hydroxypyruvate reductase  35.57 
 
 		 412 aa  233  5e-60  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000356699  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3389  Hydroxypyruvate reductase  46.75 
 
 		 453 aa  230  4e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.911945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3272  hydroxypyruvate reductase  49.43 
 
 		 458 aa  229  6e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.571627 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2751  glycerate 2-kinase  43.8 
 
 		 486 aa  228  1e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>