152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0053 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA27  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.841539  normal  0.0659835 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0064  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.304655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0006  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0343832 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0065  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0062  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0374221  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0066  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0001  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0033  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.404585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0063  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0037  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0565757  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0035  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.481386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0035  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170326  normal  0.471041 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0014  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0052  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.35698  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0045  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.602401 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t27  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4572  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0050  tRNA-Met  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0050  tRNA-Met  87.67 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000143302  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0055  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0020  tRNA-Met  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929177  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0074  tRNA-Met  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224698  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0015  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.325787  normal  0.15681 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0045  tRNA-Met  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0049  tRNA-Met  87.69 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.175239  decreased coverage  0.00156348 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6037  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.018397  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5708  tRNA-Met  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5722  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00777466  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-1  tRNA-Met  89.58 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000949861  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-8  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00195943  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-7  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-8  tRNA-Met  89.58 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.657815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-1  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0139099  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-4  tRNA-Met  89.58 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000411015  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0844  tRNA-Met  89.58 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.639074  normal  0.0213952 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-5  tRNA-Met  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-7  tRNA-Met  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000084992  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0084  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1608  tRNA-Met  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.838152 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5024  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000167007  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5809  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00220616  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0074  tRNA-Met  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0565222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5791  tRNA-Met  89.58 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0222  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000871168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4993  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4296  tRNA-Met  89.58 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000610451 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0129  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000915038  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0133  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0204958  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4409  tRNA-Met  89.58 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00224529  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-3  tRNA-Met  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  87.18 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  87.18 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0052  tRNA-Met  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0052  tRNA-Met  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.52519  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0030  tRNA-Met  85.71 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0049  tRNA-Met  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.404758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.763657  normal  0.753454 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0004  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0021  tRNA-Met  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0114234  normal  0.0173767 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0070  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0320721  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0019  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Met-1  tRNA-Met  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2524  tRNA-Met  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2383  tRNA-Met  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>