20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4757 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4757  hypothetical protein  100 
 
 		 506 aa  1023    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5238  hypothetical protein  30.51 
 
 		 437 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.413163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4251  hypothetical protein  29.6 
 
 		 375 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5454  hypothetical protein  27.57 
 
 		 424 aa  78.6  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.131248  decreased coverage  0.00950425 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  37.88 
 
 		 279 aa  52.8  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  34.74 
 
 		 296 aa  51.2  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  34.67 
 
 		 255 aa  50.4  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  36.92 
 
 		 284 aa  50.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  29.13 
 
 		 266 aa  48.9  0.0002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  36.07 
 
 		 270 aa  49.3  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.67 
 
 		 268 aa  46.2  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  36.51 
 
 		 273 aa  46.6  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  36.14 
 
 		 267 aa  47  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6567  hypothetical protein  37.97 
 
 		 428 aa  45.8  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1337  lytic transglycosylase catalytic  30.56 
 
 		 408 aa  44.7  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545884  normal  0.0328335 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1355  lytic transglycosylase, catalytic  30.56 
 
 		 408 aa  44.3  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0669029  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  35.79 
 
 		 278 aa  43.9  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4056  hypothetical protein  31.78 
 
 		 460 aa  43.9  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000056515 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.18 
 
 		 231 aa  43.5  0.009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.33 
 
 		 355 aa  43.5  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>