297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0005 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    92.86 
 
 		 90 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  103  7e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  89.29 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0081  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000367206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0091  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00307776  normal  0.28235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0099  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.70942  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t070  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130156  normal  0.270394 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t059  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191448  hitchhiker  0.0000692537 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t061  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.011458  hitchhiker  0.000000339916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00263589  hitchhiker  0.000000337052 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0040  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.66072  hitchhiker  0.00010969 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0035  tRNA-Ser  89.33 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0029  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0019  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309153  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309077  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.537864  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309109  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.701033  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  86.84 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000138039  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0091  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000323323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0034  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000648564  hitchhiker  0.0000599111 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0034  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.014999  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0023  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0059  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000260642  normal  0.0200922 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0140  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0049  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000491375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0059  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0067  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000783692  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0084  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0117481  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0022  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000743808  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0066  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.758388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0092  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.742735  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0118  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00112512  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0048  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0033  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210279  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0058  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481148  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  88.33 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  85.53 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  85.53 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0033  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323834  hitchhiker  0.00000000664377 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0061  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0952351  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0032  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000241794  hitchhiker  0.000000080319 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0468  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>