23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3236 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3236  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 178 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.076369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2197  TPR repeat-containing protein  77.84 
 
 		 178 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0670804 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5172  hypothetical protein  51.81 
 
 		 181 aa  164  9e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.163802  normal  0.262777 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0399  TPR repeat-containing protein  30.23 
 
 		 178 aa  70.5  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.704918  normal  0.472286 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3432  TPR repeat-containing protein  34.95 
 
 		 153 aa  68.6  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3118  TPR repeat-containing protein  28.74 
 
 		 181 aa  68.6  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.202741  normal  0.0573831 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2884  hypothetical protein  30.17 
 
 		 177 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.181441  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2305  TPR repeat-containing protein  34.38 
 
 		 307 aa  67  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0431  Tetratricopeptide domain protein  29.07 
 
 		 178 aa  64.7  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.603844 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4454  TPR repeat-containing protein  38.54 
 
 		 177 aa  62.8  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1754  TPR repeat-containing protein  33.06 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.107491  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2801  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.07 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318638  normal  0.053059 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3065  hypothetical protein  27.49 
 
 		 186 aa  57.8  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0081027  normal  0.712309 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0360  tetratricopeptide TPR_2  24.24 
 
 		 160 aa  54.7  0.0000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3702  TPR repeat-containing protein  30.69 
 
 		 166 aa  49.3  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.604438 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1010  tetratricopeptide TPR_2  28.57 
 
 		 181 aa  48.5  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2074  TPR repeat-containing protein  32.53 
 
 		 163 aa  46.2  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3457  TPR repeat-containing protein  35.24 
 
 		 152 aa  44.3  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0407  TPR repeat-containing protein  40.35 
 
 		 177 aa  44.3  0.0009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644736  normal  0.04042 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3199  TPR repeat-containing protein  38.95 
 
 		 565 aa  43.5  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.714786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1170  hypothetical protein  28.92 
 
 		 195 aa  42.4  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2363  hypothetical protein  40.74 
 
 		 344 aa  42  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000181348  normal  0.018049 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2439  TPR repeat-containing protein  30.61 
 
 		 923 aa  41.2  0.008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.427579  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>