35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1193 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1193  hypothetical protein  100 
 
 		 327 aa  652    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.867096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1065  hypothetical protein  82.26 
 
 		 327 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.350622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4984  Ribosomal small subunit Rsm22  76.95 
 
 		 322 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4375  hypothetical protein  69.28 
 
 		 321 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.623348  normal  0.0519493 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2609  hypothetical protein  59.77 
 
 		 348 aa  374  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.782998  normal  0.345897 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3231  methyltransferase type 12  59.05 
 
 		 356 aa  347  2e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2317  hypothetical protein  63.16 
 
 		 326 aa  347  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1520  hypothetical protein  42.9 
 
 		 321 aa  246  4.9999999999999997e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1591  ribosomal small subunit Rsm22  41.07 
 
 		 323 aa  243  3e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0197095  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1574  hypothetical protein  42.59 
 
 		 321 aa  242  7e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3030  hypothetical protein  40.38 
 
 		 318 aa  223  3e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1532  Ribosomal small subunit Rsm22  39.24 
 
 		 336 aa  222  6e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1586  hypothetical protein  40.06 
 
 		 325 aa  218  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4032  methyltransferase type 11  40.88 
 
 		 321 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.541283  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2693  ribosomal small subunit Rsm22  37.76 
 
 		 326 aa  199  3.9999999999999996e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000108375  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3744  rRNA methylase-like protein  37.2 
 
 		 338 aa  190  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000177024 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1138  ribosomal small subunit Rsm22  37.2 
 
 		 354 aa  189  5e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.169783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2135  Ribosomal small subunit Rsm22  42.07 
 
 		 332 aa  172  5.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.3641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2411  methyltransferase type 12  38.71 
 
 		 340 aa  168  1e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.321714  normal  0.120209 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3860  Ribosomal small subunit Rsm22  39.1 
 
 		 327 aa  143  5e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.713494  normal  0.163136 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00390  3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase, putative  24.4 
 
 		 1030 aa  66.6  0.0000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33329  predicted protein  34.51 
 
 		 664 aa  65.5  0.000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.335485 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43745  predicted protein  28.83 
 
 		 585 aa  57.4  0.0000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0989203  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04613  37S ribosomal protein Rsm22 (AFU_orthologue; AFUA_2G02290)  27.15 
 
 		 855 aa  55.8  0.0000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1834  hypothetical protein  44.44 
 
 		 659 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0081  hypothetical protein  25.77 
 
 		 462 aa  54.3  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0403  methyltransferase type 12  29.89 
 
 		 396 aa  53.9  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0431  Methyltransferase type 12  29.35 
 
 		 430 aa  52.8  0.000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0432  Methyltransferase type 12  29.35 
 
 		 418 aa  52.8  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2077  hypothetical protein  32.07 
 
 		 982 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.183603 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5894  Ribosomal small subunit Rsm22  29.7 
 
 		 394 aa  52.4  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1399  Ribosomal small subunit Rsm22  36.73 
 
 		 973 aa  50.8  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4168  ribosomal small subunit Rsm22  30.82 
 
 		 417 aa  50.1  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.202008  normal  0.1784 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2712  hypothetical protein  27.68 
 
 		 576 aa  50.1  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.837106  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3565  ribosomal small subunit Rsm22  37.63 
 
 		 346 aa  48.5  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0396648  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>