18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4624 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4624  agarase  100 
 
 		 456 aa  931    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2702  Beta-agarase  54.82 
 
 		 475 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0145383  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2419  agarase  53.97 
 
 		 450 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.720611  normal  0.0278267 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3029  agarase  54.05 
 
 		 451 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.933436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50830  hypothetical protein  30.72 
 
 		 757 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861457 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3553  hypothetical protein  30.45 
 
 		 658 aa  153  7e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1147  Beta-agarase  27.33 
 
 		 755 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.821905  normal  0.315056 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2644  GTPase EngC  28.21 
 
 		 793 aa  139  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal  0.285653 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4289  Beta-agarase  27.88 
 
 		 744 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19460  Agarase  27.86 
 
 		 801 aa  137  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1226  hydrolase, putative  28.61 
 
 		 826 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2642  agarase  26.12 
 
 		 782 aa  136  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1162  Beta-agarase  28.57 
 
 		 744 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1126  Beta-agarase  26.6 
 
 		 782 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000931505 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1176  agarase  24.53 
 
 		 777 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000515097  unclonable  0.0000000139638 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2081  hypothetical protein  25.95 
 
 		 471 aa  130  4.0000000000000003e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.40014  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2640  agarase  26.77 
 
 		 813 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.503821  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1971  agarase  26.18 
 
 		 793 aa  124  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0111275  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>