18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3029 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2702  Beta-agarase  69.46 
 
 		 475 aa  642    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0145383  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3029  agarase  100 
 
 		 451 aa  917    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.933436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2419  agarase  82.17 
 
 		 450 aa  720    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.720611  normal  0.0278267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4624  agarase  54.05 
 
 		 456 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1147  Beta-agarase  33.42 
 
 		 755 aa  170  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.821905  normal  0.315056 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2081  hypothetical protein  27.6 
 
 		 471 aa  169  9e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.40014  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2642  agarase  29.97 
 
 		 782 aa  169  9e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1226  hydrolase, putative  32.03 
 
 		 826 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4289  Beta-agarase  32.97 
 
 		 744 aa  163  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1162  Beta-agarase  32.22 
 
 		 744 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3553  hypothetical protein  31.07 
 
 		 658 aa  162  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1126  Beta-agarase  31.94 
 
 		 782 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000931505 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2644  GTPase EngC  30.67 
 
 		 793 aa  160  4e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal  0.285653 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50830  hypothetical protein  29.81 
 
 		 757 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861457 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19460  Agarase  31.23 
 
 		 801 aa  157  5.0000000000000005e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1176  agarase  28.04 
 
 		 777 aa  153  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000515097  unclonable  0.0000000139638 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1971  agarase  28.22 
 
 		 793 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0111275  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2640  agarase  28.18 
 
 		 813 aa  136  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.503821  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>