47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4628 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4628  hypothetical protein  100 
 
 		 88 aa  184  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.500562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3510  hypothetical protein  72.94 
 
 		 87 aa  134  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1895  hypothetical protein  82.09 
 
 		 87 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.77292  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03471  hypothetical protein  63.41 
 
 		 97 aa  109  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10110  hypothetical protein  62.5 
 
 		 88 aa  107  7.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00000257436  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3659  hypothetical protein  49.4 
 
 		 85 aa  86.7  9e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1934  hypothetical protein  53.85 
 
 		 85 aa  83.6  8e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.217137  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0654  hypothetical protein  42.86 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5578  hypothetical protein  51.81 
 
 		 88 aa  77  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.551337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2249  hypothetical protein  44.19 
 
 		 90 aa  75.5  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1210  hypothetical protein  46.38 
 
 		 86 aa  72.4  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4948  hypothetical protein  42.5 
 
 		 92 aa  71.6  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2353  signal peptide protein  47.06 
 
 		 88 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.736967  normal  0.448479 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4514  signal peptide protein  42.35 
 
 		 88 aa  67  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.606517  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2421  hypothetical protein  42.5 
 
 		 92 aa  66.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.440157  normal  0.369294 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6191  hypothetical protein  38.37 
 
 		 91 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1883  hypothetical protein  35.29 
 
 		 90 aa  62.4  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4934  hypothetical protein  50 
 
 		 90 aa  60.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.424983 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6036  hypothetical protein  35.23 
 
 		 88 aa  57.8  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0234756  normal  0.35879 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2808  hypothetical protein  35.71 
 
 		 84 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1490  hypothetical protein  35.71 
 
 		 84 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.260417 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3285  hypothetical protein  33.71 
 
 		 104 aa  54.3  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0921239 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3147  putative signal peptide protein  36.36 
 
 		 96 aa  50.8  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311509  hitchhiker  0.000526488 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1115  hypothetical protein  35.37 
 
 		 122 aa  49.7  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1810  hypothetical protein  35.94 
 
 		 99 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6260  hypothetical protein  28.75 
 
 		 86 aa  49.7  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.640166  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5391  hypothetical protein  29.07 
 
 		 141 aa  49.7  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6030  hypothetical protein  36.76 
 
 		 74 aa  48.5  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.14614 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3215  hypothetical protein  32.43 
 
 		 126 aa  47.4  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.650914  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1289  hypothetical protein  32.43 
 
 		 126 aa  47.4  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.955521  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2915  hypothetical protein  34.57 
 
 		 85 aa  46.2  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0234113  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2736  hypothetical protein  31.71 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0672  hypothetical protein  32.39 
 
 		 147 aa  45.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.440129  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0783  hypothetical protein  32.39 
 
 		 147 aa  45.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.143696  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0560  hypothetical protein  32.39 
 
 		 147 aa  45.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0902  hypothetical protein  33.8 
 
 		 151 aa  45.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0923953  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5167  hypothetical protein  26.67 
 
 		 140 aa  45.4  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2075  hypothetical protein  32.39 
 
 		 147 aa  45.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136356  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1625  hypothetical protein  32.39 
 
 		 147 aa  45.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.045031  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1303  hypothetical protein  36.36 
 
 		 92 aa  44.7  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7166  hypothetical protein  35.71 
 
 		 98 aa  44.7  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.600167  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0527  putative signal peptide protein  29.03 
 
 		 89 aa  43.9  0.0008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0511  putative signal peptide protein  29.03 
 
 		 89 aa  43.9  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.768838  normal  0.0104186 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1978  hypothetical protein  30.99 
 
 		 147 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.682299  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0491  hypothetical protein  30.99 
 
 		 147 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.787236  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5694  hypothetical protein  38.18 
 
 		 92 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167146  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4086  hypothetical protein  32.2 
 
 		 111 aa  42  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.752726  normal  0.368049 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>