59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2820 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2820  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 101 aa  206  6e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0314331 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34370  antisigma-factor antagonist STAS domain protein  83.17 
 
 		 101 aa  178  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1783  hypothetical protein  78.22 
 
 		 101 aa  167  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20770  hypothetical protein  79.21 
 
 		 101 aa  167  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4364  anti-sigma-factor antagonist  68.32 
 
 		 101 aa  143  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1503  anti-sigma-factor antagonist  68.32 
 
 		 101 aa  143  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.696241  normal  0.186135 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3925  anti-sigma-factor antagonist  67.33 
 
 		 101 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.406637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1992  anti-sigma-factor antagonist  65 
 
 		 107 aa  138  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3689  anti-sigma-factor antagonist  66.34 
 
 		 101 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1541  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  61.39 
 
 		 99 aa  134  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.875009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3452  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  66.02 
 
 		 115 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.466044  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1963  STAS domain protein  64.08 
 
 		 100 aa  130  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.259711  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2180  flagellar basal-body rod protein FlgB  56.44 
 
 		 129 aa  107  8.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2158  anti-sigma-factor antagonist  53 
 
 		 101 aa  105  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.809632  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3441  anti-sigma-factor antagonist  55.68 
 
 		 100 aa  100  7e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2416  anti-sigma-factor antagonist  46 
 
 		 112 aa  94.4  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.015086 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3579  anti-sigma-factor antagonist  43.81 
 
 		 105 aa  92  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2957  anti-sigma-factor antagonist  44.32 
 
 		 100 aa  82.8  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0733  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  46.07 
 
 		 101 aa  82.4  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.515917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1038  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  38.61 
 
 		 100 aa  80.5  0.000000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3533  hypothetical protein  47.5 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3069  hypothetical protein  40.43 
 
 		 109 aa  67.8  0.00000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401391 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1593  anti-sigma-factor antagonist  36.63 
 
 		 101 aa  67.4  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01716  putative anti-sigma factor antagonist  38 
 
 		 101 aa  67.4  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0440  anti-sigma-factor antagonist  42.42 
 
 		 101 aa  67  0.00000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0996499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2225  anti-sigma-factor antagonist  41.86 
 
 		 100 aa  64.3  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.999685 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3117  anti-anti-sigma regulatory factor  37.78 
 
 		 99 aa  62.8  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1390  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  37.78 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0156  putative anti-sigma F factor antagonist  34 
 
 		 99 aa  60.5  0.000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3296  anti-sigma-factor antagonist  37.18 
 
 		 92 aa  59.3  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2150  anti-sigma-factor antagonist  33.72 
 
 		 99 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.302168  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3203  anti-sigma-factor antagonist  31.03 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000161401 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0945  anti-anti-sigma regulatory factor  31.18 
 
 		 104 aa  52.8  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000959965  hitchhiker  0.00175597 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0411  hypothetical protein  35.63 
 
 		 121 aa  51.6  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.368048  normal  0.907384 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2094  anti-sigma-factor antagonist  32.29 
 
 		 104 aa  50.1  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000638227  normal  0.178484 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0398  anti-sigma-factor antagonist  25.25 
 
 		 105 aa  48.9  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.113145  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0946  anti-sigma F factor antagonist, putative  34.41 
 
 		 104 aa  48.9  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000349571  hitchhiker  0.00179777 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2188  anti-sigma-factor antagonist  35.71 
 
 		 117 aa  47  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000563626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0278  anti-sigma-factor antagonist  28.57 
 
 		 100 aa  46.6  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2118  SpoIIAA family protein  32.58 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0435  anti-sigma-factor antagonist  25 
 
 		 102 aa  45.4  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2804  anti-sigma-factor antagonist  30.59 
 
 		 145 aa  45.4  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1771  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  30.85 
 
 		 102 aa  45.1  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2250  SpoIIAA family protein  30.68 
 
 		 94 aa  43.9  0.0007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0929846  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2367  SpoIIAA family protein  30.68 
 
 		 94 aa  43.9  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00979283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4611  sulphate transporter  31.03 
 
 		 493 aa  43.9  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2095  SpoIIAA family protein  30.68 
 
 		 94 aa  43.9  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0007  anti-sigma-factor antagonist  23.71 
 
 		 101 aa  43.9  0.0007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000178812  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4483  anti-sigma-factor antagonist  31.65 
 
 		 119 aa  43.9  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.882697  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0196  anti-sigma-factor antagonist  27.27 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2107  SpoIIAA family protein  31.82 
 
 		 96 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0152  anti-sigma-factor antagonist  42.42 
 
 		 134 aa  41.2  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1878  anti-sigma-factor antagonist  29.27 
 
 		 97 aa  40.8  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.838395  normal  0.900553 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0792  anti-sigma-factor antagonist  25 
 
 		 112 aa  40.8  0.006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1422  anti-sigma-factor antagonist  26.74 
 
 		 250 aa  40.8  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2096  anti-sigma-factor antagonist  29.27 
 
 		 97 aa  40.8  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2221  anti-sigma-factor antagonist  28.92 
 
 		 97 aa  40.8  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1602  hypothetical protein  29.11 
 
 		 109 aa  40.4  0.008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.489047  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1526  anti-sigma-factor antagonist  25 
 
 		 111 aa  40  0.01  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>