106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1482 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_1482  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  100 
 
 
368 aa  705    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0929  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  60.91 
 
 
376 aa  369  1e-101  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.505775  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.63 
 
 
403 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.313576  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0634  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.81 
 
 
408 aa  181  2e-44  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0779825  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0674  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.46 
 
 
419 aa  178  1e-43  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.143074  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0540  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.58 
 
 
413 aa  166  4e-40  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4600  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.13 
 
 
242 aa  79.3  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3524  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.13 
 
 
242 aa  79.3  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.239201  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1726  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.54 
 
 
411 aa  77.8  0.0000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.78327  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2559  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.14 
 
 
239 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.608237  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2721  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.19 
 
 
245 aa  70.9  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0697099  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0187  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.33 
 
 
239 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.698131 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3286  cytochrome c biogenesis protein  33.33 
 
 
237 aa  69.7  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549106  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3390  putative cytochrome c-type biogenesis protein  32.23 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.927366  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5960  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.15 
 
 
625 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.690095 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0632  cytochrome c-type biogenesis protein  32.93 
 
 
216 aa  65.1  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.159383  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1170  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.36 
 
 
596 aa  63.9  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0211  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33 
 
 
239 aa  63.2  0.000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0947  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  42.36 
 
 
239 aa  63.2  0.000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000313224 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6664  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.16 
 
 
623 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960267  normal  0.0511098 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0721  cytochrome C biogenesis protein  26.16 
 
 
403 aa  62.4  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5716  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.33 
 
 
622 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610944  normal  0.678998 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1587  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.83 
 
 
619 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0739  putative cytochrome C-type biogenesis protein  26.16 
 
 
403 aa  62  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0112308  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6244  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.83 
 
 
619 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.681017  normal  0.800108 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5438  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.69 
 
 
239 aa  62  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.249555  hitchhiker  0.00388506 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5356  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.84 
 
 
626 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.363536  normal  0.314037 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6720  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.33 
 
 
619 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0130  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.65 
 
 
239 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.128074 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4497  Redoxin domain protein  30 
 
 
691 aa  57  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5137  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.65 
 
 
242 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140315  normal  0.908297 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5424  redoxin domain-containing protein  36.36 
 
 
604 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0281  thiol:disulfide interchange protein  29.02 
 
 
630 aa  53.9  0.000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3069  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  39.01 
 
 
609 aa  53.5  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0869014  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3681  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.61 
 
 
595 aa  53.1  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.576987  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0728  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.61 
 
 
595 aa  53.1  0.000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3828  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.61 
 
 
595 aa  53.1  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.368823  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5394  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.1 
 
 
239 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04380  cytochrome c biogenesis protein  27.98 
 
 
396 aa  52.4  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181653 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4594  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.49 
 
 
250 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0816  putative transmembrane protein  32.62 
 
 
622 aa  50.8  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.420472 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0730  cytochrome c-type biogenesis protein (CcdA)  30.72 
 
 
340 aa  50.8  0.00004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000473312 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1660  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  22.79 
 
 
237 aa  50.8  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1111  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.99 
 
 
227 aa  50.1  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000199763  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0334  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  32.12 
 
 
237 aa  48.9  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2275  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  24.77 
 
 
242 aa  48.9  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1322  cytochrome c biogenesis protein CcdA  27.44 
 
 
242 aa  48.1  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3204  autotransporter-associated beta strand repeat protein  31.62 
 
 
222 aa  48.5  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000564302 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0539  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.65 
 
 
435 aa  48.5  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3443  hypothetical protein  31.62 
 
 
222 aa  48.5  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.11211  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4168  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.07 
 
 
238 aa  48.5  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5325  redoxin domain-containing protein  30.06 
 
 
592 aa  47.8  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.472956 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0299  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.37 
 
 
466 aa  47.8  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.257762  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0311  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.37 
 
 
466 aa  47.8  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.359191  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3856  Protein-disulfide reductase  26.33 
 
 
565 aa  47  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5652  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.65 
 
 
565 aa  47  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000390549  normal  0.76636 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0323  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.68 
 
 
563 aa  47  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000046864 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0259  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.58 
 
 
743 aa  45.8  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.856164 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1532  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.41 
 
 
231 aa  45.8  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.739338  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0081  protein-disulfide reductase  45.33 
 
 
558 aa  45.8  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  29.95 
 
 
709 aa  46.2  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  29.95 
 
 
709 aa  46.2  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3876  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.33 
 
 
565 aa  45.8  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0722  thiol:disulfide interchange protein precursor  26 
 
 
583 aa  45.8  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3455  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  24.3 
 
 
235 aa  45.1  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000813514  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3367  cytochrome c-type biogenesis protein (holocytochrome-c synthase)  24.3 
 
 
235 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.260903  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5707  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.18 
 
 
403 aa  45.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.911728  normal  0.326453 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3727  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  24.3 
 
 
235 aa  45.1  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.190517  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3348  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  24.3 
 
 
235 aa  45.1  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000571426  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3679  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  24.3 
 
 
235 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2277  Redoxin domain protein  31.21 
 
 
591 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.182569  normal  0.459267 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04006  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.75 
 
 
565 aa  44.3  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3695  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  23.83 
 
 
235 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3417  cytochrome c-type biogenesis protein (holocytochrome-c synthase)  23.83 
 
 
235 aa  44.7  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.297726  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4432  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.12 
 
 
266 aa  44.3  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.229211  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3686  putative suppressor for copper-sensitivity B  31.19 
 
 
702 aa  44.7  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141878  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  28.89 
 
 
703 aa  44.7  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4605  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.75 
 
 
565 aa  44.7  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0011627  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_557  cytochrome c biogenesis-type protein  28.38 
 
 
240 aa  44.7  0.003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  26.75 
 
 
628 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  26.75 
 
 
628 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  26.75 
 
 
628 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3703  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  23.83 
 
 
235 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03968  hypothetical protein  26.75 
 
 
565 aa  44.3  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0503  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.65 
 
 
583 aa  44.7  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1951  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.8 
 
 
237 aa  44.3  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4377  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.56 
 
 
565 aa  44.3  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111987  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4691  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.56 
 
 
565 aa  44.3  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4665  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.56 
 
 
565 aa  44.3  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.836853  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0468  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.39 
 
 
589 aa  44.3  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00332396  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0681  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.47 
 
 
229 aa  43.9  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2222  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.14 
 
 
243 aa  43.9  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  26.75 
 
 
628 aa  43.9  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2053  Redoxin domain protein  30.28 
 
 
589 aa  43.5  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0186949  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2089  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.73 
 
 
404 aa  43.5  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2354  cytochrome c biogenesis protein  31.9 
 
 
214 aa  43.5  0.006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000264437  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0814  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.18 
 
 
589 aa  43.5  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0629136  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3535  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.54 
 
 
572 aa  43.5  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3167  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.34 
 
 
306 aa  43.1  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00198959  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1434  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25.12 
 
 
218 aa  43.5  0.007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.422779  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>