77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4972 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4972  hypothetical protein  100 
 
 		 128 aa  257  4e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.567754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5021  hypothetical protein  97.66 
 
 		 128 aa  252  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.850985 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4845  hypothetical protein  98.44 
 
 		 128 aa  252  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.126737  normal  0.62859 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0493  hypothetical protein  94.49 
 
 		 128 aa  242  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5274  hypothetical protein  69.53 
 
 		 127 aa  178  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0643  hypothetical protein  59.06 
 
 		 128 aa  154  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0380  hypothetical protein  66.14 
 
 		 133 aa  152  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4798  hypothetical protein  66.14 
 
 		 133 aa  152  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467764 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07020  hypothetical protein  58.27 
 
 		 128 aa  151  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0450  membrane protein-like protein  55.12 
 
 		 128 aa  136  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0788  hypothetical protein  48 
 
 		 127 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.784909 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0804  hypothetical protein  51.2 
 
 		 127 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0734  putative transmembrane protein  50.4 
 
 		 127 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.106149  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1132  hypothetical protein  44.88 
 
 		 126 aa  105  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.202391  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2432  hypothetical protein  48.03 
 
 		 128 aa  100  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.687414  normal  0.0885444 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4503  membrane protein-like protein  44 
 
 		 123 aa  89.7  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.151573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3977  membrane protein-like protein  43.2 
 
 		 123 aa  89.4  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109107  normal  0.438253 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1679  membrane protein-like protein  42.19 
 
 		 124 aa  89.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.384201 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0661  hypothetical protein  44.8 
 
 		 152 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.850631  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0752  hypothetical protein  43.75 
 
 		 243 aa  88.2  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2042  hypothetical protein  43.75 
 
 		 243 aa  87.8  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3491  membrane protein-like protein  42.4 
 
 		 123 aa  87.4  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.314493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2271  membrane protein-like  41.6 
 
 		 159 aa  86.3  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0816  hypothetical protein  44.53 
 
 		 127 aa  85.5  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0838282 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1510  membrane protein-like protein  44.44 
 
 		 131 aa  83.2  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2347  membrane protein-like protein  44.44 
 
 		 135 aa  83.2  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2647  hypothetical protein  38.21 
 
 		 153 aa  82.8  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00167697 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1928  transmembrane protein  40.8 
 
 		 123 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1964  membrane protein-like  40.8 
 
 		 123 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3444  membrane protein-like protein  40.62 
 
 		 123 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.579203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2333  membrane protein-like protein  42.48 
 
 		 130 aa  81.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.632219  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4287  membrane protein-like  40.62 
 
 		 123 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4079  membrane protein-like protein  40.62 
 
 		 123 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0831  transmembrane protein  42.19 
 
 		 128 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.212434  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2496  membrane protein-like protein  38.14 
 
 		 130 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.040419  normal  0.199912 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0294  membrane protein-like protein  41.94 
 
 		 123 aa  74.7  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1621  hypothetical protein  37.61 
 
 		 133 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183989  normal  0.047816 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0906  hypothetical protein  36.8 
 
 		 127 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0927  hypothetical protein  37.6 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0321  membrane protein-like protein  39.52 
 
 		 123 aa  69.7  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0441228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3416  hypothetical protein  36.8 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2164  hypothetical protein  36.07 
 
 		 128 aa  68.6  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1356  hypothetical protein  33.33 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0636538 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3004  hypothetical protein  36.89 
 
 		 127 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182987  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2191  hypothetical protein  35.25 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2308  hypothetical protein  37.6 
 
 		 141 aa  67.4  0.00000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.868044 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2866  hypothetical protein  35.9 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3353  hypothetical protein  36.07 
 
 		 127 aa  67  0.00000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1010  hypothetical protein  36.07 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1022  hypothetical protein  36.07 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.833543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4078  hypothetical protein  36.72 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000581683  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1222  hypothetical protein  40.4 
 
 		 128 aa  66.6  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3371  hypothetical protein  35.38 
 
 		 127 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.994357  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0988  hypothetical protein  36.07 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2325  membrane protein-like protein  42.24 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.540964 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3728  hypothetical protein  35.04 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.04039  normal  0.0800584 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3708  hypothetical protein  36.07 
 
 		 127 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3269  hypothetical protein  36.07 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0849  hypothetical protein  36.07 
 
 		 127 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3173  hypothetical protein  36.07 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2005  hypothetical protein  39.2 
 
 		 141 aa  62.4  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0720  hypothetical protein  35.96 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2214  hypothetical protein  41.67 
 
 		 129 aa  60.1  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.843648  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0936  hypothetical protein  32.73 
 
 		 127 aa  57  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000828174  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2531  hypothetical protein  42.48 
 
 		 133 aa  55.5  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247104  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2000  hypothetical protein  36.28 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4900  membrane protein-like protein  43.96 
 
 		 143 aa  51.6  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0501  inner membrane protein  36.25 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.705794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02203  hypothetical protein  28.32 
 
 		 128 aa  43.5  0.0009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0523  hypothetical protein  29.92 
 
 		 129 aa  43.5  0.0009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2145  inner membrane protein  29.75 
 
 		 133 aa  43.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2744  hypothetical protein  34.94 
 
 		 140 aa  43.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.200077 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2623  inner membrane protein  28.24 
 
 		 131 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0963  inner membrane protein  28.24 
 
 		 131 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0182  hypothetical protein  29 
 
 		 133 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2146  inner membrane protein  26.79 
 
 		 138 aa  42  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1921  hypothetical protein  36.96 
 
 		 137 aa  41.2  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>