70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2058 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2058  hypothetical protein  100 
 
 		 303 aa  588  1e-167  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0938431  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2175  protein of unknown function DUF6 transmembrane  64.73 
 
 		 293 aa  376  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.233434  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1556  hypothetical protein  64.38 
 
 		 293 aa  375  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.137384  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2056  hypothetical protein  66.1 
 
 		 295 aa  376  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2084  hypothetical protein  64.38 
 
 		 293 aa  375  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2109  hypothetical protein  62.95 
 
 		 316 aa  375  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0115021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1701  hypothetical protein  64.04 
 
 		 293 aa  374  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1653  hypothetical protein  64.04 
 
 		 293 aa  373  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4623  hypothetical protein  59.93 
 
 		 328 aa  369  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1771  hypothetical protein  65.07 
 
 		 307 aa  361  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.860733 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1688  hypothetical protein  65.07 
 
 		 293 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1686  hypothetical protein  65.07 
 
 		 293 aa  359  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.605003 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1593  hypothetical protein  65.07 
 
 		 307 aa  359  4e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1749  hypothetical protein  64.73 
 
 		 307 aa  357  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.880774  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3483  hypothetical protein  60.54 
 
 		 314 aa  353  1e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.556411  normal  0.164721 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4555  hypothetical protein  60.54 
 
 		 314 aa  353  1e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.253023  normal  0.785302 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5633  hypothetical protein  63.79 
 
 		 311 aa  352  7e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01431  predicted methyl viologen efflux pump  62.64 
 
 		 274 aa  343  2e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01443  hypothetical protein  62.64 
 
 		 274 aa  343  2e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2184  hypothetical protein  62.64 
 
 		 274 aa  343  2e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3885  hypothetical protein  56.38 
 
 		 321 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4484  hypothetical protein  56.38 
 
 		 321 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5820  hypothetical protein  55.7 
 
 		 314 aa  331  8e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.803106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1370  hypothetical protein  54.7 
 
 		 321 aa  329  3e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  0.119538 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2070  hypothetical protein  58.48 
 
 		 297 aa  320  3e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1390  hypothetical protein  60 
 
 		 303 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1897  hypothetical protein  49.66 
 
 		 295 aa  306  3e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1951  hypothetical protein  48.79 
 
 		 308 aa  302  5.000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0393459  normal  0.0245996 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3856  hypothetical protein  48.97 
 
 		 302 aa  300  2e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1021  hypothetical protein  52.36 
 
 		 277 aa  298  1e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2190  hypothetical protein  49.14 
 
 		 298 aa  292  6e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.962602  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001475  permease  48.96 
 
 		 300 aa  287  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.310077  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05416  hypothetical protein  46.53 
 
 		 300 aa  280  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2045  hypothetical protein  46.58 
 
 		 295 aa  276  4e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000341344  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1959  hypothetical protein  47.95 
 
 		 297 aa  272  5.000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.101778  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0400  hypothetical protein  43.84 
 
 		 328 aa  269  4e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.552264  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0557  hypothetical protein  47.08 
 
 		 305 aa  264  1e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.552621 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0872  hypothetical protein  44.9 
 
 		 306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.419848 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1735  inner membrane protein YddG  64.97 
 
 		 162 aa  207  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.763898  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1367  hypothetical protein  41.61 
 
 		 318 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3357  hypothetical protein  35.52 
 
 		 295 aa  187  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000721544  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1026  hypothetical protein  35.52 
 
 		 295 aa  185  7e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.715879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3485  hypothetical protein  35.52 
 
 		 295 aa  185  8e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000551734  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3055  hypothetical protein  36.39 
 
 		 301 aa  149  8e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133966  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3690  hypothetical protein  26.14 
 
 		 288 aa  64.7  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1798  hypothetical protein  26.52 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3062  hypothetical protein  26.87 
 
 		 288 aa  62  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.161297  normal  0.319648 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3580  hypothetical protein  24.63 
 
 		 294 aa  57  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122357  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2587  hypothetical protein  28.57 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4998  hypothetical protein  23.23 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.390809  normal  0.999953 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0506  hypothetical protein  27.27 
 
 		 290 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0252698 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4039  Premeases of the drub/metabolic transporter protein  25.93 
 
 		 294 aa  51.2  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2554  hypothetical protein  25.77 
 
 		 296 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3079  hypothetical protein  24.42 
 
 		 296 aa  50.4  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.334626  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0394  hypothetical protein  27.93 
 
 		 298 aa  50.4  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.236549  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7612  hypothetical protein  26.04 
 
 		 290 aa  48.9  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236304  normal  0.110479 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6429  hypothetical protein  23.79 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3877  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.74 
 
 		 296 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0848809 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6084  hypothetical protein  23.79 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3584  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.43 
 
 		 295 aa  47  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151305 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0919  hypothetical protein  27.6 
 
 		 274 aa  47  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0781  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.88 
 
 		 302 aa  46.6  0.0005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.943556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0343  hypothetical protein  24.36 
 
 		 289 aa  46.6  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.99772  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0644  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.09 
 
 		 287 aa  46.2  0.0007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000380606  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0304  hypothetical protein  25.27 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5123  hypothetical protein  26.14 
 
 		 304 aa  44.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.142445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1758  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.55 
 
 		 306 aa  44.3  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000138196  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.22 
 
 		 303 aa  44.3  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.187128  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0463  hypothetical protein  27.23 
 
 		 289 aa  43.1  0.006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2060  hypothetical protein  24.44 
 
 		 294 aa  42.7  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267021  hitchhiker  0.00448812 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>