82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3070 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3070    100 
 
 		 691 bp  1370    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4093  transposase, IS4  84.78 
 
 		 765 bp  107  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4264  transposase, IS4  84.78 
 
 		 756 bp  107  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.861429  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3736  integrase catalytic region  90.91 
 
 		 873 bp  83.8  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.402881 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4454  IS4 family transposase  89.71 
 
 		 813 bp  79.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.943978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4898  IS4 family transposase  89.71 
 
 		 813 bp  79.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0763576  normal  0.401338 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4900  IS4 family transposase  89.71 
 
 		 813 bp  79.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.413324  normal  0.183223 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5050  IS4 family transposase  89.71 
 
 		 813 bp  79.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.954495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3483  transposase, IS4 family protein  88.89 
 
 		 828 bp  79.8  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.274203  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2168  IS4 family transposase  89.71 
 
 		 813 bp  79.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.171514  normal  0.117495 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2410  IS4 family transposase  89.71 
 
 		 813 bp  79.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2649  IS4 family transposase  89.71 
 
 		 813 bp  79.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4415  IS4 family transposase  89.71 
 
 		 813 bp  79.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.22437  normal  0.800845 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1567  Integrase catalytic region  88.73 
 
 		 930 bp  77.8  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4597  Integrase catalytic region  88.73 
 
 		 924 bp  77.8  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5099  IS4 family transposase  89.39 
 
 		 675 bp  75.8  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.402428 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1497    89.39 
 
 		 2972 bp  75.8  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0095  transposase, IS4 family protein  87.5 
 
 		 882 bp  71.9  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.728518  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0055  transposase IS4 family protein  87.88 
 
 		 813 bp  67.9  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0762  transposase IS4 family protein  87.88 
 
 		 831 bp  67.9  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0641157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3790  transposase IS4 family protein  87.88 
 
 		 813 bp  67.9  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.135466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0607  integrase catalytic region  86.49 
 
 		 702 bp  67.9  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1904    86.3 
 
 		 396 bp  65.9  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3112  hypothetical protein  89.29 
 
 		 423 bp  63.9  0.00000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4559  Integrase catalytic region  93.18 
 
 		 930 bp  63.9  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.326011 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4981  Integrase catalytic region  93.18 
 
 		 930 bp  63.9  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.129708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0674  Integrase catalytic region  93.18 
 
 		 930 bp  63.9  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2723  transposase  90.2 
 
 		 836 bp  61.9  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0516    91.49 
 
 		 927 bp  61.9  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.667831  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0520    91.49 
 
 		 927 bp  61.9  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5317  integrase catalytic region  87.72 
 
 		 921 bp  58  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0707814  normal  0.862383 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2358  transposase, IS4 family protein  84.72 
 
 		 708 bp  56  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.501674  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2497    89.36 
 
 		 1092 bp  54  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0863968 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02481    86.44 
 
 		 546 bp  54  0.00005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02652  ISXoo3 transposase ORF B  86.44 
 
 		 846 bp  54  0.00005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3208  transposase, IS4 family protein  92.31 
 
 		 807 bp  54  0.00005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.569124  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5058    90.7 
 
 		 585 bp  54  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03932  ISXoo3 transposase ORF B  89.13 
 
 		 846 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03796    89.13 
 
 		 546 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04437  ISXoo3 transposase ORF B  89.13 
 
 		 846 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03720  transposase  89.13 
 
 		 546 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04015    89.13 
 
 		 783 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03666    89.13 
 
 		 816 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.956321  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03601  ISXoo3 transposase ORF B  89.13 
 
 		 846 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.332143  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03281    89.13 
 
 		 546 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.357178  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03027    89.13 
 
 		 486 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04488  transposase  89.13 
 
 		 426 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02741    89.13 
 
 		 783 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04078    89.13 
 
 		 486 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.532563  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02564  transposase  89.13 
 
 		 546 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02557    89.13 
 
 		 546 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.141347  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04310  ISXoo3 transposase ORF B  89.13 
 
 		 846 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02161  transposase  89.13 
 
 		 546 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02530  ISXoo3 transposase ORF B  89.13 
 
 		 486 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01935    89.13 
 
 		 345 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01848    89.13 
 
 		 786 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0893  transposase  90.48 
 
 		 885 bp  52  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.500999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01541  transposase  89.13 
 
 		 345 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.728343  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01537    89.13 
 
 		 807 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.502784  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01161  transposase  89.13 
 
 		 648 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00281  transposase  89.13 
 
 		 546 bp  52  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0861    87.04 
 
 		 814 bp  52  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0844    87.04 
 
 		 626 bp  52  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0744  integrase catalytic subunit  84.85 
 
 		 1182 bp  52  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1042  hypothetical protein  86.21 
 
 		 546 bp  52  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.820553  normal  0.577447 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4990  IS4 family transposase  88.89 
 
 		 822 bp  50.1  0.0009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4213  transposase, IS4  90.24 
 
 		 525 bp  50.1  0.0009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.722704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3140  transposase, IS4 family protein  93.94 
 
 		 807 bp  50.1  0.0009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06055  integrase core domain protein  100 
 
 		 846 bp  50.1  0.0009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.130337  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06246  ISXoo3 transposase ORF B  100 
 
 		 846 bp  50.1  0.0009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.261402  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03997  ISXoo3 transposase ORF B  100 
 
 		 846 bp  50.1  0.0009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02941  ISXoo3 transposase ORF B  100 
 
 		 846 bp  50.1  0.0009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0359782  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02780    100 
 
 		 759 bp  50.1  0.0009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01970    100 
 
 		 483 bp  50.1  0.0009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00429349  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01072  ISXoo3 transposase ORF B  100 
 
 		 846 bp  50.1  0.0009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.337919  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1946  integrase catalytic region  88.89 
 
 		 897 bp  50.1  0.0009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.394231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7691  integrase catalytic subunit  90.24 
 
 		 939 bp  50.1  0.0009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4899  IS4 family transposase  88.89 
 
 		 822 bp  50.1  0.0009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134652  normal  0.305485 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4683  integrase catalytic region  88.64 
 
 		 930 bp  48.1  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4529  integrase catalytic region  88.64 
 
 		 930 bp  48.1  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4336  integrase catalytic region  88.64 
 
 		 930 bp  48.1  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.139423  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2014  Integrase catalytic region  88.64 
 
 		 894 bp  48.1  0.003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>