107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0218 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0140  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  95.11 
 
 
368 aa  699    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.878428  normal  0.626976 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0792  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  91.03 
 
 
368 aa  674    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4903  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  89.65 
 
 
377 aa  667    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0904  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  89.92 
 
 
388 aa  669    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0218  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  100 
 
 
368 aa  734    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5250  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  89.67 
 
 
368 aa  671    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0769  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  88.83 
 
 
368 aa  624  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0826496  hitchhiker  0.00227183 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0134  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  66.85 
 
 
365 aa  483  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1200  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  65.56 
 
 
367 aa  479  1e-134  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.811459  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0306  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  67.6 
 
 
363 aa  476  1e-133  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0320  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  67.6 
 
 
383 aa  477  1e-133  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0399  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  67.32 
 
 
363 aa  473  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0181  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  64.72 
 
 
364 aa  472  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.5734  normal  0.658408 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0191  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  64.72 
 
 
364 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0836606  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0097  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  64.17 
 
 
361 aa  464  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0372  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  66.11 
 
 
372 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423524  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0404  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  66.11 
 
 
372 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37704  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0436  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  65.56 
 
 
371 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7450  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  68.91 
 
 
361 aa  455  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.443476  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0472  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  65.56 
 
 
375 aa  452  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.262825  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6539  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  68.07 
 
 
361 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0545  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  64.33 
 
 
358 aa  451  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0410  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  61.94 
 
 
385 aa  439  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.332702  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2609  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  60.78 
 
 
358 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.399989  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1267  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  60.78 
 
 
358 aa  428  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.208012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2311  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  70.31 
 
 
374 aa  429  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293691  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1915  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  61.17 
 
 
358 aa  425  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.863389 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1723  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  60.96 
 
 
364 aa  419  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.621377  normal  0.251189 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1781  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  58.26 
 
 
361 aa  399  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.153322 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1865  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  56.58 
 
 
361 aa  399  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.016186  normal  0.567566 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1037  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  57.49 
 
 
394 aa  395  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0911  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  60.06 
 
 
359 aa  393  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0492  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  58.66 
 
 
339 aa  394  1e-108  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.426416  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1017  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  55.71 
 
 
386 aa  380  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00286027 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1662  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  53.48 
 
 
339 aa  362  8e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.170233  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01700  dCTP deaminase  28.85 
 
 
182 aa  58.5  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1470  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.25 
 
 
199 aa  55.8  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0445  deoxycytidine triphosphate deaminase  28 
 
 
203 aa  53.5  0.000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.272127  normal  0.513401 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0993  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.25 
 
 
185 aa  52.8  0.000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2412  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.15 
 
 
200 aa  50.8  0.00003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35480  dCTP deaminase  32.33 
 
 
191 aa  50.4  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2046  deoxycytidine triphosphate deaminase  32.12 
 
 
194 aa  50.4  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.416857  normal  0.66664 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4541  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.77 
 
 
196 aa  50.1  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2714  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.86 
 
 
195 aa  50.1  0.00007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.106296  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0021  deoxycytidine triphosphate deaminase  28.12 
 
 
196 aa  49.7  0.00007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.324355  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1477  dCTP deaminase  30.06 
 
 
178 aa  49.7  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0140  deoxycytidine triphosphate deaminase  28.3 
 
 
171 aa  49.3  0.0001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26270  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.38 
 
 
194 aa  48.9  0.0001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.175156 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1090  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.78 
 
 
192 aa  49.3  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3664  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.22 
 
 
191 aa  48.1  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0084  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.91 
 
 
200 aa  48.5  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3189  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.11 
 
 
191 aa  48.5  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3823  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.22 
 
 
192 aa  47.8  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0147  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.11 
 
 
194 aa  47  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0302964 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25230  deoxycytidine triphosphate deaminase  28.48 
 
 
197 aa  47  0.0005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.493678  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4243  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.11 
 
 
191 aa  46.6  0.0006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2304  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.52 
 
 
193 aa  46.6  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2348  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.52 
 
 
193 aa  46.6  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2355  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.52 
 
 
193 aa  46.6  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.506622  normal  0.430961 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2248  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.52 
 
 
193 aa  46.6  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2462  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.52 
 
 
193 aa  46.6  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.417752 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18990  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.85 
 
 
193 aa  46.6  0.0007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.27567  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0827  deoxycytidine triphosphate deaminase  26.25 
 
 
180 aa  46.6  0.0008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000119841  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0459  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.06 
 
 
189 aa  45.8  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.552653  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0244  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.7 
 
 
191 aa  45.4  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5912  deoxycytidine triphosphate deaminase  30 
 
 
196 aa  45.4  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0561  deoxycytidine triphosphate deaminase  25.45 
 
 
177 aa  44.7  0.002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0052  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.74 
 
 
194 aa  45.1  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.767695  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1290  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.09 
 
 
193 aa  45.4  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8794  deoxycytidine triphosphate deaminase  32.48 
 
 
216 aa  45.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.022766  normal  0.413078 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4811  deoxycytidine triphosphate deaminase  32.28 
 
 
196 aa  45.1  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0430  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.42 
 
 
190 aa  44.3  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0440  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.42 
 
 
190 aa  44.3  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0355073 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0417  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.42 
 
 
190 aa  44.3  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.429119 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1478  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.03 
 
 
193 aa  44.3  0.003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1198  deoxycytidine triphosphate deaminase  28.92 
 
 
194 aa  44.7  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6959  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.25 
 
 
211 aa  44.3  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.504327  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0890  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.7 
 
 
191 aa  44.3  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4349  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.65 
 
 
199 aa  43.9  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.756279  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0448  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.83 
 
 
191 aa  44.3  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.468429  normal  0.993437 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2870  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.12 
 
 
193 aa  43.9  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1592  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.21 
 
 
193 aa  43.9  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00335404  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0327  deoxycytidine triphosphate deaminase  28.17 
 
 
184 aa  43.9  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.809814  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0589  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.67 
 
 
190 aa  43.5  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611749  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0291  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.67 
 
 
190 aa  43.5  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.18819  normal  0.0282083 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2205  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.91 
 
 
193 aa  43.9  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2358  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.91 
 
 
193 aa  43.9  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1576  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.91 
 
 
193 aa  43.9  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0207853  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1167  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.91 
 
 
193 aa  43.9  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0052  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.11 
 
 
201 aa  43.9  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2452  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.12 
 
 
193 aa  43.5  0.006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0239  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.13 
 
 
201 aa  43.5  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.588762 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3194  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.12 
 
 
193 aa  43.5  0.006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.075679  hitchhiker  0.00258596 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2551  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.12 
 
 
193 aa  43.5  0.006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01971  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.91 
 
 
193 aa  43.1  0.008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1577  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.12 
 
 
193 aa  43.1  0.008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.600323 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0061  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.56 
 
 
192 aa  43.1  0.008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.767795  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0995  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.91 
 
 
193 aa  43.1  0.008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3002  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.91 
 
 
193 aa  43.1  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.304986 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01960  hypothetical protein  30.91 
 
 
193 aa  43.1  0.008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>