120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0134 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0134  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  100 
 
 
365 aa  731    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0181  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  86.78 
 
 
364 aa  633  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.5734  normal  0.658408 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0191  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  86.5 
 
 
364 aa  627  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0836606  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0545  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  83.19 
 
 
358 aa  598  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0320  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  79.78 
 
 
383 aa  580  1.0000000000000001e-165  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0399  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  79.06 
 
 
363 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0306  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  79.78 
 
 
363 aa  580  1e-164  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0097  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  77.44 
 
 
361 aa  564  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1200  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  73 
 
 
367 aa  549  1e-155  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.811459  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0140  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  67.69 
 
 
368 aa  485  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.878428  normal  0.626976 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5250  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  66.57 
 
 
368 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0792  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  67.32 
 
 
368 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0904  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  67.41 
 
 
388 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0218  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  66.85 
 
 
368 aa  483  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4903  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  65.83 
 
 
377 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0472  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  65.56 
 
 
375 aa  465  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.262825  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0372  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  64.54 
 
 
372 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423524  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0404  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  64.54 
 
 
372 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37704  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0769  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  66.3 
 
 
368 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0826496  hitchhiker  0.00227183 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0436  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  64.27 
 
 
371 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0410  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  62.33 
 
 
385 aa  444  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.332702  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6539  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  63.87 
 
 
361 aa  425  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7450  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  64.15 
 
 
361 aa  426  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.443476  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1915  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  58.73 
 
 
358 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.863389 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1723  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  58.17 
 
 
364 aa  411  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.621377  normal  0.251189 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2609  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  58.17 
 
 
358 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.399989  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1267  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  58.17 
 
 
358 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.208012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2311  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  65.08 
 
 
374 aa  409  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293691  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1865  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  55.56 
 
 
361 aa  399  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.016186  normal  0.567566 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0911  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  59 
 
 
359 aa  390  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1781  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  54.62 
 
 
361 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.153322 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0492  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  55.22 
 
 
339 aa  378  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.426416  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1037  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  54.03 
 
 
394 aa  378  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1017  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  50.82 
 
 
386 aa  363  3e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00286027 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1662  2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase  51.25 
 
 
339 aa  359  5e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.170233  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01987  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.94 
 
 
197 aa  57.8  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.303345  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1477  dCTP deaminase  30.38 
 
 
178 aa  56.6  0.0000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01700  dCTP deaminase  27.56 
 
 
182 aa  56.2  0.0000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1249  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.01 
 
 
179 aa  55.8  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3823  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.75 
 
 
192 aa  54.7  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01971  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.88 
 
 
193 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0995  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.88 
 
 
193 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3002  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.88 
 
 
193 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.304986 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01960  hypothetical protein  29.88 
 
 
193 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4243  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.65 
 
 
191 aa  53.1  0.000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1592  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.88 
 
 
193 aa  53.1  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00335404  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2205  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.88 
 
 
193 aa  53.1  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2358  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.88 
 
 
193 aa  53.1  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1576  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.88 
 
 
193 aa  53.1  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0207853  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1167  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.88 
 
 
193 aa  53.1  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2046  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.3 
 
 
194 aa  52.8  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.416857  normal  0.66664 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3041  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.3 
 
 
193 aa  52.4  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0021  deoxycytidine triphosphate deaminase  30 
 
 
196 aa  52.4  0.00001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.324355  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2452  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.09 
 
 
193 aa  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3194  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.09 
 
 
193 aa  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.075679  hitchhiker  0.00258596 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2551  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.09 
 
 
193 aa  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0445  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.87 
 
 
203 aa  51.6  0.00002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.272127  normal  0.513401 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2304  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.88 
 
 
193 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2348  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.88 
 
 
193 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2355  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.88 
 
 
193 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.506622  normal  0.430961 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2248  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.88 
 
 
193 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2462  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.88 
 
 
193 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.417752 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1290  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.7 
 
 
193 aa  50.8  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2714  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.19 
 
 
195 aa  51.2  0.00003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.106296  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0244  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.91 
 
 
191 aa  50.8  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0084  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.86 
 
 
200 aa  50.4  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18990  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.75 
 
 
193 aa  50.8  0.00004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.27567  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2870  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.7 
 
 
193 aa  50.4  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0147  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.11 
 
 
194 aa  50.1  0.00006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0302964 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0327  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.25 
 
 
184 aa  50.1  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.809814  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2679  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.09 
 
 
193 aa  50.1  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1198  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.09 
 
 
194 aa  50.1  0.00006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0993  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.48 
 
 
185 aa  49.7  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0827  deoxycytidine triphosphate deaminase  28.66 
 
 
180 aa  49.7  0.00008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000119841  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2616  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.09 
 
 
193 aa  49.3  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4541  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.13 
 
 
196 aa  49.3  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25230  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.22 
 
 
197 aa  49.3  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.493678  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1470  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.5 
 
 
199 aa  49.3  0.0001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2412  deoxycytidine triphosphate deaminase  28.12 
 
 
200 aa  49.3  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1658  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.47 
 
 
193 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.190488  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1733  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.47 
 
 
193 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00151185  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0890  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.13 
 
 
191 aa  48.1  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1763  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.47 
 
 
193 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0121906  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0239  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.13 
 
 
201 aa  48.5  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.588762 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0561  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.67 
 
 
177 aa  48.1  0.0002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0052  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.61 
 
 
194 aa  47.4  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.767695  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0052  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.01 
 
 
201 aa  47.4  0.0004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26270  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.5 
 
 
194 aa  47  0.0005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.175156 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3189  deoxycytidine triphosphate deaminase  33.33 
 
 
191 aa  46.6  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38680  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.38 
 
 
195 aa  46.6  0.0007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35480  dCTP deaminase  27.85 
 
 
191 aa  46.2  0.0008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2112  deoxycytidine triphosphate deaminase  28.21 
 
 
191 aa  46.2  0.0008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.24843 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5912  deoxycytidine triphosphate deaminase  31.01 
 
 
196 aa  46.2  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2462  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.91 
 
 
193 aa  46.2  0.0009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000265475  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2455  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.91 
 
 
193 aa  46.2  0.0009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000233187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2575  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.91 
 
 
193 aa  46.2  0.0009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.109993  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1889  deoxycytidine triphosphate deaminase  27.91 
 
 
193 aa  46.2  0.0009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000932331  normal  0.0428491 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4349  deoxycytidine triphosphate deaminase  29.49 
 
 
199 aa  45.8  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.756279  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1576  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.07 
 
 
194 aa  46.2  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2217  deoxycytidine triphosphate deaminase  30.77 
 
 
193 aa  45.4  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>