50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1005 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  100 
 
 		 222 aa  454  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  99.48 
 
 		 192 aa  391  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  70.89 
 
 		 244 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  69.95 
 
 		 222 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0840  anti-sigma factor, ChrR  65.18 
 
 		 230 aa  285  4e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  65.3 
 
 		 225 aa  284  7e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  65.14 
 
 		 222 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00891  hypothetical protein  62.79 
 
 		 226 aa  270  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  49.77 
 
 		 219 aa  185  4e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  45.87 
 
 		 227 aa  179  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  49.1 
 
 		 232 aa  178  4.999999999999999e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.65 
 
 		 222 aa  177  8e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.54 
 
 		 220 aa  177  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  48.18 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.79 
 
 		 228 aa  175  4e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.98 
 
 		 224 aa  175  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.7 
 
 		 222 aa  171  5.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  41.82 
 
 		 230 aa  168  7e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  43.06 
 
 		 223 aa  165  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.52 
 
 		 234 aa  165  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.69 
 
 		 235 aa  165  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.19 
 
 		 222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.82 
 
 		 228 aa  155  4e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  40.74 
 
 		 218 aa  153  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  39.81 
 
 		 223 aa  152  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.12 
 
 		 218 aa  151  8e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  40.65 
 
 		 220 aa  149  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  41.38 
 
 		 243 aa  147  9e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.89 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  39.53 
 
 		 214 aa  146  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.72 
 
 		 220 aa  146  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.18 
 
 		 221 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.98 
 
 		 236 aa  144  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.43 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.14 
 
 		 222 aa  142  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.67 
 
 		 214 aa  141  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.14 
 
 		 221 aa  141  9e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.14 
 
 		 221 aa  141  9e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.14 
 
 		 221 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.79 
 
 		 241 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.49 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1968  anti-Sigm factor, ChrR  35.48 
 
 		 150 aa  65.9  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.603561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.29 
 
 		 117 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.92 
 
 		 117 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0768  hypothetical protein  33.33 
 
 		 159 aa  46.2  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 228 aa  45.8  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  32.1 
 
 		 224 aa  43.9  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  25.44 
 
 		 132 aa  43.5  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0637  hypothetical protein  29.9 
 
 		 123 aa  43.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0659  hypothetical protein  29.9 
 
 		 123 aa  43.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0490503  normal  0.219182 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>