More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0895 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  615  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  67.28 
 
 		 315 aa  355  5e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  56.41 
 
 		 310 aa  324  1e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  59.35 
 
 		 325 aa  319  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  59.71 
 
 		 308 aa  317  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 315 aa  257  2e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  41.04 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  41.35 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  39.34 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  38.29 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  38.11 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  37.74 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 339 aa  185  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 322 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 329 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 329 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 329 aa  180  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  38.46 
 
 		 315 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 329 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  41.29 
 
 		 319 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  41.29 
 
 		 319 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  41.29 
 
 		 319 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  38.66 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  38.13 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  39.78 
 
 		 326 aa  177  3e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  37.73 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 329 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 319 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 329 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 329 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 329 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  37.59 
 
 		 325 aa  176  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 319 aa  175  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 319 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  38.66 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 328 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  38.83 
 
 		 311 aa  172  7.999999999999999e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 330 aa  169  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4594  transcriptional regulator, AraC family  38.58 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.83 
 
 		 319 aa  169  5e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3229  transcriptional regulator, AraC family  37.79 
 
 		 326 aa  168  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.382079  normal  0.686696 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 303 aa  167  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 339 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  38.95 
 
 		 350 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 350 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  38.2 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 311 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0345  transcriptional regulator, AraC family  36.74 
 
 		 296 aa  162  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 312 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 312 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 312 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  37.28 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1701  AraC family DNA-binding protein  33.83 
 
 		 296 aa  149  7e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0251  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 309 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 289 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  31.2 
 
 		 290 aa  122  9e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0681  AraC family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 256 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 291 aa  115  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6330  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.361086 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  28.92 
 
 		 324 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 324 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  28.9 
 
 		 291 aa  112  9e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  29.07 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 324 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 327 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.44 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 325 aa  105  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  29.12 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4642  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 318 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2939  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.34 
 
 		 289 aa  104  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0806864  normal  0.433201 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5736  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 302 aa  103  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.458087  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1743  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0787  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0185188  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0505  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.66204  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2466  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000149064  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1627  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0192166  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1835  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00187488  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  29.66 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4427  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 325 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3940  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 325 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3588  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 325 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0511949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 323 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.85 
 
 		 290 aa  97.4  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 281 aa  97.1  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2546  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  26.79 
 
 		 284 aa  96.3  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.25 
 
 		 289 aa  95.5  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 288 aa  94.7  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>