299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0058 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_R0033  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0058  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000819667  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0025  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000676753  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0003  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277294  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1890  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0026  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000243318 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0016  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127498 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.986583  normal  0.610194 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0006  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0789376  normal  0.851363 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.444964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  75.8  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000063325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4554  tRNA-Leu  90.32 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232899  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  75.8  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.045624  normal  0.187566 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0033  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000305297  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0019  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0357055  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0063  tRNA-Leu  90.32 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  75.8  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0002  tRNA-Leu  86.42 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0422651  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0054  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.639768  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0066  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.557427  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 81 bp  69.9  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0042  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105612  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0070  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.436303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0073  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.218287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0094  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 81 bp  69.9  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0015  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0181398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0065  tRNA-Leu  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0063  tRNA-Leu  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0200123  decreased coverage  0.00662363 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0050  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.167619  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309257  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0055  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.143811  hitchhiker  0.0000015114 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0036  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0003  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0057  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0404485  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0004  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.446366  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0002  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.318863  normal  0.56109 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0022  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0031  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1580  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1615  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.622416 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0017  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0020  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0381951  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.0000012405  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0022  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00085  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0036  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777471  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0029  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.322054 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0028  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0527  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000711336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0095  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0436868  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0044  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0171508  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000511296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0035  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761901  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0034  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.956529  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4916  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000645766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.507669  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0029  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000561598  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0047  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0158723 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4910  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00037453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0030  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0016  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00811405  normal  0.0178437 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0017  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00783085  normal  0.0179625 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0018  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0174601  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0095  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000279268  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1764  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000024558  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1768  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000175454  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1772  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0841  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4201  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21132e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4256  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4272  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.645936  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>