More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1363 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR0282  dihydropyrimidine dehydrogenase  76.71 
 
 		 436 aa  689    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.384818  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4020  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.86 
 
 		 435 aa  637    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3449  dihydropyrimidine dehydrogenase  78.95 
 
 		 437 aa  723    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.591903  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1458  dihydropyrimidine dehydrogenase  80.14 
 
 		 434 aa  729    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.850585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6712  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.43 
 
 		 437 aa  642    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.302469 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0187  dihydropyrimidine dehydrogenase  81.06 
 
 		 434 aa  730    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.799767  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0296  dihydropyrimidine dehydrogenase  76.48 
 
 		 436 aa  687    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.123218  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0045  dihydropyrimidine dehydrogenase  72.81 
 
 		 437 aa  673    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2862  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.66 
 
 		 439 aa  671    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2712  dihydropyrimidine dehydrogenase  84.33 
 
 		 434 aa  762    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.462922  normal  0.632693 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1429  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.2 
 
 		 444 aa  635    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1534  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.26 
 
 		 436 aa  637    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.553983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1500  dihydropyrimidine dehydrogenase  79.03 
 
 		 434 aa  721    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1595  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.46 
 
 		 437 aa  639    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5721  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.2 
 
 		 435 aa  637    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.85505  normal  0.854887 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2055  dihydropyrimidine dehydrogenase  80 
 
 		 437 aa  733    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1363  dihydropyrimidine dehydrogenase  100 
 
 		 432 aa  896    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.709069 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2361  dihydropyrimidine dehydrogenase  80.78 
 
 		 437 aa  731    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.412287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5965  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.2 
 
 		 435 aa  637    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.663226  normal  0.568701 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1820  dihydropyrimidine dehydrogenase  81.29 
 
 		 434 aa  733    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22065 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6236  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.46 
 
 		 437 aa  639    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.182337  normal  0.153451 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0967  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.86 
 
 		 442 aa  642    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.584052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3029  dihydropyrimidine dehydrogenase  78.72 
 
 		 437 aa  717    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00152592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0365  dihydropyrimidine dehydrogenase  76.71 
 
 		 436 aa  690    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3281  dihydropyrimidine dehydrogenase  78.95 
 
 		 437 aa  723    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.919759  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2689  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.63 
 
 		 444 aa  634  1e-180  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6656  dihydropyrimidine dehydrogenase  71.26 
 
 		 438 aa  631  1e-180  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.569417  normal  0.0129308 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5351  dihydropyrimidine dehydrogenase  70.74 
 
 		 435 aa  634  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.162671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6035  dihydropyrimidine dehydrogenase  69.37 
 
 		 441 aa  622  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.181923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4151  dihydropyrimidine dehydrogenase  68.66 
 
 		 436 aa  601  1.0000000000000001e-171  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2199  dihydropyrimidine dehydrogenase  67.91 
 
 		 426 aa  597  1e-169  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1834  dihydropyrimidine dehydrogenase  64.68 
 
 		 424 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.184272 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0540  dihydropyrimidine dehydrogenase  64.91 
 
 		 424 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05740  dihydropyrimidine dehydrogenase  64.91 
 
 		 425 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.744293  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4038  dihydropyrimidine dehydrogenase  63.99 
 
 		 424 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1800  dihydropyrimidine dehydrogenase  63.76 
 
 		 424 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.287074  normal  0.942647 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3640  dihydropyrimidine dehydrogenase  63.53 
 
 		 424 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0957824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3443  dihydropyrimidine dehydrogenase  65.2 
 
 		 424 aa  559  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.462217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3448  dihydropyrimidine dehydrogenase  53.66 
 
 		 422 aa  473  1e-132  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.117206  normal  0.0570725 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2213  dihydropyrimidine dehydrogenase  56.42 
 
 		 429 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2108  dihydroorotate dehydrogenase family protein  53.49 
 
 		 461 aa  446  1.0000000000000001e-124  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.110161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1889  dihydroorotate dehydrogenase family protein  51.63 
 
 		 461 aa  406  1.0000000000000001e-112  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0110983  normal  0.121319 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2422  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.93 
 
 		 411 aa  337  2.9999999999999997e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2333  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.93 
 
 		 411 aa  336  3.9999999999999995e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.757399  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2534  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.93 
 
 		 411 aa  336  3.9999999999999995e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.666903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2377  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.69 
 
 		 411 aa  335  5.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.750594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2426  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.69 
 
 		 411 aa  334  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2442  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.68 
 
 		 411 aa  333  3e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02076  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.44 
 
 		 411 aa  331  2e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1511  dihydroorotate dehydrogenase family protein  42.44 
 
 		 411 aa  331  2e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.823928  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3279  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.44 
 
 		 411 aa  331  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.732887 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02035  hypothetical protein  42.44 
 
 		 411 aa  331  2e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1501  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.44 
 
 		 411 aa  331  2e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2281  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.44 
 
 		 411 aa  331  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0824  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.75 
 
 		 411 aa  330  3e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2294  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.2 
 
 		 411 aa  329  7e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00484206 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1309  dihydropyrimidine dehydrogenase  39.49 
 
 		 432 aa  320  1.9999999999999998e-86  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2025  dihydroorotate dehydrogenase family protein  39.54 
 
 		 398 aa  262  8e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0450  dihydroorotate dehydrogenase 1B  34.06 
 
 		 304 aa  140  6e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.187702  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1743  dihydroorotate dehydrogenase family protein  28.68 
 
 		 363 aa  139  1e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2085  dihydroorotate dehydrogenase family protein  26.47 
 
 		 381 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00414883  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0444  dihydroorotate dehydrogenase  28.93 
 
 		 390 aa  133  7.999999999999999e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.114446  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2286  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.11 
 
 		 300 aa  130  6e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000160117  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0472  dihydroorotate dehydrogenase 1B  30.06 
 
 		 304 aa  130  7.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.730654  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1424  dihydroorotate dehydrogenase 1B  29.38 
 
 		 304 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.601121  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1436  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.99 
 
 		 304 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.405217  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0912  dihydroorotate dehydrogenase 1B  28.53 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.53908  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0618  dihydroorotate dehydrogenase family protein  31 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.056994  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1198  dihydroorotate dehydrogenase 1B  30.37 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.770719  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2127  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  35.46 
 
 		 352 aa  123  5e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.95796 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0832  dihydroorotate dehydrogenase family protein  31.27 
 
 		 299 aa  122  9.999999999999999e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1814  dihydroorotate dehydrogenase 1B  37.67 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00465279  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1225  dihydroorotate dehydrogenase 1B  32.48 
 
 		 300 aa  120  6e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0613844  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1663  dihydroorotate dehydrogenase family protein  32.61 
 
 		 356 aa  119  9.999999999999999e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000377649  hitchhiker  0.00130858 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1466  dihydroorotate dehydrogenase 1B  32.7 
 
 		 301 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.831826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2399  dihydroorotate dehydrogenase 1B  32.09 
 
 		 305 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317433  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1390  dihydroorotate dehydrogenase family protein  31.14 
 
 		 303 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1380  dihydroorotate dehydrogenase family protein  38.42 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1296  putative oxidoreductase  30.72 
 
 		 314 aa  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000054569  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1820  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.15 
 
 		 305 aa  113  8.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0131374 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3279  dihydroorotate dehydrogenase 1  38.5 
 
 		 321 aa  111  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09420  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  33.84 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2629  dihydroorotate dehydrogenase 1B  38.3 
 
 		 304 aa  109  9.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.372998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0389  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  32.76 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.42122  normal  0.593329 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2762  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  30.77 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1244  dihydroorotate dehydrogenase 1B  30.86 
 
 		 310 aa  108  2e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1950  dihydroorotate dehydrogenase family protein  35.42 
 
 		 297 aa  108  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000449747  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0785  dihydroorotate dehydrogenase family protein  36.08 
 
 		 299 aa  107  4e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0125  dihydroorotate dehydrogenase 1B  32.67 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000118304  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4014  dihydroorotate dehydrogenase family protein  34.34 
 
 		 314 aa  106  8e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0121  dihydroorotate dehydrogenase family protein  24.16 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2665  dihydroorotate dehydrogenase family protein  37.36 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1092  dihydroorotate dehydrogenase 1B  33.5 
 
 		 311 aa  105  2e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.149271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2304  dihydroorotate dehydrogenase 1B  37.57 
 
 		 304 aa  104  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.268618  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2850  dihydroorotate dehydrogenase family protein  34.4 
 
 		 302 aa  104  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1686  dihydroorotate dehydrogenase 1B  36.68 
 
 		 304 aa  102  9e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00226183  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1919  dihydroorotate dehydrogenase 1B  32.86 
 
 		 313 aa  102  9e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2402  dihydroorotate dehydrogenase family protein  31.03 
 
 		 303 aa  102  2e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.350257  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1049  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.08 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1495  dihydroorotate dehydrogenase family protein  36.17 
 
 		 303 aa  101  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>