101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0044 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_R0044  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000299707  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0018  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000034168  normal  0.183849 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0031  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0040985  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00674188  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0013  tRNA-Glu  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000327585  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0067  tRNA-Glu  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.120456  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0013  tRNA-Glu  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.18757e-29 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0025  tRNA-Glu  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28107e-23 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0745  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.105433  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1242  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0541834  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  89.71 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  89.71 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  89.71 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  89.71 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  89.71 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0026  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0391108  normal  0.06286 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0021  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.228053  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0031  tRNA-Glu  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0217674  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t34  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0907157  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1600  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0017  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0004  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.926087 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0027  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.251037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0084  tRNA-Glu  88.24 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  88.24 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0094  tRNA-Glu  88.24 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115481  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0020  tRNA-Glu  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00671129  hitchhiker  0.00000169389 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0018  tRNA-Glu  89.09 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.141914 
 
 
-
 
NC_006368  lppt26  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt27  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt26  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt27  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0025  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0472989  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0009  tRNA-Glu  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.488573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0053  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0032  tRNA-Glu  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.292542  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0011  tRNA-Glu  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0018  tRNA-Glu  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.800845  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0018  tRNA-Glu  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0016  tRNA-Glu  86.15 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09040  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.431816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06180  tRNA-Glu  88.33 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.75789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0043  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  7.66398e-18  hitchhiker  0.000611065 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0053  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.646689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0045  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000328054  normal  0.0346347 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0055  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.380229  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0059  tRNA-Glu  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000156586  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0060  tRNA-Glu  88 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000173097  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0012  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.12218 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0034  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0004  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0045  tRNA-Glu  86.36 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.427459  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0046  tRNA-Glu  86.36 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.404692  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0046    85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0515683 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0007  tRNA-Glu  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.231176 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0013  tRNA-Glu  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000540614 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0048  tRNA-Glu  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0044  tRNA-Glu  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000655751  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA34  tRNA-Glu  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0032  tRNA-Glu  84.62 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.519477  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0033  tRNA-Glu  84.62 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.150537  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0006  tRNA-Glu  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0051  tRNA-Glu  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.990539  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1672  tRNA-Glu  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1710  tRNA-Glu  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.48567  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2134  tRNA-Glu  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00397523  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2209  tRNA-Glu  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.35059  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0039  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0289268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2359  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.337885  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0046  tRNA-Glu  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1490  tRNA-Glu  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0010  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0085  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.015611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0003  tRNA-Glu  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0003  tRNA-Glu  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0005  tRNA-Glu  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.913112  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0019  tRNA-Glu  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000450697  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0082  tRNA-Glu  96.3 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0045  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0001  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0034  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.224261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu01  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.484379  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu02  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu03  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0022  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.845779 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2009  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0186  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0032  tRNA-Glu  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.362082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2128  tRNA-Glu  91.18 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.223155  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0037  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115757  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>