47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_R0003 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_R0003  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0003  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0005  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.913112  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0050  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4588  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.607169  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4586  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388056  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4587  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.346053  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0050  tRNA-Glu  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190647  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0024  tRNA-Glu  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.574829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0011  tRNA-Glu  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000477421 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0025  tRNA-Glu  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.616902  normal  0.901645 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0039  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0024  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0041  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.533217 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA19  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.393669 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0033  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0034  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.180899  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0027  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.555902 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0038  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.167276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0031  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0027  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.624035  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0024  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0024  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0106  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000281433  hitchhiker  0.00000200758 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0040  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.6497  hitchhiker  0.000739711 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0025  tRNA-Glu  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0472989  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  84.62 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0015  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812602 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0023  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0025  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0023  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0025  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.328382 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6041  tRNA-Glu  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.16122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0082  tRNA-Glu  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0039  tRNA-Glu  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0040  tRNA-Glu  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.887854 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0039  tRNA-Glu  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.625919 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0035  tRNA-Glu  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.35406 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0391  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0031    91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.305428  normal  0.270323 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0050  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.224974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0049  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0819027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0044  tRNA-Glu  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000299707  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAGlyVIMSS1309148  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAGlyVIMSS1309123  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.658382  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAGlyVIMSS1309072  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0035  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>