45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4586 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4586  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388056  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4588  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.607169  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4587  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.346053  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0040  tRNA-Glu  97.18 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.6497  hitchhiker  0.000739711 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0024  tRNA-Glu  95.77 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0023  tRNA-Glu  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0025  tRNA-Glu  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0024  tRNA-Glu  95.77 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0023  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0025  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.328382 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0050  tRNA-Glu  95.38 
 
 		 75 bp  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.224974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0049  tRNA-Glu  95.38 
 
 		 75 bp  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0819027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0027  tRNA-Glu  94.92 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.555902 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0033  tRNA-Glu  94.92 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322879  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt38  tRNA-Glu  93.22 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0015  tRNA-Glu  90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812602 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0031  tRNA-Glu  90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247729  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt39  tRNA-Glu  91.53 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0027  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0620305  normal  0.455611 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0005  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.913112  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0035  tRNA-Glu  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.35406 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0050  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6041  tRNA-Glu  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.16122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0003  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0039  tRNA-Glu  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.625919 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0040  tRNA-Glu  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.887854 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0003  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0544  tRNA-OTHER  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0104195  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0018  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0145076  normal  0.84612 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4345  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.360631  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4312  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0035  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0010  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0683739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0057  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0011  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0039  tRNA-Glu  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0082  tRNA-Glu  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0038  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.167276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0039  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0041  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.533217 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0034  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.180899  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0024  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0025  tRNA-Glu  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.616902  normal  0.901645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA19  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.393669 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>