More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_904 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET1033  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  85.35 
 
 
507 aa  893    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0916  AMP-dependent synthetase and ligase  85.15 
 
 
505 aa  907    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0236685  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_904  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  100 
 
 
505 aa  1032    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000599139  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 
521 aa  277  3e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.56 
 
 
514 aa  274  3e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.91 
 
 
512 aa  266  8e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  31.31 
 
 
512 aa  259  8e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 
520 aa  255  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  31.75 
 
 
536 aa  251  3e-65  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 
525 aa  247  3e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.64 
 
 
510 aa  247  4e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.64 
 
 
510 aa  247  4e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.45 
 
 
510 aa  246  6e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.45 
 
 
510 aa  246  6.999999999999999e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.64 
 
 
510 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.45 
 
 
510 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.25 
 
 
510 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.45 
 
 
510 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.25 
 
 
510 aa  244  3e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  32.21 
 
 
539 aa  243  7e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.05 
 
 
510 aa  242  1e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.62 
 
 
510 aa  241  2e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  31.65 
 
 
551 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.41 
 
 
561 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.24 
 
 
561 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  31.89 
 
 
559 aa  240  5e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.21 
 
 
582 aa  239  6.999999999999999e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.09 
 
 
563 aa  239  6.999999999999999e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  31.45 
 
 
585 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.09 
 
 
582 aa  239  6.999999999999999e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.09 
 
 
563 aa  239  8e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.09 
 
 
563 aa  239  8e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.21 
 
 
561 aa  239  8e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.72 
 
 
563 aa  238  3e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  31.62 
 
 
662 aa  237  3e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  31.46 
 
 
584 aa  237  4e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.13 
 
 
561 aa  236  1.0000000000000001e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1609  AMP-dependent synthetase and ligase  30.34 
 
 
527 aa  234  2.0000000000000002e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.68 
 
 
513 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.92 
 
 
561 aa  234  3e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 
499 aa  233  4.0000000000000004e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  30.71 
 
 
583 aa  233  5e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  32.29 
 
 
511 aa  232  1e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  30.31 
 
 
495 aa  231  2e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 
511 aa  231  3e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  31.41 
 
 
564 aa  229  7e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  32.65 
 
 
555 aa  229  9e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  34.24 
 
 
508 aa  228  1e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  31.89 
 
 
506 aa  228  2e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  31.83 
 
 
549 aa  228  3e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  31.87 
 
 
504 aa  227  3e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  29.76 
 
 
561 aa  226  5.0000000000000005e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2902  AMP-dependent synthetase and ligase  31.42 
 
 
523 aa  225  2e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.475075  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  31.03 
 
 
565 aa  224  3e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.69 
 
 
524 aa  224  4e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  30.96 
 
 
557 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  31.93 
 
 
492 aa  223  7e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  29.19 
 
 
566 aa  223  9e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  31.29 
 
 
502 aa  223  9e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  31.99 
 
 
500 aa  223  9e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  31.68 
 
 
549 aa  222  9e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  32.11 
 
 
490 aa  223  9e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  31.31 
 
 
508 aa  222  9.999999999999999e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  30.98 
 
 
506 aa  222  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.223442  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 
569 aa  221  1.9999999999999999e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  32.07 
 
 
507 aa  221  3e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.78 
 
 
525 aa  220  5e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  32.5 
 
 
518 aa  219  7.999999999999999e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.71 
 
 
519 aa  218  2e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3818  AMP-dependent synthetase and ligase  31.63 
 
 
501 aa  218  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  30.22 
 
 
584 aa  218  2.9999999999999998e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  29.14 
 
 
564 aa  218  2.9999999999999998e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 
590 aa  218  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  30.54 
 
 
510 aa  217  2.9999999999999998e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  30.69 
 
 
505 aa  217  4e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  28.85 
 
 
578 aa  217  4e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  29.76 
 
 
553 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2675  AMP-dependent synthetase and ligase  31.06 
 
 
501 aa  216  7e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  33.13 
 
 
510 aa  216  8e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 
511 aa  216  9.999999999999999e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7147  AMP-dependent synthetase and ligase  29.63 
 
 
511 aa  215  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0152334 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 
508 aa  215  9.999999999999999e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  29.35 
 
 
577 aa  215  9.999999999999999e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 
506 aa  215  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  29.09 
 
 
573 aa  215  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  28.54 
 
 
498 aa  214  2.9999999999999995e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  29.74 
 
 
499 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 
591 aa  214  2.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  29.29 
 
 
516 aa  214  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01070  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.9 
 
 
516 aa  214  3.9999999999999995e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.72 
 
 
525 aa  213  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  31.05 
 
 
543 aa  213  5.999999999999999e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  30.63 
 
 
544 aa  213  9e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1261  AMP-dependent synthetase and ligase  31.41 
 
 
546 aa  212  1e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0532703  hitchhiker  0.000000308481 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.51 
 
 
526 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  32.3 
 
 
532 aa  211  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.35 
 
 
525 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  33.19 
 
 
503 aa  211  3e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  29.1 
 
 
583 aa  211  3e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.06 
 
 
525 aa  210  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>