33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_3811 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_3811  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 184 aa  379  1e-104  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0860  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.59 
 
 		 126 aa  94  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.62611 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2992  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.14 
 
 		 174 aa  67.4  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0893  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.91 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.3038  normal  0.0137088 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.54 
 
 		 194 aa  50.8  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000437413  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2415  sigma-24 (FecI-like)  24.48 
 
 		 205 aa  48.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.164078  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2357  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.64 
 
 		 190 aa  48.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.946347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1448  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.65 
 
 		 205 aa  47.8  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.248781  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1543  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.65 
 
 		 205 aa  48.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.207152  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4745  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.29 
 
 		 202 aa  46.6  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000041235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1094  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.53 
 
 		 170 aa  45.8  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000797792  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2662  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.9 
 
 		 172 aa  46.2  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.81941e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.6 
 
 		 211 aa  46.2  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  25 
 
 		 215 aa  45.1  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6123  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.39 
 
 		 187 aa  45.1  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.35 
 
 		 208 aa  43.9  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0377952 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2465  putative RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.9 
 
 		 408 aa  44.3  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00327105  hitchhiker  0.00432991 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1025  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.38 
 
 		 168 aa  44.3  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000320969  normal  0.488495 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  21.05 
 
 		 174 aa  43.5  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3164  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.61 
 
 		 168 aa  43.5  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4202  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.88 
 
 		 407 aa  43.1  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.217189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1915  RNA polymerase sigma factor  24.1 
 
 		 189 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.35016  normal  0.588155 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.87 
 
 		 211 aa  42.4  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0463  sigma factor  26.79 
 
 		 193 aa  41.6  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.88 
 
 		 183 aa  41.6  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2649  RNA polymerase, sigma-E factor; heat shock and oxidative stress  29.63 
 
 		 196 aa  41.6  0.007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.557779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2244  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  20 
 
 		 499 aa  41.2  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0619651 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3042  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.99 
 
 		 327 aa  41.2  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.278902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2627  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.6 
 
 		 211 aa  41.2  0.009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0766  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.45 
 
 		 167 aa  40.8  0.01  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199284  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.12 
 
 		 184 aa  40.8  0.01  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.29 
 
 		 181 aa  40.8  0.01  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>