More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2065 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2065  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 
468 aa  965    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00052706  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2737  cysteinyl-tRNA synthetase  63.95 
 
 
466 aa  628  1e-179  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2424  cysteinyl-tRNA synthetase  64.44 
 
 
466 aa  629  1e-179  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0846  cysteinyl-tRNA synthetase  61.94 
 
 
466 aa  621  1e-177  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000447814  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2253  cysteinyl-tRNA synthetase  59.78 
 
 
465 aa  604  1.0000000000000001e-171  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000105277  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0086  cysteinyl-tRNA synthetase  59.05 
 
 
466 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0084  cysteinyl-tRNA synthetase  57.76 
 
 
465 aa  562  1.0000000000000001e-159  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000240351  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3324  cysteinyl-tRNA synthetase  56.6 
 
 
470 aa  561  1.0000000000000001e-159  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0251973  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1012  cysteinyl-tRNA synthetase  56.49 
 
 
468 aa  563  1.0000000000000001e-159  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0084  cysteinyl-tRNA synthetase  56.9 
 
 
465 aa  558  1e-158  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0089  cysteinyl-tRNA synthetase  56.9 
 
 
465 aa  556  1e-157  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0154063  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0089  cysteinyl-tRNA synthetase  56.9 
 
 
465 aa  558  1e-157  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0086  cysteinyl-tRNA synthetase  56.9 
 
 
465 aa  558  1e-157  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00483591  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0085  cysteinyl-tRNA synthetase  56.9 
 
 
465 aa  558  1e-157  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0089  cysteinyl-tRNA synthetase  56.9 
 
 
465 aa  558  1e-157  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000157643  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0120  cysteinyl-tRNA synthetase  56.9 
 
 
465 aa  556  1e-157  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000252042  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0100  cysteinyl-tRNA synthetase  56.9 
 
 
465 aa  558  1e-157  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.67266e-60 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0090  cysteinyl-tRNA synthetase  57.97 
 
 
466 aa  554  1e-156  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000484516  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0193  cysteinyl-tRNA synthetase  54.38 
 
 
486 aa  542  1e-153  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1645  cysteinyl-tRNA synthetase  56.12 
 
 
472 aa  544  1e-153  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0256229  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0110  cysteinyl-tRNA synthetase  57.54 
 
 
465 aa  543  1e-153  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.033401  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5216  cysteinyl-tRNA synthetase  57.11 
 
 
465 aa  537  1e-151  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00001018  unclonable  2.47403e-25 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0171  cysteinyl-tRNA synthetase  54.84 
 
 
469 aa  534  1e-150  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000554263  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0398  cysteinyl-tRNA synthetase  53.88 
 
 
477 aa  523  1e-147  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000244083  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0303  cysteinyl-tRNA synthetase  54.99 
 
 
470 aa  523  1e-147  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.209155  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0552  cysteinyl-tRNA synthetase  54.29 
 
 
466 aa  522  1e-147  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0566  cysteinyl-tRNA synthetase  54.29 
 
 
466 aa  522  1e-147  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  51.65 
 
 
481 aa  518  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0265  cysteinyl-tRNA synthetase  50.1 
 
 
500 aa  518  1.0000000000000001e-145  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000351954  normal  0.0179812 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2484  cysteinyl-tRNA synthetase  52.62 
 
 
476 aa  515  1.0000000000000001e-145  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000672423  normal  0.0231509 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0170  cysteinyl-tRNA synthetase  54.29 
 
 
466 aa  514  1e-144  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.183538  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2732  cysteinyl-tRNA synthetase  54.14 
 
 
474 aa  512  1e-144  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.511576  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0403  cysteinyl-tRNA synthetase  51.8 
 
 
474 aa  511  1e-144  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00611212  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  50.62 
 
 
485 aa  511  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0188  cysteinyl-tRNA synthetase  49.47 
 
 
478 aa  507  9.999999999999999e-143  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.272447  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3883  cysteinyl-tRNA synthetase  50 
 
 
480 aa  495  1e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0404  cysteinyl-tRNA synthetase  49.48 
 
 
487 aa  497  1e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.751484  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4174  cysteinyl-tRNA synthetase  50 
 
 
494 aa  498  1e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.801152  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0338  cysteinyl-tRNA synthetase  52.23 
 
 
472 aa  495  1e-139  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000985703  hitchhiker  0.00000017831 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0031  cysteinyl-tRNA synthetase  48.07 
 
 
493 aa  498  1e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.173028  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3800  cysteinyl-tRNA synthetase  49.59 
 
 
480 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0100  cysteinyl-tRNA synthetase  48.65 
 
 
481 aa  483  1e-135  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1589  cysteinyl-tRNA synthetase  49.28 
 
 
487 aa  475  1e-133  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.354492  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00960  cysteinyl-tRNA synthetase  48.23 
 
 
484 aa  476  1e-133  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000845689  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  48.95 
 
 
485 aa  477  1e-133  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0458  cysteinyl-tRNA synthetase  47.61 
 
 
484 aa  472  1e-132  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0471  cysteinyl-tRNA synthetase  47.61 
 
 
484 aa  472  1e-132  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.361627  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0534  cysteinyl-tRNA synthetase  49.25 
 
 
476 aa  472  1e-132  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0472255  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0208  cysteinyl-tRNA synthetase  49.36 
 
 
460 aa  473  1e-132  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0117  cysteinyl-tRNA synthetase  51.17 
 
 
447 aa  473  1e-132  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0210  cysteinyl-tRNA synthetase  49.36 
 
 
460 aa  473  1e-132  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1599  cysteinyl-tRNA synthetase  49.25 
 
 
476 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00000906806  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0500  cysteinyl-tRNA synthetase  50 
 
 
455 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.996276  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0313  cysteinyl-tRNA synthetase  48.82 
 
 
476 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.625731 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2722  cysteinyl-tRNA synthetase  47.2 
 
 
486 aa  467  9.999999999999999e-131  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.688362 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19450  cysteinyl-tRNA synthetase  47.26 
 
 
498 aa  467  9.999999999999999e-131  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000839474 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1181  cysteinyl-tRNA synthetase  45.79 
 
 
493 aa  465  9.999999999999999e-131  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00250228  hitchhiker  0.0000333718 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1667  cysteinyl-tRNA synthetase  46.03 
 
 
479 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.67425  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2511  cysteinyl-tRNA synthetase  48.41 
 
 
459 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000706228  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0064  cysteinyl-tRNA synthetase  49.05 
 
 
469 aa  467  9.999999999999999e-131  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00940017  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1634  cysteinyl-tRNA synthetase  44.49 
 
 
493 aa  467  9.999999999999999e-131  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0430499 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1791  cysteinyl-tRNA synthetase  47.78 
 
 
459 aa  462  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3653  cysteinyl-tRNA synthetase  49.89 
 
 
465 aa  462  1e-129  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3116  cysteinyl-tRNA synthetase  48.2 
 
 
459 aa  463  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000569576  decreased coverage  0.000000405781 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1221  cysteinyl-tRNA synthetase  46.51 
 
 
459 aa  464  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000543718  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2684  cysteinyl-tRNA synthetase  48.2 
 
 
459 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000025745  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0207  cysteinyl-tRNA synthetase  49.57 
 
 
447 aa  461  9.999999999999999e-129  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0936  cysteinyl-tRNA synthetase  47.87 
 
 
460 aa  458  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2051  cysteinyl-tRNA synthetase  46.03 
 
 
461 aa  459  9.999999999999999e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0707347  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  47.89 
 
 
460 aa  461  9.999999999999999e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000455216  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0415  cysteinyl-tRNA synthetase  45.74 
 
 
490 aa  460  9.999999999999999e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.148475  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1538  cysteinyl-tRNA synthetase  47.78 
 
 
459 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.205032  hitchhiker  0.0027552 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  47.47 
 
 
460 aa  457  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0107  cysteinyl-tRNA synthetase  48.85 
 
 
459 aa  457  1e-127  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4002  cysteinyl-tRNA synthetase  48.97 
 
 
489 aa  456  1e-127  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.993734 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  47.36 
 
 
461 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000973737  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2566  cysteinyl-tRNA synthetase  47.36 
 
 
461 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000164638  normal  0.0688617 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  47.36 
 
 
461 aa  457  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000406523  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1439  cysteinyl-tRNA synthetase  46.88 
 
 
459 aa  454  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326973  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2933  cysteinyl-tRNA synthetase  47.17 
 
 
461 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.395948  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0509  cysteinyl-tRNA synthetase  47.06 
 
 
465 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3036  cysteinyl-tRNA synthetase  47.8 
 
 
478 aa  452  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1662  cysteinyl-tRNA synthetase  47.93 
 
 
478 aa  452  1.0000000000000001e-126  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.69895  normal  0.620733 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0162  cysteinyl-tRNA synthetase  50.11 
 
 
468 aa  452  1.0000000000000001e-126  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.296388  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1345  cysteinyl-tRNA synthetase  46.85 
 
 
461 aa  448  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0679  cysteinyl-tRNA synthetase  47.99 
 
 
470 aa  449  1e-125  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2753  cysteinyl-tRNA synthetase  45.88 
 
 
459 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000279239  normal  0.0782158 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0530  cysteinyl-tRNA synthetase  46.51 
 
 
460 aa  449  1e-125  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.474927  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2121  cysteinyl-tRNA synthetase  46.6 
 
 
485 aa  449  1e-125  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00371034  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2571  cysteinyl-tRNA synthetase  47.27 
 
 
461 aa  450  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00897166  hitchhiker  0.0000307026 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1881  cysteinyl-tRNA synthetase  46.85 
 
 
464 aa  451  1e-125  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1590  cysteinyl-tRNA synthetase  45.88 
 
 
459 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000784367  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1624  cysteinyl-tRNA synthetase  45.88 
 
 
459 aa  448  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000105095  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1559  cysteinyl-tRNA synthetase  48.1 
 
 
467 aa  449  1e-125  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1666  cysteinyl-tRNA synthetase  46.72 
 
 
458 aa  451  1e-125  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.226197  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1844  cysteinyl-tRNA synthetase  47.47 
 
 
463 aa  446  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2138  cysteinyl-tRNA synthetase  47.07 
 
 
478 aa  446  1.0000000000000001e-124  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0357828 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2233  cysteinyl-tRNA synthetase  46.49 
 
 
501 aa  447  1.0000000000000001e-124  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.056881  normal  0.890291 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1166  cysteinyl-tRNA synthetase  45.09 
 
 
461 aa  447  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00193068  normal  0.0129624 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0537  cysteinyl-tRNA synthetase  44.74 
 
 
485 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>