26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9590 on replicon NC_011991
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011991  Avi_9590  conjugal transfer protein Dtr system  100 
 
 		 92 aa  182  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.285665  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5395  conjugal transfer protein TraD  62.12 
 
 		 71 aa  71.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.488744  normal  0.457429 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8129  conjugal transfer protein Dtr system  54.69 
 
 		 71 aa  67.4  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.201985  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8048  conjugal transfer protein Dtr system  54.69 
 
 		 71 aa  67.4  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428769  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5516  Conjugal transfer TraD family protein  57.89 
 
 		 71 aa  64.3  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184996  normal  0.022587 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4673  conjugal transfer TraD  57.63 
 
 		 71 aa  63.5  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.353098  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7062  conjugal transfer protein TraD  51.56 
 
 		 81 aa  62.8  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.604351  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4332  conjugal transfer TraD  51.32 
 
 		 97 aa  61.6  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5050  conjugal transfer TraD family protein  65.96 
 
 		 64 aa  59.7  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.609822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5001  conjugal transfer TraD family protein  46.67 
 
 		 80 aa  52.8  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.973418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9187  conjugal transfer protein TraD  54.69 
 
 		 81 aa  51.2  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5573  Conjugal transfer TraD family protein  49.12 
 
 		 65 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0258543  normal  0.0242363 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0437  conjugal transfer protein traD  46.15 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0648  conjugal transfer TraD family protein  49.12 
 
 		 77 aa  47.8  0.00006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3230  conjugal transfer TraD  44 
 
 		 81 aa  47  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4202  conjugal transfer TraD  71.88 
 
 		 50 aa  46.6  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30131  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0185  hypothetical protein  56.1 
 
 		 89 aa  46.2  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0098  conjugal transfer TraD family protein  44.83 
 
 		 81 aa  44.3  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.358266 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0996  conjugal transfer TraD  44.44 
 
 		 89 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000550634 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0270  conjugal transfer TraD family protein  45.28 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0619355 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2655  conjugal transfer TraD family protein  45.28 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0147  conjugal transfer TraD  42.86 
 
 		 86 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.777947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2274  conjugal transfer TraD  48.08 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.667805  normal  0.112089 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0171  hypothetical protein  53.12 
 
 		 87 aa  41.6  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3948  conjugal transfer TraD  44.23 
 
 		 89 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4224  conjugal transfer TraD  42.19 
 
 		 81 aa  41.2  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0545637  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>