65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6278 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  89.49 
 
 		 432 aa  774    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  100 
 
 		 429 aa  880    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  89.72 
 
 		 432 aa  778    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4063  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  70.13 
 
 		 421 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.797968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3337  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  69.87 
 
 		 421 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.874781  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  67.22 
 
 		 421 aa  589  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4739  ABC transporter substrate-binding protein  62.7 
 
 		 426 aa  538  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  59.67 
 
 		 429 aa  536  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0101  ABC transporter substrate-binding protein  61.77 
 
 		 427 aa  536  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0635162  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  60.51 
 
 		 431 aa  532  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  58.1 
 
 		 433 aa  528  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  59.63 
 
 		 422 aa  523  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  59.14 
 
 		 415 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5257  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  57.71 
 
 		 431 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.726657 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  57.58 
 
 		 431 aa  513  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  58 
 
 		 429 aa  512  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  60.2 
 
 		 435 aa  508  1e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  59.45 
 
 		 420 aa  510  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  57.62 
 
 		 433 aa  503  1e-141  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1905  putative ABC transporter substrate-binding protein  52.97 
 
 		 421 aa  443  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7129  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  50.58 
 
 		 435 aa  429  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3931  hypothetical protein  38.56 
 
 		 398 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  36.19 
 
 		 428 aa  301  2e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1002  hypothetical protein  37.15 
 
 		 412 aa  300  3e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.290932  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4197  hypothetical protein  37.53 
 
 		 398 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5885  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  37.72 
 
 		 405 aa  280  4e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29258  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3722  signal peptide prediction  34.6 
 
 		 435 aa  279  5e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  35.13 
 
 		 423 aa  270  2.9999999999999997e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2087  hypothetical protein  35.06 
 
 		 396 aa  268  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0716956 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01580  signal peptide prediction  35.93 
 
 		 427 aa  263  4e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  33.96 
 
 		 437 aa  198  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0997  putative substrate-binding component of ABC transporter  34.18 
 
 		 406 aa  192  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1052  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  33.15 
 
 		 389 aa  109  8.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5836  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  33.88 
 
 		 392 aa  100  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174731  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.36 
 
 		 348 aa  65.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.36 
 
 		 348 aa  65.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 351 aa  53.1  0.000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4502  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.55 
 
 		 360 aa  52.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4308  extracellular solute-binding protein  20.61 
 
 		 369 aa  50.1  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00256094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2387  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.65 
 
 		 344 aa  49.3  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.246061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 		 363 aa  49.7  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  27.44 
 
 		 345 aa  49.3  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3137  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 393 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.713269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  22.15 
 
 		 348 aa  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0022  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 		 417 aa  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.68503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1581  putative ABC transport system, exported substrate-binding protein  21.99 
 
 		 452 aa  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  22.73 
 
 		 355 aa  46.6  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0098  ABC transport system, exported substrate-binding protein  21.99 
 
 		 343 aa  46.2  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3388  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 393 aa  45.8  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645484 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0086  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein, putative  22.46 
 
 		 343 aa  46.2  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2611  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 396 aa  45.8  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.768707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2566  twin-arginine translocation pathway signal  25.57 
 
 		 396 aa  45.8  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2854  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.08 
 
 		 367 aa  45.8  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404932  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2605  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 396 aa  45.8  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 354 aa  45.1  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0281  putative polyamine-binding lipoprotein  23.95 
 
 		 412 aa  44.7  0.003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.565719  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  21.48 
 
 		 359 aa  44.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 343 aa  44.3  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  20.21 
 
 		 360 aa  44.7  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  21.67 
 
 		 341 aa  43.9  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0915  extracellular solute-binding protein family 1  22.04 
 
 		 407 aa  43.5  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4278  extracellular solute-binding protein family 1  25.74 
 
 		 389 aa  43.1  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0125  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  24.67 
 
 		 343 aa  43.1  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.961154  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  20.07 
 
 		 362 aa  43.1  0.009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  21.55 
 
 		 357 aa  43.1  0.009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>