25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5080 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5080  Carbohydrate-selective porin  100 
 
 		 449 aa  919    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5314  Carbohydrate-selective porin  62.68 
 
 		 459 aa  550  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385247  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2023  Carbohydrate-selective porin protein  54.63 
 
 		 477 aa  502  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0980968  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  54.08 
 
 		 459 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7680  porin B  43.99 
 
 		 464 aa  371  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00131365  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  25.64 
 
 		 492 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  25.64 
 
 		 486 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  25.64 
 
 		 481 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  25.64 
 
 		 494 aa  108  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  25.41 
 
 		 486 aa  107  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  25.41 
 
 		 486 aa  107  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  26.95 
 
 		 484 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  25.15 
 
 		 493 aa  103  9e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  25.15 
 
 		 484 aa  101  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1366  Carbohydrate-selective porin OprB  22.27 
 
 		 461 aa  79.7  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  25.07 
 
 		 440 aa  63.2  0.000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  21 
 
 		 452 aa  62  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  24.71 
 
 		 510 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  20.69 
 
 		 434 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  23.9 
 
 		 501 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  21.91 
 
 		 453 aa  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  23.9 
 
 		 453 aa  45.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  23.42 
 
 		 476 aa  44.7  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  32.67 
 
 		 456 aa  43.9  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  32.67 
 
 		 456 aa  43.9  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>