More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1823 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1823  50S ribosomal protein L7/L12  100 
 
 
124 aa  224  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0977  50S ribosomal protein L7/L12  96 
 
 
125 aa  182  9e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513658 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1323  50S ribosomal protein L7/L12  90.4 
 
 
125 aa  166  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.160578 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1421  50S ribosomal protein L7/L12  91.2 
 
 
125 aa  164  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.927716  normal  0.299454 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1206  50S ribosomal protein L7/L12  83.87 
 
 
124 aa  160  6e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.431527  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1245  50S ribosomal protein L7/L12  83.06 
 
 
124 aa  158  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1946  50S ribosomal protein L7/L12  83.06 
 
 
124 aa  157  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0743276  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2222  50S ribosomal protein L7/L12  76 
 
 
125 aa  154  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274833 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1591  50S ribosomal protein L7/L12  76.8 
 
 
124 aa  154  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1820  50S ribosomal protein L7/L12  82.4 
 
 
125 aa  154  5.0000000000000005e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0400665  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2696  50S ribosomal protein L7/L12  78.23 
 
 
123 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10114  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1700  50S ribosomal protein L7/L12  81.6 
 
 
125 aa  149  8.999999999999999e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357459  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2728  ribosomal protein L7/L12  79.84 
 
 
123 aa  147  6e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176458  normal  0.779559 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0570  50S ribosomal protein L7/L12  79.84 
 
 
123 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000202265  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3363  50S ribosomal protein L7/L12  77.42 
 
 
124 aa  144  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.304303  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4498  50S ribosomal protein L7/L12  75.4 
 
 
126 aa  143  9e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1530  50S ribosomal protein L7/L12  75.81 
 
 
124 aa  141  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2272  50S ribosomal protein L7/L12  76.8 
 
 
125 aa  141  4e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3196  50S ribosomal protein L7/L12  77.42 
 
 
123 aa  141  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.380121 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2360  50S ribosomal protein L7/L12  76.8 
 
 
125 aa  141  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0361  50S ribosomal protein L7/L12  73.02 
 
 
126 aa  140  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.435588 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2284  50S ribosomal protein L7/L12  78.23 
 
 
123 aa  140  7e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0509543  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3459  50S ribosomal protein L7/L12  75 
 
 
123 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886591  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1953  50S ribosomal protein L7/L12  71.43 
 
 
127 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0817116  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3688  50S ribosomal protein L7/L12  74.4 
 
 
125 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1899  50S ribosomal protein L7/L12  72.22 
 
 
126 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2959  50S ribosomal protein L7/L12  73.6 
 
 
125 aa  138  3e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.585888  normal  0.16288 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5082  50S ribosomal protein L7/L12  75.2 
 
 
125 aa  137  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487843  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3476  50S ribosomal protein L7/L12  74.6 
 
 
126 aa  136  8.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.145567  hitchhiker  0.0000717521 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1349  50S ribosomal protein L7/L12  72.8 
 
 
125 aa  135  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.262867  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4385  50S ribosomal protein L7/L12  74.4 
 
 
125 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.318012 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1346  50S ribosomal protein L7/L12  71.43 
 
 
126 aa  134  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0781137  normal  0.0992596 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4016  50S ribosomal protein L7/L12  74.4 
 
 
125 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.797485  normal  0.61149 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0030  50S ribosomal protein L7/L12  74.19 
 
 
123 aa  132  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0666406  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3840  50S ribosomal protein L7/L12  71.2 
 
 
125 aa  130  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00160785  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3867  50S ribosomal protein L7/L12  69.84 
 
 
126 aa  130  5e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0270847 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1700  50S ribosomal protein L7/L12  67.46 
 
 
125 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.906348  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0338  50S ribosomal protein L7/L12  67.46 
 
 
125 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.826751 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0352  50S ribosomal protein L7/L12  67.46 
 
 
125 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.474706 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2543  50S ribosomal protein L7/L12  68 
 
 
124 aa  128  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0701  50S ribosomal protein L7/L12  60.94 
 
 
128 aa  128  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.48275  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0195  50S ribosomal protein L7/L12  63.93 
 
 
125 aa  128  3e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00370258  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1803  50S ribosomal protein L12P  69.35 
 
 
123 aa  127  5.0000000000000004e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.116648 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4677  50S ribosomal protein L7/L12  65.87 
 
 
126 aa  127  7.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0969346  decreased coverage  0.00273455 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0299  50S ribosomal protein L7/L12  68.75 
 
 
128 aa  125  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00870762  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0257  50S ribosomal protein L7/L12  69.29 
 
 
127 aa  124  4.0000000000000003e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857279  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1963  50S ribosomal protein L7/L12  64.41 
 
 
123 aa  123  9e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.128486  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1065  50S ribosomal protein L7/L12  66.95 
 
 
125 aa  122  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00323205  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0206  50S ribosomal protein L7/L12  66.94 
 
 
124 aa  121  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000710602  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0287  50S ribosomal protein L7/L12  60.32 
 
 
126 aa  122  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000000028458  normal  0.010711 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3170  50S ribosomal protein L7/L12  57.26 
 
 
123 aa  120  5e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1709  50S ribosomal protein L7/L12  53.23 
 
 
124 aa  120  9e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.197098  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1107  ribosomal protein L7/L12  59.52 
 
 
126 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0747227  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0746  50S ribosomal protein L7/L12  61.6 
 
 
124 aa  119  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00478946 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2680  50S ribosomal protein L7/L12  62.18 
 
 
124 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00234382  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0266  50S ribosomal protein L7/L12  59.52 
 
 
126 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0233  ribosomal protein L7/L12  67.5 
 
 
129 aa  118  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.643135  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0503  50S ribosomal protein L7/L12  59.69 
 
 
129 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000266288  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0277  ribosomal protein L7/L12  57.94 
 
 
126 aa  118  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000125688  hitchhiker  0.000433063 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2729  50S ribosomal protein L7/L12  58.82 
 
 
121 aa  118  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000345895  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0386  50S ribosomal protein L7/L12  58.33 
 
 
126 aa  117  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0361  50S ribosomal protein L7/L12  58.33 
 
 
126 aa  117  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0173  50S ribosomal protein L7/L12  57.63 
 
 
125 aa  116  9e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0448  50S ribosomal protein L7/L12  61.02 
 
 
125 aa  116  9.999999999999999e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00560406  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0352  ribosomal protein L7/L12  64.41 
 
 
124 aa  115  9.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.40803  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0140  ribosomal protein L7/L12  56.3 
 
 
121 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000121885  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1926  ribosomal protein L7/L12  64.84 
 
 
128 aa  116  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.252163  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0409  50S ribosomal protein L7/L12  67.74 
 
 
124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000329533  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3335  50S ribosomal protein L7/L12  63.56 
 
 
124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0176  50S ribosomal protein L7/L12  57.14 
 
 
121 aa  115  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000503001  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0223  50S ribosomal protein L7/L12  56.3 
 
 
122 aa  114  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2721  ribosomal protein L7/L12  62.5 
 
 
123 aa  114  3e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.200766  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3767  50S ribosomal protein L7/L12  56.3 
 
 
122 aa  114  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000892884  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1338  50S ribosomal protein L7/L12  65.08 
 
 
126 aa  114  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1042  ribosomal protein L7/L12  68 
 
 
124 aa  114  3.9999999999999997e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.343  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0672  50S ribosomal protein L7/L12  65.35 
 
 
127 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0232  50S ribosomal protein L7/L12  58.33 
 
 
125 aa  114  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0946443  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1317  50S ribosomal protein L7/L12  64.41 
 
 
124 aa  114  5e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000128375  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0567  50S ribosomal protein L7/L12  57.26 
 
 
124 aa  114  6e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1037  50S ribosomal protein L7/L12  57.72 
 
 
129 aa  114  6.9999999999999995e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.144376  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0693  ribosomal protein L7/L12  64.57 
 
 
127 aa  113  7.999999999999999e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000904512  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0618  50S ribosomal protein L7/L12  64.57 
 
 
127 aa  113  7.999999999999999e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000123102 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0501  ribosomal protein L7/L12  51.26 
 
 
121 aa  112  1.0000000000000001e-24  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1664  50S ribosomal protein L7/L12  60.17 
 
 
124 aa  112  1.0000000000000001e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.63361  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0318  50S ribosomal protein L7/L12  57.14 
 
 
126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0132009  hitchhiker  0.00085028 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0790  50S ribosomal protein L7/L12  61.9 
 
 
126 aa  111  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.188773 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1175  50S ribosomal protein L7/L12  66.4 
 
 
126 aa  111  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000154127  normal  0.646226 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2332  50S ribosomal protein L7/L12  59.17 
 
 
126 aa  111  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00721046  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0858  50S ribosomal protein L7/L12  64.17 
 
 
125 aa  111  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150638  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4017  ribosomal protein L7/L12  55.47 
 
 
127 aa  111  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.712821  normal  0.474419 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1473  50S ribosomal protein L7/L12  55.3 
 
 
132 aa  110  4.0000000000000004e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000000879556  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0180  50S ribosomal protein L7/L12  58.47 
 
 
125 aa  110  4.0000000000000004e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.595684  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2675  ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 
126 aa  110  5e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0000113086  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0356  50S ribosomal protein L7/L12  59.02 
 
 
124 aa  110  5e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0227516  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2263  50S ribosomal protein L7/L12  67.54 
 
 
124 aa  110  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.990375  normal  0.74642 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1635  50S ribosomal protein L7/L12  61.16 
 
 
128 aa  110  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2864  50S ribosomal protein L7/L12  63.78 
 
 
127 aa  110  8.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.310416  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1528  ribosomal protein L7/L12  62.1 
 
 
129 aa  110  9e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000020563  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0509  50S ribosomal protein L7/L12  63.16 
 
 
125 aa  109  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.17495  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0352  50S ribosomal protein L7/L12  57.63 
 
 
122 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0074009  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>