More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1516 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1516  50S ribosomal protein L9  100 
 
 		 191 aa  383  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.101233  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0738  50S ribosomal protein L9  86.26 
 
 		 191 aa  325  3e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.823068  normal  0.564603 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1194  50S ribosomal protein L9  82.2 
 
 		 192 aa  322  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.762079  normal  0.0731596 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1051  50S ribosomal protein L9  82.72 
 
 		 192 aa  321  4e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.289991 
 
 
-
 
NC_004310  BR0452  50S ribosomal protein L9  67.91 
 
 		 189 aa  265  4e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.206752  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0458  50S ribosomal protein L9  67.91 
 
 		 189 aa  263  1e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0566  50S ribosomal protein L9  66.31 
 
 		 189 aa  259  1e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1918  50S ribosomal protein L9  66.85 
 
 		 196 aa  250  9.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0491  ribosomal protein L9  62.64 
 
 		 179 aa  225  2e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3121  ribosomal protein L9  63.58 
 
 		 193 aa  221  7e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5418  50S ribosomal protein L9  64.46 
 
 		 190 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0206045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0901  50S ribosomal protein L9  64.38 
 
 		 189 aa  217  7e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0476125 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4414  50S ribosomal protein L9  63.98 
 
 		 190 aa  216  1e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.248049 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4307  50S ribosomal protein L9  63.35 
 
 		 190 aa  215  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3939  50S ribosomal protein L9  63.35 
 
 		 190 aa  215  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613806  normal  0.190537 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2593  50S ribosomal protein L9  67.08 
 
 		 189 aa  208  5e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0267673 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3363  ribosomal protein L9  64.2 
 
 		 201 aa  207  7e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4634  50S ribosomal protein L9  66.67 
 
 		 189 aa  202  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.269406  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1774  50S ribosomal protein L9  61.25 
 
 		 189 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0141  50S ribosomal protein L9  61.25 
 
 		 189 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1350  50S ribosomal protein L9  61.88 
 
 		 189 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1694  50S ribosomal protein L9  54.69 
 
 		 202 aa  199  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0817246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2306  50S ribosomal protein L9  58.13 
 
 		 189 aa  198  3.9999999999999996e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.891012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2188  50S ribosomal protein L9  61.25 
 
 		 209 aa  197  5e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0889  50S ribosomal protein L9  60 
 
 		 194 aa  197  7e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.301047  normal  0.514488 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3812  50S ribosomal protein L9  51.56 
 
 		 197 aa  194  8.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.740565  normal  0.136797 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3490  50S ribosomal protein L9  52.43 
 
 		 195 aa  192  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1043  50S ribosomal protein L9  59.38 
 
 		 204 aa  192  3e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2988  50S ribosomal protein L9  52.04 
 
 		 194 aa  190  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1620  50S ribosomal protein L9  58.75 
 
 		 211 aa  189  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0645747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3040  50S ribosomal protein L9  56.25 
 
 		 188 aa  188  4e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.186174 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2461  50S ribosomal protein L9  51.02 
 
 		 196 aa  187  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2415  50S ribosomal protein L9  51.04 
 
 		 202 aa  187  9e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.295062  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2293  50S ribosomal protein L9  51.02 
 
 		 198 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.14836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0083  50S ribosomal protein L9  54.05 
 
 		 202 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1210  50S ribosomal protein L9  54.65 
 
 		 209 aa  182  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0873917  normal  0.750153 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2510  50S ribosomal protein L9  51.53 
 
 		 194 aa  180  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.531472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1414  50S ribosomal protein L9  47.03 
 
 		 199 aa  170  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1510  ribosomal protein L9  48.82 
 
 		 186 aa  169  3e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1902  50S ribosomal protein L9  55.06 
 
 		 210 aa  166  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.171336 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0411  50S ribosomal protein L9  56.3 
 
 		 195 aa  156  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.112533  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5226  ribosomal protein L9  45.52 
 
 		 150 aa  130  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3666  50S ribosomal protein L9  47.26 
 
 		 149 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.006093  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2458  50S ribosomal protein L9P  42.95 
 
 		 149 aa  124  8.000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174518 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1403  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  123  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.318005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5171  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 150 aa  122  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1894  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  122  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000492255  hitchhiker  0.000000062237 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6208  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  122  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1871  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  122  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.539407  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2827  ribosomal protein L9  46 
 
 		 150 aa  121  6e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1780  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  121  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.941111 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3034  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  121  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000136909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1808  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  121  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.432428  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1529  50S ribosomal protein L9P  47.76 
 
 		 150 aa  121  7e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00288476  normal  0.135454 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1329  50S ribosomal protein L9P  46.9 
 
 		 148 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.556068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2196  50S ribosomal protein L9  42.76 
 
 		 150 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0214296  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2780  50S ribosomal protein L9  44.2 
 
 		 149 aa  119  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000928974  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2566  50S ribosomal protein L9  44.74 
 
 		 150 aa  117  9e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3213  50S ribosomal protein L9  44.74 
 
 		 150 aa  117  9e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07670  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 148 aa  117  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.957501  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2102  50S ribosomal protein L9P  41.38 
 
 		 149 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0984  50S ribosomal protein L9  41.91 
 
 		 150 aa  115  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1821  50S ribosomal protein L9  44.78 
 
 		 150 aa  115  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.215704  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4535  50S ribosomal protein L9  41.06 
 
 		 153 aa  114  6.9999999999999995e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4946  ribosomal protein L9  40.41 
 
 		 148 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2911  ribosomal protein L9  36.55 
 
 		 147 aa  113  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4665  50S ribosomal protein L9  43.38 
 
 		 148 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0656931 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1231  50S ribosomal protein L9  44.12 
 
 		 150 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.662893  normal  0.0262623 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2249  50S ribosomal protein L9  41.38 
 
 		 150 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.128176  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4931  50S ribosomal protein L9  42.65 
 
 		 148 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100703 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1310  50S ribosomal protein L9  45.52 
 
 		 150 aa  111  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1435  50S ribosomal protein L9  43.48 
 
 		 149 aa  110  1.0000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0986557  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1185  50S ribosomal protein L9  42.07 
 
 		 150 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152259  normal  0.105379 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1246  50S ribosomal protein L9  42.07 
 
 		 150 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00525572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1948  ribosomal protein L9  42.76 
 
 		 151 aa  108  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00744  50S ribosomal protein L9  37.93 
 
 		 149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.73532  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2131  50S ribosomal protein L9  41.38 
 
 		 149 aa  108  5e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.103333  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2050  50S ribosomal protein L9  41.38 
 
 		 149 aa  108  5e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3558  50S ribosomal protein L9  39.31 
 
 		 148 aa  108  6e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.882223 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0914  50S ribosomal protein L9  42.54 
 
 		 150 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.334096 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1219  50S ribosomal protein L9P  42.76 
 
 		 148 aa  107  8.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.405746 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2820  50S ribosomal protein L9  45.95 
 
 		 148 aa  107  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2443  50S ribosomal protein L9  45.95 
 
 		 148 aa  107  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00389118 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04070  50S ribosomal protein L9  40.41 
 
 		 149 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3790  ribosomal protein L9  40.41 
 
 		 149 aa  107  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00574678  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04032  hypothetical protein  40.41 
 
 		 149 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5718  50S ribosomal protein L9  40.41 
 
 		 149 aa  107  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.595872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4447  50S ribosomal protein L9  40.41 
 
 		 149 aa  107  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0165  50S ribosomal protein L9  41.38 
 
 		 148 aa  107  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000317895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1976  50S ribosomal protein L9  42.54 
 
 		 150 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.391403  normal  0.167749 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4736  50S ribosomal protein L9  40.41 
 
 		 149 aa  107  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.257928  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4673  50S ribosomal protein L9  40.41 
 
 		 149 aa  107  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4764  50S ribosomal protein L9  40.41 
 
 		 149 aa  107  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002335  LSU ribosomal protein L9p  39.04 
 
 		 150 aa  107  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.178305  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3810  50S ribosomal protein L9  40.41 
 
 		 149 aa  107  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0581092 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1401  50S ribosomal protein L9  42.54 
 
 		 150 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.185741  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4754  50S ribosomal protein L9  40.41 
 
 		 149 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0190714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4812  50S ribosomal protein L9  40.41 
 
 		 149 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0162172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00020  50S ribosomal protein L9  39.73 
 
 		 150 aa  106  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1165  50S ribosomal protein L9  42.54 
 
 		 150 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.700636  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>