More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0083 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0083  50S ribosomal protein L9  100 
 
 		 202 aa  402  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1414  50S ribosomal protein L9  69.31 
 
 		 199 aa  266  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1902  50S ribosomal protein L9  72.22 
 
 		 210 aa  218  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.171336 
 
 
-
 
NC_004310  BR0452  50S ribosomal protein L9  57.41 
 
 		 189 aa  185  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.206752  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2510  50S ribosomal protein L9  56.97 
 
 		 194 aa  184  7e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.531472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4307  50S ribosomal protein L9  55.49 
 
 		 190 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1516  50S ribosomal protein L9  59.24 
 
 		 191 aa  183  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.101233  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3939  50S ribosomal protein L9  55.49 
 
 		 190 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613806  normal  0.190537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4414  50S ribosomal protein L9  55.49 
 
 		 190 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.248049 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1051  50S ribosomal protein L9  54.59 
 
 		 192 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.289991 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3363  ribosomal protein L9  58.13 
 
 		 201 aa  181  7e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0458  50S ribosomal protein L9  56.17 
 
 		 189 aa  181  8.000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0566  50S ribosomal protein L9  55.56 
 
 		 189 aa  180  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5418  50S ribosomal protein L9  54.91 
 
 		 190 aa  180  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0206045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1210  50S ribosomal protein L9  52.48 
 
 		 209 aa  179  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0873917  normal  0.750153 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1194  50S ribosomal protein L9  52.97 
 
 		 192 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.762079  normal  0.0731596 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1918  50S ribosomal protein L9  51.65 
 
 		 196 aa  178  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0738  50S ribosomal protein L9  56.69 
 
 		 191 aa  177  8e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.823068  normal  0.564603 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1350  50S ribosomal protein L9  57.32 
 
 		 189 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2306  50S ribosomal protein L9  57.5 
 
 		 189 aa  176  2e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.891012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0491  ribosomal protein L9  54.49 
 
 		 179 aa  176  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3121  ribosomal protein L9  56.25 
 
 		 193 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0141  50S ribosomal protein L9  56.05 
 
 		 189 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1774  50S ribosomal protein L9  56.05 
 
 		 189 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2415  50S ribosomal protein L9  49.47 
 
 		 202 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.295062  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0901  50S ribosomal protein L9  55 
 
 		 189 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0476125 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3812  50S ribosomal protein L9  48.51 
 
 		 197 aa  171  7.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.740565  normal  0.136797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2593  50S ribosomal protein L9  60.51 
 
 		 189 aa  171  9e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0267673 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2188  50S ribosomal protein L9  56.05 
 
 		 209 aa  170  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3040  50S ribosomal protein L9  50.86 
 
 		 188 aa  170  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.186174 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4634  50S ribosomal protein L9  59.87 
 
 		 189 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.269406  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1620  50S ribosomal protein L9  55.41 
 
 		 211 aa  168  5e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0645747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1510  ribosomal protein L9  53.42 
 
 		 186 aa  168  5e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2988  50S ribosomal protein L9  49.21 
 
 		 194 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0889  50S ribosomal protein L9  54.78 
 
 		 194 aa  167  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.301047  normal  0.514488 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1694  50S ribosomal protein L9  46.53 
 
 		 202 aa  164  6.9999999999999995e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0817246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1043  50S ribosomal protein L9  53.5 
 
 		 204 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3490  50S ribosomal protein L9  47.94 
 
 		 195 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2461  50S ribosomal protein L9  47.57 
 
 		 196 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2293  50S ribosomal protein L9  46.77 
 
 		 198 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.14836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0411  50S ribosomal protein L9  52.05 
 
 		 195 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.112533  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1435  50S ribosomal protein L9  43.84 
 
 		 149 aa  122  4e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0986557  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00744  50S ribosomal protein L9  44.83 
 
 		 149 aa  122  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.73532  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2458  50S ribosomal protein L9P  40.82 
 
 		 149 aa  119  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174518 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2131  50S ribosomal protein L9  44.3 
 
 		 149 aa  116  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.103333  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2050  50S ribosomal protein L9  44.3 
 
 		 149 aa  116  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2780  50S ribosomal protein L9  41.78 
 
 		 149 aa  114  8.999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000928974  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0060  ribosomal protein L9  42.36 
 
 		 160 aa  114  1.0000000000000001e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.356425  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0418  ribosomal protein L9  45.27 
 
 		 150 aa  113  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.291311  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3281  50S ribosomal protein L9  45.21 
 
 		 150 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.134585  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0448  50S ribosomal protein L9  40.28 
 
 		 148 aa  113  2.0000000000000002e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000315624  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4535  50S ribosomal protein L9  42.95 
 
 		 153 aa  112  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1436  50S ribosomal protein L9  40 
 
 		 149 aa  111  6e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3636  50S ribosomal protein L9  43.71 
 
 		 150 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3781  50S ribosomal protein L9  43.71 
 
 		 150 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0681  50S ribosomal protein L9  43.71 
 
 		 150 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4209  50S ribosomal protein L9  43.84 
 
 		 150 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.828057  hitchhiker  0.000279421 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1547  50S ribosomal protein L9  39.31 
 
 		 149 aa  109  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00020  50S ribosomal protein L9  41.1 
 
 		 150 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3666  50S ribosomal protein L9  43.84 
 
 		 149 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.006093  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002335  LSU ribosomal protein L9p  41.1 
 
 		 150 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.178305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04070  50S ribosomal protein L9  43.84 
 
 		 149 aa  109  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3790  ribosomal protein L9  43.84 
 
 		 149 aa  109  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00574678  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5718  50S ribosomal protein L9  43.84 
 
 		 149 aa  109  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.595872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4812  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0162172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4764  50S ribosomal protein L9  43.84 
 
 		 149 aa  109  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0007  50S ribosomal protein L9  44.44 
 
 		 151 aa  109  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2102  50S ribosomal protein L9P  42.07 
 
 		 149 aa  109  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4754  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0190714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4665  50S ribosomal protein L9  43.38 
 
 		 148 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0656931 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04032  hypothetical protein  43.84 
 
 		 149 aa  109  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4736  50S ribosomal protein L9  43.84 
 
 		 149 aa  109  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.257928  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4790  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.131212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4447  50S ribosomal protein L9  43.84 
 
 		 149 aa  109  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3810  50S ribosomal protein L9  43.84 
 
 		 149 aa  109  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0581092 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4673  50S ribosomal protein L9  43.84 
 
 		 149 aa  109  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2587  50S ribosomal protein L9  43.38 
 
 		 150 aa  108  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.800649 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4672  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00136692  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4662  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0630658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0116  50S ribosomal protein L9  46.53 
 
 		 149 aa  108  5e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0760  50S ribosomal protein L9  42.47 
 
 		 150 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.242158  hitchhiker  0.000000266441 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4931  50S ribosomal protein L9  42.65 
 
 		 148 aa  107  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100703 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07670  50S ribosomal protein L9  40.69 
 
 		 148 aa  107  9.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.957501  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3927  50S ribosomal protein L9  45.89 
 
 		 150 aa  107  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0134  50S ribosomal protein L9  45.83 
 
 		 149 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3348  50S ribosomal protein L9  44.52 
 
 		 150 aa  107  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000169987  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0123  50S ribosomal protein L9  45.83 
 
 		 149 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0777  50S ribosomal protein L9  42.47 
 
 		 149 aa  106  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000131124  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2443  50S ribosomal protein L9  47.3 
 
 		 148 aa  105  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00389118 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2820  50S ribosomal protein L9  47.3 
 
 		 148 aa  105  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0891  50S ribosomal protein L9P  42.76 
 
 		 148 aa  106  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1329  50S ribosomal protein L9P  44.14 
 
 		 148 aa  105  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.556068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2610  50S ribosomal protein L9  38.62 
 
 		 147 aa  105  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.196058  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1352  50S ribosomal protein L9  42.07 
 
 		 167 aa  105  5e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1692  50S ribosomal protein L9  40.69 
 
 		 149 aa  105  5e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1529  50S ribosomal protein L9P  44.03 
 
 		 150 aa  105  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00288476  normal  0.135454 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0449  50S ribosomal protein L9  41.78 
 
 		 150 aa  105  7e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00474942 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3583  50S ribosomal protein L9  45.21 
 
 		 150 aa  104  7e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237319  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0761  50S ribosomal protein L9  40.38 
 
 		 151 aa  104  7e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000425439  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0222  ribosomal protein L9  41.78 
 
 		 151 aa  103  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>