More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3490 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3490  50S ribosomal protein L9  100 
 
 		 195 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2461  50S ribosomal protein L9  87.76 
 
 		 196 aa  304  6e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2988  50S ribosomal protein L9  87.89 
 
 		 194 aa  300  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2293  50S ribosomal protein L9  82.47 
 
 		 198 aa  279  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.14836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1694  50S ribosomal protein L9  72.82 
 
 		 202 aa  267  8e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0817246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3812  50S ribosomal protein L9  74.73 
 
 		 197 aa  266  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.740565  normal  0.136797 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2415  50S ribosomal protein L9  71.64 
 
 		 202 aa  261  4.999999999999999e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.295062  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3121  ribosomal protein L9  61.85 
 
 		 193 aa  213  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0738  50S ribosomal protein L9  52.41 
 
 		 191 aa  195  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.823068  normal  0.564603 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0566  50S ribosomal protein L9  56.79 
 
 		 189 aa  194  5.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3363  ribosomal protein L9  56.63 
 
 		 201 aa  194  8.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3939  50S ribosomal protein L9  55.61 
 
 		 190 aa  194  9e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613806  normal  0.190537 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4307  50S ribosomal protein L9  55.61 
 
 		 190 aa  194  9e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4414  50S ribosomal protein L9  55.61 
 
 		 190 aa  194  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.248049 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1051  50S ribosomal protein L9  52.38 
 
 		 192 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.289991 
 
 
-
 
NC_004310  BR0452  50S ribosomal protein L9  56.79 
 
 		 189 aa  192  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.206752  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5418  50S ribosomal protein L9  56.15 
 
 		 190 aa  192  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0206045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1918  50S ribosomal protein L9  55.03 
 
 		 196 aa  193  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0458  50S ribosomal protein L9  56.79 
 
 		 189 aa  192  3e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1194  50S ribosomal protein L9  51.32 
 
 		 192 aa  191  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.762079  normal  0.0731596 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0901  50S ribosomal protein L9  58.18 
 
 		 189 aa  191  6e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0476125 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1516  50S ribosomal protein L9  54.94 
 
 		 191 aa  190  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.101233  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2306  50S ribosomal protein L9  56.36 
 
 		 189 aa  184  5e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.891012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1350  50S ribosomal protein L9  56.88 
 
 		 189 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0889  50S ribosomal protein L9  58.13 
 
 		 194 aa  182  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.301047  normal  0.514488 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1774  50S ribosomal protein L9  56.25 
 
 		 189 aa  180  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0141  50S ribosomal protein L9  56.25 
 
 		 189 aa  180  1e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2593  50S ribosomal protein L9  59.51 
 
 		 189 aa  179  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0267673 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3040  50S ribosomal protein L9  48.91 
 
 		 188 aa  178  4e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.186174 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0491  ribosomal protein L9  53.29 
 
 		 179 aa  178  4.999999999999999e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2188  50S ribosomal protein L9  55 
 
 		 209 aa  175  4e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4634  50S ribosomal protein L9  58.9 
 
 		 189 aa  175  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.269406  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1510  ribosomal protein L9  55.09 
 
 		 186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2510  50S ribosomal protein L9  52.5 
 
 		 194 aa  172  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.531472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1620  50S ribosomal protein L9  54.37 
 
 		 211 aa  171  5e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0645747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1414  50S ribosomal protein L9  47.42 
 
 		 199 aa  167  7e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1043  50S ribosomal protein L9  55 
 
 		 204 aa  167  7e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0083  50S ribosomal protein L9  48.45 
 
 		 202 aa  167  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1210  50S ribosomal protein L9  50 
 
 		 209 aa  165  2.9999999999999998e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0873917  normal  0.750153 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0411  50S ribosomal protein L9  56.16 
 
 		 195 aa  157  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.112533  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1902  50S ribosomal protein L9  52.17 
 
 		 210 aa  149  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.171336 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2458  50S ribosomal protein L9P  42.28 
 
 		 149 aa  125  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174518 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2841  50S ribosomal protein L9  40.82 
 
 		 148 aa  121  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000145753  hitchhiker  0.000000000000102152 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5226  ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  119  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1329  50S ribosomal protein L9P  43.45 
 
 		 148 aa  118  4.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.556068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3034  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 150 aa  117  7e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000136909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2610  50S ribosomal protein L9  40.69 
 
 		 147 aa  117  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.196058  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4535  50S ribosomal protein L9  43.05 
 
 		 153 aa  117  7.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3666  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  117  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.006093  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3675  50S ribosomal protein L9  39.46 
 
 		 147 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0017578  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00744  50S ribosomal protein L9  40 
 
 		 149 aa  115  5e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.73532  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2249  50S ribosomal protein L9  42.76 
 
 		 150 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.128176  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1310  50S ribosomal protein L9  42.54 
 
 		 150 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2102  50S ribosomal protein L9P  39.31 
 
 		 149 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1403  50S ribosomal protein L9  41.38 
 
 		 150 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.318005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4209  50S ribosomal protein L9  44.52 
 
 		 150 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.828057  hitchhiker  0.000279421 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1780  50S ribosomal protein L9  41.38 
 
 		 150 aa  112  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.941111 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1808  50S ribosomal protein L9  41.38 
 
 		 150 aa  112  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.432428  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1231  50S ribosomal protein L9  47.06 
 
 		 150 aa  112  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.662893  normal  0.0262623 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2566  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5171  50S ribosomal protein L9  40.69 
 
 		 150 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3213  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0761  50S ribosomal protein L9  39.86 
 
 		 151 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000425439  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1410  50S ribosomal protein L9  40.28 
 
 		 171 aa  112  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000225617  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4946  ribosomal protein L9  39.73 
 
 		 148 aa  112  5e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1894  50S ribosomal protein L9  40.69 
 
 		 150 aa  111  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000492255  hitchhiker  0.000000062237 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6208  50S ribosomal protein L9  40.69 
 
 		 150 aa  111  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1871  50S ribosomal protein L9  40.69 
 
 		 150 aa  111  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.539407  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0668  50S ribosomal protein L9  40.14 
 
 		 148 aa  111  7.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00124479  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0760  50S ribosomal protein L9  42.47 
 
 		 150 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.242158  hitchhiker  0.000000266441 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3281  50S ribosomal protein L9  45.21 
 
 		 150 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.134585  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2196  50S ribosomal protein L9  42.07 
 
 		 150 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0214296  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2911  ribosomal protein L9  37.24 
 
 		 147 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0984  50S ribosomal protein L9  39.71 
 
 		 150 aa  108  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4790  50S ribosomal protein L9  42.47 
 
 		 149 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.131212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4754  50S ribosomal protein L9  42.47 
 
 		 149 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0190714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4812  50S ribosomal protein L9  42.47 
 
 		 149 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0162172  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04070  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3790  ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00574678  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5718  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.595872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4673  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04032  hypothetical protein  43.15 
 
 		 149 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4764  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4736  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  108  7.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.257928  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4447  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2587  50S ribosomal protein L9  38.97 
 
 		 150 aa  108  7.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.800649 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3810  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 		 149 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0581092 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4662  50S ribosomal protein L9  42.47 
 
 		 149 aa  107  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0630658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4672  50S ribosomal protein L9  42.47 
 
 		 149 aa  107  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00136692  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2761  50S ribosomal protein L9  37.41 
 
 		 147 aa  107  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1529  50S ribosomal protein L9P  43.28 
 
 		 150 aa  107  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00288476  normal  0.135454 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0060  ribosomal protein L9  38.89 
 
 		 160 aa  107  1e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.356425  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2453  50S ribosomal protein L9  40.69 
 
 		 150 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0207068  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1976  50S ribosomal protein L9  42.54 
 
 		 150 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.391403  normal  0.167749 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1642  50S ribosomal protein L9  40 
 
 		 164 aa  107  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0557513  normal  0.0367892 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1435  50S ribosomal protein L9  40.27 
 
 		 149 aa  107  1e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0986557  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1479  50S ribosomal protein L9  36.73 
 
 		 147 aa  107  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00653221 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1401  50S ribosomal protein L9  42.54 
 
 		 150 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.185741  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2413  50S ribosomal protein L9  42.54 
 
 		 150 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209378  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0005  50S ribosomal protein L9  42.54 
 
 		 150 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>