More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2196 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2196  50S ribosomal protein L9  100 
 
 		 150 aa  300  4.0000000000000003e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0214296  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5226  ribosomal protein L9  77.7 
 
 		 150 aa  234  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0984  50S ribosomal protein L9  79.33 
 
 		 150 aa  232  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2566  50S ribosomal protein L9  82.67 
 
 		 150 aa  229  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3213  50S ribosomal protein L9  82.67 
 
 		 150 aa  229  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3034  50S ribosomal protein L9  83.33 
 
 		 150 aa  226  8e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000136909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1403  50S ribosomal protein L9  67.33 
 
 		 150 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.318005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1231  50S ribosomal protein L9  83.33 
 
 		 150 aa  211  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.662893  normal  0.0262623 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5171  50S ribosomal protein L9  67.33 
 
 		 150 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1780  50S ribosomal protein L9  66.67 
 
 		 150 aa  209  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.941111 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1808  50S ribosomal protein L9  66.67 
 
 		 150 aa  209  7e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.432428  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2827  ribosomal protein L9  70.27 
 
 		 150 aa  209  7.999999999999999e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6208  50S ribosomal protein L9  66 
 
 		 150 aa  209  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1894  50S ribosomal protein L9  66 
 
 		 150 aa  209  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000492255  hitchhiker  0.000000062237 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1871  50S ribosomal protein L9  66 
 
 		 150 aa  209  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.539407  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1821  50S ribosomal protein L9  82 
 
 		 150 aa  208  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.215704  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2453  50S ribosomal protein L9  70.27 
 
 		 150 aa  204  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0207068  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1329  50S ribosomal protein L9P  67.57 
 
 		 148 aa  203  7e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.556068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2249  50S ribosomal protein L9  67.33 
 
 		 150 aa  199  8e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.128176  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1310  50S ribosomal protein L9  75.84 
 
 		 150 aa  199  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1246  50S ribosomal protein L9  72.97 
 
 		 150 aa  195  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00525572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1185  50S ribosomal protein L9  72.97 
 
 		 150 aa  195  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152259  normal  0.105379 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2102  50S ribosomal protein L9P  62.16 
 
 		 149 aa  193  7e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1976  50S ribosomal protein L9  73.88 
 
 		 150 aa  191  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.391403  normal  0.167749 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0914  50S ribosomal protein L9  67.91 
 
 		 150 aa  191  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.334096 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2392  50S ribosomal protein L9  81.33 
 
 		 150 aa  187  4e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1529  50S ribosomal protein L9P  75.17 
 
 		 150 aa  187  4e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00288476  normal  0.135454 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3666  50S ribosomal protein L9  60.14 
 
 		 149 aa  185  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.006093  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1789  50S ribosomal protein L9  69.4 
 
 		 150 aa  183  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.495555  normal  0.118839 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1948  ribosomal protein L9  61.74 
 
 		 151 aa  182  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1165  50S ribosomal protein L9  67.91 
 
 		 150 aa  180  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.700636  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0005  50S ribosomal protein L9  67.91 
 
 		 150 aa  180  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1401  50S ribosomal protein L9  67.91 
 
 		 150 aa  180  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.185741  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2413  50S ribosomal protein L9  67.91 
 
 		 150 aa  180  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209378  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1892  50S ribosomal protein L9  67.91 
 
 		 150 aa  180  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.874623  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2288  50S ribosomal protein L9  67.91 
 
 		 150 aa  180  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.670457  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2182  50S ribosomal protein L9  67.91 
 
 		 150 aa  179  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.918152  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2003  50S ribosomal protein L9  72.39 
 
 		 150 aa  176  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.499343  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1219  50S ribosomal protein L9P  62.16 
 
 		 148 aa  171  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.405746 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0423  50S ribosomal protein L9  62.67 
 
 		 150 aa  171  2.9999999999999996e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000011368  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0431  50S ribosomal protein L9  60.67 
 
 		 150 aa  167  6e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.740321 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1361  ribosomal protein L9  54.48 
 
 		 150 aa  144  5e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07670  50S ribosomal protein L9  47.62 
 
 		 148 aa  139  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.957501  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4931  50S ribosomal protein L9  50.74 
 
 		 148 aa  137  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100703 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0777  50S ribosomal protein L9  47.65 
 
 		 149 aa  137  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000131124  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1435  50S ribosomal protein L9  45.64 
 
 		 149 aa  137  6e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0986557  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4665  50S ribosomal protein L9  50 
 
 		 148 aa  137  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0656931 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0222  ribosomal protein L9  48.32 
 
 		 151 aa  135  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04070  50S ribosomal protein L9  46.98 
 
 		 149 aa  134  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3790  ribosomal protein L9  46.98 
 
 		 149 aa  134  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00574678  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4764  50S ribosomal protein L9  46.98 
 
 		 149 aa  134  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4673  50S ribosomal protein L9  46.98 
 
 		 149 aa  134  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00020  50S ribosomal protein L9  47.95 
 
 		 150 aa  134  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4447  50S ribosomal protein L9  46.98 
 
 		 149 aa  134  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2780  50S ribosomal protein L9  47.65 
 
 		 149 aa  135  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000928974  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5718  50S ribosomal protein L9  46.98 
 
 		 149 aa  134  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.595872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3810  50S ribosomal protein L9  46.98 
 
 		 149 aa  134  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0581092 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4736  50S ribosomal protein L9  46.98 
 
 		 149 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.257928  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0566  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 189 aa  135  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04032  hypothetical protein  46.98 
 
 		 149 aa  134  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0648  50S ribosomal protein L9  51.72 
 
 		 148 aa  134  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000594391 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3281  50S ribosomal protein L9  46.98 
 
 		 150 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.134585  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0586  50S ribosomal protein L9  44 
 
 		 150 aa  133  9e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.482938  hitchhiker  3.77539e-17 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4930  ribosomal protein L9  51.47 
 
 		 148 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.958603  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4790  50S ribosomal protein L9  45.64 
 
 		 149 aa  132  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.131212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0584  50S ribosomal protein L9  51.47 
 
 		 148 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.724404 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4812  50S ribosomal protein L9  45.64 
 
 		 149 aa  132  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0162172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4672  50S ribosomal protein L9  45.64 
 
 		 149 aa  132  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00136692  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4662  50S ribosomal protein L9  45.64 
 
 		 149 aa  132  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0630658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4754  50S ribosomal protein L9  45.64 
 
 		 149 aa  132  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0190714  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0452  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 189 aa  131  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.206752  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3589  50S ribosomal protein L9  47.1 
 
 		 150 aa  131  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.229017  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002335  LSU ribosomal protein L9p  45.21 
 
 		 150 aa  131  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.178305  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0458  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 189 aa  130  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0654  50S ribosomal protein L9  46.67 
 
 		 150 aa  130  6e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4307  50S ribosomal protein L9  46.9 
 
 		 190 aa  129  9e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3939  50S ribosomal protein L9  46.9 
 
 		 190 aa  129  9e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613806  normal  0.190537 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2306  50S ribosomal protein L9  45.52 
 
 		 189 aa  130  9e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.891012  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3432  50S ribosomal protein L9  45.64 
 
 		 150 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0102132  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4414  50S ribosomal protein L9  46.9 
 
 		 190 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.248049 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0537  50S ribosomal protein L9  50 
 
 		 148 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233659 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3781  50S ribosomal protein L9  44.97 
 
 		 150 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4209  50S ribosomal protein L9  45.64 
 
 		 150 aa  128  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.828057  hitchhiker  0.000279421 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0681  50S ribosomal protein L9  44.97 
 
 		 150 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3636  50S ribosomal protein L9  44.97 
 
 		 150 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4755  50S ribosomal protein L9  51.47 
 
 		 148 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.824983  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4874  50S ribosomal protein L9  51.47 
 
 		 148 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0449  50S ribosomal protein L9  45.75 
 
 		 150 aa  128  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00474942 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0901  50S ribosomal protein L9  46.21 
 
 		 189 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0476125 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03776  50S ribosomal protein L9  44.97 
 
 		 150 aa  127  5.0000000000000004e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1381  ribosomal protein L9  50.34 
 
 		 150 aa  127  5.0000000000000004e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1516  50S ribosomal protein L9  42.76 
 
 		 191 aa  126  9.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.101233  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3121  ribosomal protein L9  44.83 
 
 		 193 aa  126  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1642  50S ribosomal protein L9  45.27 
 
 		 164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0557513  normal  0.0367892 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0760  50S ribosomal protein L9  44.3 
 
 		 150 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.242158  hitchhiker  0.000000266441 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1774  50S ribosomal protein L9  47.59 
 
 		 189 aa  124  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0141  50S ribosomal protein L9  47.59 
 
 		 189 aa  124  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5418  50S ribosomal protein L9  45.52 
 
 		 190 aa  124  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0206045  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2035  ribosomal protein L9  47.97 
 
 		 148 aa  124  5e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0820027  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1918  50S ribosomal protein L9  41.38 
 
 		 196 aa  124  5e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>