More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2415 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2415  50S ribosomal protein L9  100 
 
 
202 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.295062  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1694  50S ribosomal protein L9  87.13 
 
 
202 aa  329  2e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0817246  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3812  50S ribosomal protein L9  87.43 
 
 
197 aa  318  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.740565  normal  0.136797 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2293  50S ribosomal protein L9  72.5 
 
 
198 aa  257  8e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.14836  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3490  50S ribosomal protein L9  71.64 
 
 
195 aa  254  8e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2461  50S ribosomal protein L9  75.13 
 
 
196 aa  247  9e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384902  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2988  50S ribosomal protein L9  73.44 
 
 
194 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3121  ribosomal protein L9  59.54 
 
 
193 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0452  50S ribosomal protein L9  50.25 
 
 
189 aa  193  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.206752  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1918  50S ribosomal protein L9  53.4 
 
 
196 aa  192  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0458  50S ribosomal protein L9  49.75 
 
 
189 aa  191  7e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1051  50S ribosomal protein L9  49.5 
 
 
192 aa  187  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.289991 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0566  50S ribosomal protein L9  48.22 
 
 
189 aa  187  7e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1194  50S ribosomal protein L9  49 
 
 
192 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.762079  normal  0.0731596 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3363  ribosomal protein L9  55.42 
 
 
201 aa  186  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1516  50S ribosomal protein L9  54.94 
 
 
191 aa  184  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.101233  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4414  50S ribosomal protein L9  53.94 
 
 
190 aa  184  6e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.248049 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3939  50S ribosomal protein L9  53.33 
 
 
190 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613806  normal  0.190537 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4307  50S ribosomal protein L9  53.33 
 
 
190 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0901  50S ribosomal protein L9  55.76 
 
 
189 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0476125 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0738  50S ribosomal protein L9  49.47 
 
 
191 aa  181  7e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.823068  normal  0.564603 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5418  50S ribosomal protein L9  53.99 
 
 
190 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0206045  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2593  50S ribosomal protein L9  56.44 
 
 
189 aa  176  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0267673 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2306  50S ribosomal protein L9  54.55 
 
 
189 aa  176  3e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.891012  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0083  50S ribosomal protein L9  49.47 
 
 
202 aa  173  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584189  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0141  50S ribosomal protein L9  55 
 
 
189 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1774  50S ribosomal protein L9  55 
 
 
189 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3040  50S ribosomal protein L9  52.41 
 
 
188 aa  172  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.186174 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4634  50S ribosomal protein L9  55.83 
 
 
189 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.269406  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1350  50S ribosomal protein L9  55 
 
 
189 aa  171  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0491  ribosomal protein L9  49.34 
 
 
179 aa  168  4e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1510  ribosomal protein L9  53.12 
 
 
186 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2188  50S ribosomal protein L9  51.25 
 
 
209 aa  165  5e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0889  50S ribosomal protein L9  55 
 
 
194 aa  163  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.301047  normal  0.514488 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1902  50S ribosomal protein L9  55.28 
 
 
210 aa  161  5.0000000000000005e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.171336 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1620  50S ribosomal protein L9  52.5 
 
 
211 aa  160  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0645747  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1210  50S ribosomal protein L9  47.64 
 
 
209 aa  159  3e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0873917  normal  0.750153 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1414  50S ribosomal protein L9  43.84 
 
 
199 aa  157  7e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2510  50S ribosomal protein L9  50 
 
 
194 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.531472  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1043  50S ribosomal protein L9  50.62 
 
 
204 aa  151  5e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0411  50S ribosomal protein L9  52.74 
 
 
195 aa  150  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.112533  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3666  50S ribosomal protein L9  43.15 
 
 
149 aa  115  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.006093  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5226  ribosomal protein L9  42.07 
 
 
150 aa  112  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2610  50S ribosomal protein L9  41.38 
 
 
147 aa  111  7.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.196058  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3675  50S ribosomal protein L9  41.5 
 
 
147 aa  111  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0017578  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1329  50S ribosomal protein L9P  42.76 
 
 
148 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.556068  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2458  50S ribosomal protein L9P  38.1 
 
 
149 aa  110  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.174518 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2102  50S ribosomal protein L9P  41.38 
 
 
149 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2841  50S ribosomal protein L9  40.82 
 
 
148 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000145753  hitchhiker  0.000000000000102152 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0222  ribosomal protein L9  41.33 
 
 
151 aa  106  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0783  50S ribosomal protein L9  38.2 
 
 
184 aa  105  6e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0117191  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4535  50S ribosomal protein L9  41.06 
 
 
153 aa  105  6e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1948  ribosomal protein L9  40.69 
 
 
151 aa  104  7e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0668  50S ribosomal protein L9  40.14 
 
 
148 aa  104  9e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00124479  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2820  50S ribosomal protein L9  44.67 
 
 
148 aa  103  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2443  50S ribosomal protein L9  44.67 
 
 
148 aa  103  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00389118 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0761  50S ribosomal protein L9  38.51 
 
 
151 aa  103  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000425439  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1403  50S ribosomal protein L9  42.86 
 
 
150 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.318005  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1479  50S ribosomal protein L9  40.82 
 
 
147 aa  103  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00653221 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5171  50S ribosomal protein L9  42.18 
 
 
150 aa  103  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1894  50S ribosomal protein L9  42.86 
 
 
150 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000492255  hitchhiker  0.000000062237 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6208  50S ribosomal protein L9  42.86 
 
 
150 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2761  50S ribosomal protein L9  40.82 
 
 
147 aa  103  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1808  50S ribosomal protein L9  41.38 
 
 
150 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.432428  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1871  50S ribosomal protein L9  42.86 
 
 
150 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.539407  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1780  50S ribosomal protein L9  41.38 
 
 
150 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.941111 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04070  50S ribosomal protein L9  41.78 
 
 
149 aa  102  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3790  ribosomal protein L9  41.78 
 
 
149 aa  102  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00574678  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4673  50S ribosomal protein L9  41.78 
 
 
149 aa  102  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04032  hypothetical protein  41.78 
 
 
149 aa  102  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1310  50S ribosomal protein L9  41.79 
 
 
150 aa  103  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4812  50S ribosomal protein L9  41.1 
 
 
149 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0162172  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4754  50S ribosomal protein L9  41.1 
 
 
149 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0190714  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5718  50S ribosomal protein L9  41.78 
 
 
149 aa  102  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.595872  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4447  50S ribosomal protein L9  41.78 
 
 
149 aa  102  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3034  50S ribosomal protein L9  40 
 
 
150 aa  102  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000136909  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3810  50S ribosomal protein L9  41.78 
 
 
149 aa  102  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0581092 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4790  50S ribosomal protein L9  41.1 
 
 
149 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.131212  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4764  50S ribosomal protein L9  41.78 
 
 
149 aa  102  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4736  50S ribosomal protein L9  41.78 
 
 
149 aa  102  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.257928  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1529  50S ribosomal protein L9P  44.03 
 
 
150 aa  102  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00288476  normal  0.135454 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4672  50S ribosomal protein L9  41.1 
 
 
149 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00136692  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4662  50S ribosomal protein L9  41.1 
 
 
149 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0630658  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0007  50S ribosomal protein L9  42 
 
 
151 aa  101  6e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2196  50S ribosomal protein L9  40 
 
 
150 aa  102  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0214296  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2827  ribosomal protein L9  42.86 
 
 
150 aa  101  6e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1410  50S ribosomal protein L9  38.89 
 
 
171 aa  101  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000225617  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2249  50S ribosomal protein L9  40.69 
 
 
150 aa  101  8e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.128176  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1692  50S ribosomal protein L9  38.62 
 
 
149 aa  100  1e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07670  50S ribosomal protein L9  39.31 
 
 
148 aa  100  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.957501  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2453  50S ribosomal protein L9  40.69 
 
 
150 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0207068  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0648  50S ribosomal protein L9  41.38 
 
 
148 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000594391 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0586  50S ribosomal protein L9  40.69 
 
 
150 aa  100  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.482938  hitchhiker  3.77539e-17 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3558  50S ribosomal protein L9  37.24 
 
 
148 aa  99.8  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.882223 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3185  ribosomal protein L9  40.97 
 
 
148 aa  100  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.564436  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0914  50S ribosomal protein L9  42.54 
 
 
150 aa  99.4  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.334096 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2566  50S ribosomal protein L9  40.69 
 
 
150 aa  99  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3213  50S ribosomal protein L9  40.69 
 
 
150 aa  99  5e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2780  50S ribosomal protein L9  37.67 
 
 
149 aa  98.2  7e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000928974  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1231  50S ribosomal protein L9  41.18 
 
 
150 aa  98.2  8e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.662893  normal  0.0262623 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>