More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3125 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_3125  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 
112 aa  226  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0598577  decreased coverage  0.00823154 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3286  histone family protein DNA-binding protein  83.51 
 
 
109 aa  166  8e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00577956  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2470  integration host factor, beta subunit  80.81 
 
 
103 aa  164  4e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.391555  normal  0.36333 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1390  integration host factor, beta subunit  80.81 
 
 
103 aa  164  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0244556  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1788  integration host factor, beta subunit  80.41 
 
 
104 aa  162  2e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000860483 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1613  integration host factor, beta subunit  76.47 
 
 
104 aa  161  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1565  histone-like DNA-binding protein  76 
 
 
103 aa  160  4e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4725  integration host factor, beta subunit  83.87 
 
 
113 aa  157  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.929388  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2797  integration host factor, beta subunit  77.32 
 
 
104 aa  156  7e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  hitchhiker  0.000129709 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2245  putative integration host factor beta-subunit (ihf-beta) protein  70.3 
 
 
111 aa  145  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0965  integration host factor, beta subunit  69.39 
 
 
112 aa  141  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0780  integration host factor subunit beta  61.68 
 
 
142 aa  129  1e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.034129 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0851  integration host factor subunit beta  62.26 
 
 
142 aa  129  2e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.254364  normal  0.669771 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0910  integration host factor subunit beta  61.32 
 
 
138 aa  127  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3000  integration host factor subunit beta  60.4 
 
 
107 aa  125  1e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125834  hitchhiker  0.00514155 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0723  integration host factor subunit beta  61.46 
 
 
135 aa  125  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0626289  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0983  integration host factor subunit beta  59.41 
 
 
107 aa  124  4e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131421  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1281  integration host factor subunit beta  61.96 
 
 
94 aa  124  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.218086  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2568  integration host factor subunit beta  62.11 
 
 
137 aa  122  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2992  integration host factor subunit beta  60.42 
 
 
107 aa  122  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0569  integration host factor subunit beta  60.42 
 
 
107 aa  122  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2571  integration host factor subunit beta  60.42 
 
 
107 aa  122  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.444385  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4161  integration host factor subunit beta  60.42 
 
 
107 aa  122  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1007  integration host factor subunit beta  60.42 
 
 
107 aa  122  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.864933  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1048  integration host factor subunit beta  60.42 
 
 
107 aa  122  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0427  integration host factor subunit beta  60.42 
 
 
107 aa  122  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.496954  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0946  integration host factor subunit beta  60.42 
 
 
107 aa  122  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.666677  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2944  integration host factor subunit beta  60.42 
 
 
107 aa  122  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.846703  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2881  integration host factor subunit beta  60.42 
 
 
107 aa  122  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601006  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0202  integration host factor subunit beta  60.42 
 
 
107 aa  122  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2256  integration host factor subunit beta  60.42 
 
 
107 aa  122  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1639  integration host factor subunit beta  60.42 
 
 
107 aa  122  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.79916  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0747  integration host factor subunit beta  57.84 
 
 
107 aa  121  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189639  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0924  integration host factor subunit beta  60.42 
 
 
107 aa  121  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.324388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0928  integration host factor subunit beta  60.42 
 
 
107 aa  121  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.950077 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3034  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 
95 aa  120  7e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0949718  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00892  integration host factor subunit beta  62.22 
 
 
103 aa  119  2e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0417223  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1070  integration host factor, beta subunit  56.84 
 
 
95 aa  119  2e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00234309  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0926  integration host factor, beta subunit  56.84 
 
 
95 aa  119  2e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00174707  normal  0.404226 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2068  integration host factor, beta subunit  58.51 
 
 
94 aa  118  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00010112  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0501  integration host factor, beta subunit  59.38 
 
 
114 aa  117  5e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.525141  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1213  integration host factor, beta subunit  59.34 
 
 
98 aa  115  1e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0453781  normal  0.184792 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1596  integration host factor subunit beta  60 
 
 
111 aa  115  2e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.878202  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0562  integration host factor subunit beta  54.81 
 
 
102 aa  115  2e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.399271  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0181  integration host factor, beta subunit  58.7 
 
 
113 aa  115  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000858176  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1411  integration host factor, beta subunit  56.04 
 
 
95 aa  114  4e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00234399  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2336  integration host factor, beta subunit  54.95 
 
 
95 aa  114  4e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00131749  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1539  integration host factor subunit beta  60 
 
 
104 aa  114  4e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.874704  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0932  integration host factor subunit beta  57.14 
 
 
100 aa  114  5e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.802461  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1544  integration host factor, beta subunit  58.24 
 
 
96 aa  114  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.106384  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1647  integration host factor subunit beta  60 
 
 
101 aa  114  6e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0979657  normal  0.0681876 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0957  integration host factor, beta subunit  59.34 
 
 
94 aa  112  1e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00640345  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1329  integration host factor, beta subunit  52.08 
 
 
101 aa  112  1e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0690057  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1028  integration host factor subunit beta  57.14 
 
 
98 aa  111  4e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.100562  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1026  integration host factor, beta subunit  54.95 
 
 
101 aa  110  7e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00129538  unclonable  2.60989e-11 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0905  integration host factor, beta subunit  54.95 
 
 
101 aa  110  7e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.809702  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1199  integration host factor, beta subunit  53.85 
 
 
108 aa  110  9e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1586  histone family protein DNA-binding protein  47.31 
 
 
99 aa  108  2e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.23094e-09  hitchhiker  0.000875712 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1307  histone family protein DNA-binding protein  56.25 
 
 
114 aa  109  2e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.226884  hitchhiker  6.48768e-07 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2135  hypothetical protein  54.35 
 
 
98 aa  108  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481013  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3223  integration host factor, beta subunit  53.85 
 
 
102 aa  107  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00795206  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1737  integration host factor subunit beta  54.95 
 
 
95 aa  107  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.22677e-08  hitchhiker  0.00231326 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0097  integration host factor, beta subunit  54.95 
 
 
101 aa  107  8e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2041  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 
95 aa  107  8e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  7.05182e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1955  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 
95 aa  105  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  4.68135e-09  unclonable  3.20833e-06 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0868  histone-like DNA-binding protein  51.61 
 
 
95 aa  105  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0392256  normal  0.0328691 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2312  integration host factor subunit beta  54.95 
 
 
95 aa  106  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.59711e-07  hitchhiker  3.00932e-07 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2122  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 
95 aa  105  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.93472e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02859  integration host factor subunit beta  54.95 
 
 
94 aa  105  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1504  integration host factor subunit beta  54.95 
 
 
92 aa  105  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.78051e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2465  integration host factor subunit beta  53.26 
 
 
96 aa  105  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  8.04162e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2297  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 
95 aa  105  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.02507e-08  unclonable  6.97895e-11 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2074  integration host factor subunit beta  52.75 
 
 
95 aa  105  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  5.49511e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003021  integration host factor beta subunit  54.95 
 
 
93 aa  105  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.32268e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1754  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 
95 aa  105  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.4676e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2053  integration host factor subunit beta  52.75 
 
 
95 aa  104  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.59286e-07  unclonable  2.44011e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2401  integration host factor subunit beta  52.75 
 
 
95 aa  104  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1925  integration host factor subunit beta  52.75 
 
 
95 aa  104  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  5.15528e-10  unclonable  2.66845e-11 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1978  integration host factor subunit beta  52.75 
 
 
95 aa  104  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.61968e-09  unclonable  4.7672e-11 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2067  integration host factor subunit beta  52.75 
 
 
95 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  4.78736e-09  unclonable  1.2991e-12 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2278  integration host factor subunit beta  52.75 
 
 
95 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  8.37765e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2395  integration host factor subunit beta  52.75 
 
 
95 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  3.43473e-08  unclonable  7.62549e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2071  integration host factor subunit beta  52.75 
 
 
95 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  3.4854e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0066  integration host factor subunit beta  49.5 
 
 
101 aa  103  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1659  histone-like DNA-binding protein  53.33 
 
 
94 aa  103  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0058  integration host factor subunit beta  49.5 
 
 
101 aa  103  7e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0950435  normal  0.185512 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2884  hypothetical protein  51.65 
 
 
103 aa  103  8e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3026  hypothetical protein  51.65 
 
 
103 aa  103  8e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2563  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 
126 aa  103  8e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.160302 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2152  integration host factor, beta subunit  52.75 
 
 
98 aa  102  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0462696  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23340  integration host factor subunit beta  51.09 
 
 
94 aa  101  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.16436e-08  hitchhiker  0.00519002 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1855  integration host factor subunit beta  49.47 
 
 
95 aa  101  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.756472  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1968  integration host factor subunit beta  51.09 
 
 
94 aa  101  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.943011  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15880  integration host factor subunit beta  50 
 
 
92 aa  101  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3672  integration host factor, beta subunit  50.55 
 
 
94 aa  101  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1365  integration host factor subunit beta  48.51 
 
 
98 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.361598  normal  0.0158973 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3012  integration host factor, beta subunit  50.55 
 
 
95 aa  101  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000121818  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3641  integration host factor subunit beta  47.92 
 
 
98 aa  101  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.222556  normal  0.634422 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1751  integration host factor, beta subunit  47.92 
 
 
98 aa  101  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0162553  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0638  integration host factor subunit beta  48.51 
 
 
101 aa  101  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0567003 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>