35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4526 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4526  hypothetical protein  100 
 
 		 368 aa  746    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5826  hypothetical protein  87.11 
 
 		 363 aa  627  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2249  Relaxase/mobilization nuclease family protein  74.22 
 
 		 368 aa  533  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0017  hypothetical protein  36.45 
 
 		 344 aa  150  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.125294 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0462  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  42.71 
 
 		 349 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0785  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  43.39 
 
 		 321 aa  132  9e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00514005 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6491  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  41.5 
 
 		 337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.440209  normal  0.634473 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4977  hypothetical protein  39.5 
 
 		 377 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2643  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2- like  35.25 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1768  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  40.59 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.330763  normal  0.546869 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4934  relaxase/mobilization nuclease family protein  39.22 
 
 		 368 aa  122  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421912  normal  0.821482 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4188  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  33.22 
 
 		 351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4839  plasmid-related protein  34.01 
 
 		 351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.658809  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3327  plasmid-related protein  34.01 
 
 		 351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.828723 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0176  Relaxase/mobilization nuclease family protein  41.04 
 
 		 349 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0486311 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5017  relaxase/mobilization nuclease family protein  30.67 
 
 		 377 aa  113  5e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4359  relaxase/mobilization nuclease family protein  34.33 
 
 		 400 aa  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.738974 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6340  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  38.91 
 
 		 367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.271931 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0308  plasmid-related protein  40.43 
 
 		 344 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.518221  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0760  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  39.09 
 
 		 344 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0791  plasmid-related protein  39.09 
 
 		 344 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.435871  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0150  Cpp17  24.63 
 
 		 416 aa  76.3  0.0000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0000847879  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a001  nickase/relaxase  26.37 
 
 		 438 aa  74.7  0.000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0555425  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0031  nickase  28.27 
 
 		 409 aa  68.6  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.743382  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0012  cpp17  25.56 
 
 		 462 aa  65.1  0.000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000347998  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0106  relaxase/Mobilization nuclease domain protein  27.62 
 
 		 393 aa  63.5  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.392069  normal  0.357718 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8212  type IV secretion system T-DNA border endonuclease VirD2  27.05 
 
 		 403 aa  58.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4527  hypothetical protein  28.95 
 
 		 745 aa  56.2  0.0000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.820483  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9808  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.11 
 
 		 920 aa  52.8  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4269  hypothetical protein  27.43 
 
 		 776 aa  52.8  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.516015  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4166  hypothetical protein  25 
 
 		 895 aa  48.1  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4553  relaxase/mobilization nuclease family protein  24.23 
 
 		 994 aa  47  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4768  hypothetical protein  24.58 
 
 		 996 aa  45.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.439128  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6229  hypothetical protein  32.95 
 
 		 668 aa  45.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.422278 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6382  hypothetical protein  29.09 
 
 		 830 aa  44.3  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>