More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1663 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  100 
 
 
148 aa  306  9e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  75.91 
 
 
145 aa  221  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  71.13 
 
 
147 aa  213  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  71.13 
 
 
147 aa  213  8e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  71.13 
 
 
147 aa  213  8e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  71.13 
 
 
148 aa  212  1e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  71.13 
 
 
148 aa  212  1e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  71.13 
 
 
148 aa  212  1e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  69.01 
 
 
148 aa  212  1e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  71.13 
 
 
148 aa  212  1e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  71.13 
 
 
148 aa  212  1e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  71.13 
 
 
148 aa  212  1e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  71.13 
 
 
147 aa  211  3e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  71.13 
 
 
147 aa  211  3e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  69.72 
 
 
147 aa  211  3e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  1.65419e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  70.42 
 
 
148 aa  210  6e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  68.03 
 
 
148 aa  209  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  72.26 
 
 
146 aa  209  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  68.03 
 
 
148 aa  209  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  68.31 
 
 
151 aa  208  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  69.72 
 
 
147 aa  208  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  67.61 
 
 
148 aa  207  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  67.61 
 
 
148 aa  207  5e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  70.8 
 
 
145 aa  206  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.68272e-07  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  69.5 
 
 
160 aa  206  7e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  65.73 
 
 
155 aa  206  9e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  65.49 
 
 
153 aa  205  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  65.49 
 
 
152 aa  199  1e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  65.94 
 
 
149 aa  199  1e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  64.83 
 
 
151 aa  198  2e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  63.83 
 
 
153 aa  197  3e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  64.58 
 
 
152 aa  196  8e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  61.9 
 
 
148 aa  195  2e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  69.34 
 
 
154 aa  194  3e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  63.77 
 
 
163 aa  194  3e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  67.61 
 
 
161 aa  194  4e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  62.77 
 
 
146 aa  192  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  67.88 
 
 
154 aa  191  3e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  61.81 
 
 
150 aa  191  4e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  65.49 
 
 
159 aa  190  6e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  61.31 
 
 
150 aa  190  6e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  62.04 
 
 
151 aa  189  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  61.81 
 
 
150 aa  189  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  61.81 
 
 
150 aa  189  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  64.08 
 
 
148 aa  188  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  64.08 
 
 
148 aa  188  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  61.7 
 
 
154 aa  188  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  59.86 
 
 
153 aa  188  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  61.7 
 
 
154 aa  188  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  62.77 
 
 
162 aa  188  3e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  60.71 
 
 
147 aa  187  5e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  63.83 
 
 
148 aa  187  6e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  60.42 
 
 
154 aa  186  7e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  60.28 
 
 
151 aa  185  1e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  63.27 
 
 
149 aa  185  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  60.58 
 
 
154 aa  185  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  60.28 
 
 
155 aa  184  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  61.7 
 
 
170 aa  184  3e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  59.72 
 
 
148 aa  183  8e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  59.57 
 
 
161 aa  182  1e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  61.43 
 
 
160 aa  182  1e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  3.16146e-08  unclonable  2.511e-08 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  60.58 
 
 
153 aa  181  2e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  59.71 
 
 
148 aa  182  2e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  59.57 
 
 
150 aa  182  2e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  59.71 
 
 
148 aa  182  2e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  59.86 
 
 
166 aa  181  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  58.16 
 
 
155 aa  181  3e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  58.33 
 
 
148 aa  181  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  58.33 
 
 
148 aa  181  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  58.33 
 
 
148 aa  181  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  57.86 
 
 
143 aa  181  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1763  ribonuclease H  58.27 
 
 
154 aa  181  4e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0424  ribonuclease H  58.27 
 
 
154 aa  181  4e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456208  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  57.45 
 
 
153 aa  179  8e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  59.86 
 
 
149 aa  179  8e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  60.56 
 
 
149 aa  180  8e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02469  ribonuclease H  58.57 
 
 
150 aa  179  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.79431  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  58.45 
 
 
157 aa  179  1e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  59.29 
 
 
147 aa  179  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  57.66 
 
 
145 aa  178  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  60.56 
 
 
155 aa  177  3e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  58.33 
 
 
155 aa  177  5e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  58.99 
 
 
141 aa  177  5e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  54.48 
 
 
163 aa  177  6e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  57.66 
 
 
151 aa  176  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0905  ribonuclease H  55.24 
 
 
175 aa  176  7e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.690877  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1704  ribonuclease H  58.27 
 
 
142 aa  176  9e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.229425  normal  0.715434 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  54.61 
 
 
150 aa  176  9e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  59.12 
 
 
154 aa  176  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  59.12 
 
 
154 aa  176  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  58.27 
 
 
146 aa  174  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  59.15 
 
 
149 aa  174  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0409  ribonuclease H  53.85 
 
 
155 aa  174  5e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  56.93 
 
 
151 aa  173  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  54.68 
 
 
150 aa  173  7e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  56.74 
 
 
185 aa  172  1e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  53.42 
 
 
156 aa  172  1e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  58.39 
 
 
154 aa  172  2e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0182  ribonuclease H  56.34 
 
 
157 aa  172  2e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0614621  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0154  ribonuclease H  54.93 
 
 
151 aa  172  2e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>