More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1508 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2852  DNA-directed DNA polymerase  55.92 
 
 
955 aa  967  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00013426  hitchhiker  9.46714e-07 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2615  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  51.78 
 
 
1137 aa  700  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  4.43473e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1508  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  100 
 
 
948 aa  1937  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.66847e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2690  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  53.04 
 
 
1137 aa  702  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00745534  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2013  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  49.52 
 
 
1002 aa  841  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  54.5 
 
 
1115 aa  712  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000438447  hitchhiker  0.00599619 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2235  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  53.89 
 
 
1113 aa  701  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00400296  decreased coverage  4.93259e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2574  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  53.44 
 
 
1147 aa  701  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  5.34901e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2446  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  54.19 
 
 
1040 aa  731  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00022165  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2381  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  70.8 
 
 
921 aa  664  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.91992e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  50.82 
 
 
939 aa  838  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  8.37393e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1310  DNA-directed DNA polymerase  45.98 
 
 
909 aa  734  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.216995  normal  0.0673614 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  49.62 
 
 
1045 aa  865  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00214919  hitchhiker  0.000897105 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2254  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  49.17 
 
 
1071 aa  863  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000102262  normal  0.239994 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1793  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  55.67 
 
 
911 aa  956  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00315607  hitchhiker  3.97841e-07 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1076  DNA polymerase III subunits gamma and tau  52.17 
 
 
685 aa  483  1e-135  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258766  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3039  DNA polymerase III subunits gamma and tau  58.57 
 
 
678 aa  483  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1335  DNA polymerase III subunits gamma and tau  64.09 
 
 
690 aa  481  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0235479  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0950  DNA polymerase III subunits gamma and tau  63.86 
 
 
642 aa  479  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.194828  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3235  DNA polymerase III subunits gamma and tau  57.08 
 
 
690 aa  482  1e-134  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00193084  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1599  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.88 
 
 
692 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0852408 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4269  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.33 
 
 
691 aa  479  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0561  DNA polymerase III subunits gamma and tau  62.47 
 
 
643 aa  474  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00151458  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1085  DNA polymerase III subunits gamma and tau  57.04 
 
 
714 aa  476  1e-132  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0507  DNA polymerase III subunits gamma and tau  62.47 
 
 
643 aa  474  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000331221  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0547  DNA polymerase III subunits gamma and tau  62.47 
 
 
643 aa  474  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.014697  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00426  hypothetical protein  62.47 
 
 
643 aa  474  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00196297  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00421  DNA polymerase III subunits gamma and tau  62.47 
 
 
643 aa  474  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00199359  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3140  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  62.47 
 
 
643 aa  474  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.4955e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3744  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  61.11 
 
 
715 aa  474  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3146  DNA polymerase III subunits gamma and tau  62.47 
 
 
643 aa  474  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  2.02258e-05  normal  0.0671233 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0513  DNA polymerase III subunits gamma and tau  62.47 
 
 
643 aa  474  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0325277  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1135  DNA polymerase III subunits gamma and tau  63.54 
 
 
650 aa  474  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.239786  unclonable  3.63353e-08 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0402  DNA polymerase III subunits gamma and tau  62.47 
 
 
643 aa  475  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0412407  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1073  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  63.06 
 
 
553 aa  471  1e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19830  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.89 
 
 
694 aa  472  1e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44630  DNA polymerase III subunits gamma and tau  63.06 
 
 
701 aa  472  1e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.522569  normal  0.208913 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  60.16 
 
 
664 aa  471  1e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.176808  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2647  DNA polymerase III subunits gamma and tau  63.06 
 
 
692 aa  471  1e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.377545  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0588  DNA polymerase III subunits gamma and tau  61.92 
 
 
642 aa  471  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0528  DNA polymerase III subunits gamma and tau  61.92 
 
 
642 aa  471  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0544  DNA polymerase III subunits gamma and tau  61.92 
 
 
642 aa  471  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3801  DNA polymerase III subunits gamma and tau  63.06 
 
 
681 aa  472  1e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0528  DNA polymerase III subunits gamma and tau  61.92 
 
 
642 aa  471  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3059  DNA polymerase III subunits gamma and tau  62.43 
 
 
658 aa  468  1e-130  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3198  DNA polymerase III subunits gamma and tau  62.43 
 
 
658 aa  469  1e-130  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.344651  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0534  DNA polymerase III subunits gamma and tau  61.64 
 
 
642 aa  467  1e-130  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.977578  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3834  DNA polymerase III subunits gamma and tau  61.67 
 
 
687 aa  466  1e-130  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.471872 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3587  DNA polymerase III subunits gamma and tau  58.29 
 
 
689 aa  466  1e-130  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2889  DNA polymerase III subunits gamma and tau  62.43 
 
 
658 aa  468  1e-130  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.381742  normal  0.068134 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1805  DNA polymerase III subunits gamma and tau  61.11 
 
 
696 aa  465  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3646  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  60.83 
 
 
743 aa  465  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.923315  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1613  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  60.83 
 
 
637 aa  463  1e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  4.10993e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1825  DNA polymerase III subunits gamma and tau  60.83 
 
 
736 aa  466  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002885  DNA polymerase III subunits gamma and tau  58.19 
 
 
701 aa  460  1e-128  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00493528  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  60.17 
 
 
774 aa  460  1e-128  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1458  DNA polymerase III subunits gamma and tau  59.6 
 
 
723 aa  458  1e-127  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0572  DNA polymerase III subunits gamma and tau  61.39 
 
 
692 aa  456  1e-127  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.82536e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03087  DNA polymerase III subunits gamma and tau  60.56 
 
 
736 aa  457  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1510  DNA polymerase III, tau subunit / DNA polymerase III, gamma subunit  62.78 
 
 
648 aa  456  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0569414  normal  0.564841 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  59.17 
 
 
914 aa  456  1e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  59.83 
 
 
681 aa  454  1e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01097  DNA polymerase III subunits gamma and tau  60.16 
 
 
930 aa  451  1e-125  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0856876  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  57.81 
 
 
698 aa  446  1e-124  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0529  DNA-directed DNA polymerase  58.61 
 
 
696 aa  449  1e-124  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  3.24921e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1200  DNA polymerase III subunits gamma and tau  59.72 
 
 
667 aa  448  1e-124  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2534  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  47.49 
 
 
752 aa  444  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.821414  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  56.35 
 
 
384 aa  439  1e-121  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  57.41 
 
 
591 aa  435  1e-120  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.775776  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.82 
 
 
601 aa  431  1e-119  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.86 
 
 
543 aa  427  1e-118  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0806  AAA ATPase, central region  58.79 
 
 
537 aa  427  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.343257  unclonable  1.00554e-07 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1328  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, programmed frameshift  59.89 
 
 
547 aa  429  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.895216  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1858  DNA-directed DNA polymerase  56.35 
 
 
580 aa  421  1e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1855  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  54.25 
 
 
587 aa  421  1e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.225715  normal  0.416564 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1826  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  56.75 
 
 
893 aa  417  1e-115  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.297137 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2361  DNA-directed DNA polymerase  56.71 
 
 
957 aa  419  1e-115  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.832917  normal  0.216131 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2129  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.1 
 
 
795 aa  416  1e-115  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25169  normal  0.3831 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1454  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  55.99 
 
 
751 aa  414  1e-114  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  3.25473e-05  normal  0.0490605 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0232  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  57.61 
 
 
554 aa  415  1e-114  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1399  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  56.56 
 
 
716 aa  415  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.289832  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2593  DNA-directed DNA polymerase  57.58 
 
 
529 aa  414  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11541  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1572  DNA polymerase III, tau subunit  54.95 
 
 
572 aa  414  1e-114  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.13387  hitchhiker  4.63974e-06 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2206  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.75 
 
 
826 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.236828  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1361  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.75 
 
 
825 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.926406  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1851  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.75 
 
 
825 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0281713  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.75 
 
 
825 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.496963  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0045  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.75 
 
 
825 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.787094  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0775  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  56.23 
 
 
509 aa  410  1e-113  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.275781  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2219  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.75 
 
 
812 aa  412  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.373497  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1827  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.89 
 
 
787 aa  412  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.203884  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2373  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.75 
 
 
822 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0669  DNA polymerase III subunit gamma/tau  56.23 
 
 
509 aa  410  1e-113  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0515  DNA polymerase subunits gamma and tau  56.35 
 
 
581 aa  411  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1851  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.62 
 
 
793 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.51542  normal  0.226661 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6252  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.89 
 
 
787 aa  412  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.554361  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2671  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  43.21 
 
 
556 aa  407  1e-112  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1765  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.34 
 
 
824 aa  406  1e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.163097  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5128  DNA polymerase III subunits gamma and tau  53.51 
 
 
791 aa  409  1e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00417503  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2244  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.47 
 
 
825 aa  409  1e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.748475  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>