119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2013 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2013  hypothetical protein  100 
 
 
230 aa  451  1e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  3.81426e-09 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1962  hypothetical protein  100 
 
 
230 aa  451  1e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00784562 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2114  hypothetical protein  99.57 
 
 
230 aa  449  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.141432  normal  0.255263 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2357  hypothetical protein  96.09 
 
 
234 aa  439  1e-122  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2213  hypothetical protein  88.26 
 
 
230 aa  400  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.113796  normal  0.262784 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2163  hypothetical protein  88.26 
 
 
230 aa  400  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.434143  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4494  hypothetical protein  86.52 
 
 
230 aa  394  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2208  hypothetical protein  86.52 
 
 
230 aa  394  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0224679  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2221  hypothetical protein  86.52 
 
 
235 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.92671e-06  normal  0.249817 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1952  hypothetical protein  85.65 
 
 
230 aa  391  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2017  hypothetical protein  70.43 
 
 
229 aa  334  7e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2418  hypothetical protein  70.87 
 
 
230 aa  329  2e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0165025  decreased coverage  1.60717e-07 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2218  hypothetical protein  68.7 
 
 
230 aa  326  2e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1844  hypothetical protein  70.43 
 
 
230 aa  317  1e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.106534  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1992  hypothetical protein  67.25 
 
 
230 aa  316  2e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0778906  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2221  hypothetical protein  63.48 
 
 
230 aa  305  3e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157963  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1798  hypothetical protein  63.48 
 
 
230 aa  271  6e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.442592  normal  0.18393 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1570  membrane protein  48.67 
 
 
224 aa  198  7e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.403322  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0282  hypothetical protein  48.6 
 
 
232 aa  196  3e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02296  hypothetical protein  46.08 
 
 
225 aa  192  3e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1046  hypothetical protein  45.74 
 
 
224 aa  192  4e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.165842  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0932  hypothetical protein  42.48 
 
 
231 aa  189  3e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.748857  normal  0.699875 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003474  membrane protein  46.08 
 
 
225 aa  183  2e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.551919  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2923  hypothetical protein  49.55 
 
 
225 aa  182  5e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.226057  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2482  hypothetical protein  47.96 
 
 
221 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2066  integral membrane protein  42.98 
 
 
220 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02062  integral membrane protein  44.59 
 
 
219 aa  170  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.157996  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2424  hypothetical protein  47.2 
 
 
220 aa  169  3e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1310  hypothetical protein  43.78 
 
 
235 aa  168  6e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3785  hypothetical protein  47 
 
 
227 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0684997  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0203  hypothetical protein  44.16 
 
 
230 aa  167  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0675  hypothetical protein  44.86 
 
 
226 aa  166  3e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44460  hypothetical protein  47 
 
 
227 aa  165  7e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0118688  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1988  hypothetical protein  37.8 
 
 
249 aa  162  5e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2612  hypothetical protein  46.38 
 
 
227 aa  161  7e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.471108  normal  0.594742 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1814  hypothetical protein  47 
 
 
227 aa  159  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19930  hypothetical protein  48.5 
 
 
289 aa  157  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2414  hypothetical protein  42.61 
 
 
279 aa  156  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1792  hypothetical protein  42.99 
 
 
229 aa  155  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1290  hypothetical protein  42.98 
 
 
236 aa  153  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3828  hypothetical protein  46 
 
 
227 aa  151  9e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3422  hypothetical protein  46.5 
 
 
249 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.6315  normal  0.0560665 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1049  hypothetical protein  47.47 
 
 
223 aa  149  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1994  hypothetical protein  45.5 
 
 
227 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.31903  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0538  hypothetical protein  38.92 
 
 
239 aa  143  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0252  hypothetical protein  44.8 
 
 
223 aa  142  5e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0727  hypothetical protein  36.94 
 
 
249 aa  134  1e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.227366  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4263  hypothetical protein  44.5 
 
 
227 aa  133  2e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.88561  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3581  hypothetical protein  46.5 
 
 
227 aa  130  1e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1605  hypothetical protein  43.59 
 
 
198 aa  125  4e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.100156  normal  0.0122342 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0945  hypothetical protein  35.53 
 
 
272 aa  125  6e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1290  hypothetical protein  36.87 
 
 
274 aa  123  3e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1473  hypothetical protein  33.93 
 
 
273 aa  121  9e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.068517  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0771  hypothetical protein  33.62 
 
 
344 aa  117  1e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  4.18366e-10  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1095  hypothetical protein  32.4 
 
 
186 aa  108  6e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.598703  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0185  hypothetical protein  30.22 
 
 
232 aa  99.4  5e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  2.66535e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1158  hypothetical protein  31.8 
 
 
236 aa  91.3  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.115759  normal  0.102701 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0375  hypothetical protein  31.84 
 
 
221 aa  90.5  2e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.767045  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2119  heavy metal transport/detoxification protein  30.49 
 
 
621 aa  89.7  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1922  hypothetical protein  31.13 
 
 
226 aa  89.4  4e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1245  hypothetical protein  31.71 
 
 
228 aa  86.7  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0373  hypothetical protein  30.84 
 
 
220 aa  84.7  1e-15  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2297  ferric reductase domain-containing protein protein transmembrane component domain-containing protein  34.88 
 
 
410 aa  82  7e-15  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1815  hypothetical protein  32.9 
 
 
228 aa  79.7  3e-14  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.42452  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1371  hypothetical protein  32.88 
 
 
225 aa  78.6  8e-14  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.538624  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2541  hypothetical protein  30.8 
 
 
233 aa  78.2  1e-13  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.832454  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1143  hypothetical protein  33.33 
 
 
226 aa  77  2e-13  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00632883  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0850  hypothetical protein  31.05 
 
 
211 aa  77  2e-13  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1236  hypothetical protein  34.97 
 
 
223 aa  76.6  3e-13  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1338  hypothetical protein  34.97 
 
 
223 aa  76.6  3e-13  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1229  hypothetical protein  34.33 
 
 
219 aa  76.3  4e-13  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1176  hypothetical protein  34.97 
 
 
223 aa  75.9  5e-13  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.526094  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1831  hypothetical protein  30.53 
 
 
233 aa  75.5  7e-13  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.177382 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3376  hypothetical protein  30.57 
 
 
257 aa  74.7  1e-12  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2036  hypothetical protein  31.6 
 
 
255 aa  73.9  2e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3048  hypothetical protein  33 
 
 
219 aa  73.9  2e-12  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2083  hypothetical protein  33.33 
 
 
225 aa  73.2  4e-12  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  1.09984e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1009  hypothetical protein  31.03 
 
 
239 aa  72  7e-12  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1112  putative transmembrane protein  29.46 
 
 
247 aa  71.6  9e-12  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.75356  normal  0.859222 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0800  hypothetical protein  30.28 
 
 
263 aa  70.9  1e-11  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2033  transmembrane protein  31.25 
 
 
251 aa  71.2  1e-11  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1574  hypothetical protein  31.86 
 
 
224 aa  70.9  2e-11  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0686  hypothetical protein  32.79 
 
 
238 aa  70.9  2e-11  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0467  hypothetical protein  28.37 
 
 
268 aa  70.9  2e-11  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0400  hypothetical protein  27.45 
 
 
297 aa  69.7  3e-11  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.686075  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3557  hypothetical protein  35.82 
 
 
232 aa  69.7  3e-11  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0172503  normal  0.774445 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0792  hypothetical protein  30.86 
 
 
288 aa  69.7  3e-11  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1093  hypothetical protein  30.97 
 
 
239 aa  70.1  3e-11  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1849  heavy metal transport/detoxification protein  27.83 
 
 
499 aa  69.3  5e-11  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0238  hypothetical protein  32.91 
 
 
393 aa  68.6  7e-11  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.563587 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0461  putative transmembrane protein  30.43 
 
 
239 aa  67  2e-10  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1959  hypothetical protein  30.62 
 
 
423 aa  67.4  2e-10  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.178526  normal  0.959874 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1284  hypothetical protein  29.13 
 
 
248 aa  66.2  4e-10  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1224  hypothetical protein  34.92 
 
 
220 aa  65.9  5e-10  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.042848  normal  0.766858 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1191  Ferric reductase domain protein transmembrane component domain protein  30.46 
 
 
409 aa  65.1  9e-10  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.330139  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5319  hypothetical protein  33.68 
 
 
253 aa  65.1  1e-09  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0811669 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1485  hypothetical protein  26.54 
 
 
219 aa  64.3  1e-09  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0899  hypothetical protein  30.05 
 
 
221 aa  63.2  3e-09  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1666  hypothetical protein  26.07 
 
 
219 aa  62  7e-09  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.809334  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2489  integral membrane protein  29.11 
 
 
228 aa  61.2  1e-08  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0864666 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>