More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_0847 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_3492  poly(A) polymerase  99.56 
 
 
450 aa  925  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  9.2007e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0870  poly(A) polymerase  99.81 
 
 
513 aa  1059  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  7.96933e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0728  poly(A) polymerase  93.66 
 
 
435 aa  803  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  5.77304e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3294  poly(A) polymerase  93.66 
 
 
435 aa  802  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  6.08896e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3130  poly(A) polymerase  92.65 
 
 
494 aa  914  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.72182e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0778  tRNA nucleotidyltransferase (CCA-adding enzyme)  79.34 
 
 
424 aa  664  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  6.83144e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3131  poly(A) polymerase  75 
 
 
480 aa  735  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.15831e-06  normal  0.0863023 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0872  polyA polymerase  92.74 
 
 
438 aa  802  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0847  poly(A) polymerase  100 
 
 
513 aa  1060  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.96187e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3172  poly(A) polymerase  77.42 
 
 
449 aa  712  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  5.41948e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3800  poly(A) polymerase  76.89 
 
 
421 aa  671  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  6.30801e-07  hitchhiker  0.000152208 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0696  poly(A) polymerase  73.9 
 
 
434 aa  670  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  1.17677e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0882  poly(A) polymerase  99.61 
 
 
513 aa  1055  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  3.07041e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3406  poly(A) polymerase  93.66 
 
 
435 aa  803  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  3.1653e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3901  polynucleotide adenylyltransferase  73.62 
 
 
496 aa  719  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.97413e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3278  poly(A) polymerase  76.79 
 
 
353 aa  567  1e-160  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00466966  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1162  poly(A) polymerase I  53.88 
 
 
482 aa  527  1e-148  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000172758  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3116  poly(A) polymerase I  54.71 
 
 
482 aa  524  1e-147  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3987  poly(A) polymerase I  58.68 
 
 
505 aa  509  1e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  5.99452e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3516  poly(A) polymerase I  54.34 
 
 
465 aa  508  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  4.76175e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002563  poly(A) polymerase  57.82 
 
 
453 aa  511  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.29901e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00141  hypothetical protein  54.34 
 
 
465 aa  508  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  1.70376e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0216  poly(A) polymerase I  58.04 
 
 
437 aa  505  1e-142  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000405641  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0212  poly(A) polymerase I  58.04 
 
 
437 aa  505  1e-142  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00291988  normal  0.692878 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03448  nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  57.8 
 
 
462 aa  507  1e-142  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3340  poly(A) polymerase I  57.11 
 
 
491 aa  505  1e-142  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.71757e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0218  poly(A) polymerase I  56.93 
 
 
454 aa  508  1e-142  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  4.74344e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3470  poly(A) polymerase I  57.11 
 
 
491 aa  505  1e-142  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  2.68944e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0200  poly(A) polymerase I  58.04 
 
 
437 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  8.20079e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1008  poly(A) polymerase I  57.46 
 
 
440 aa  503  1e-141  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.70509e-07  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3459  poly(A) polymerase  56.93 
 
 
454 aa  504  1e-141  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  5.37308e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0154  poly(A) polymerase I  56.93 
 
 
454 aa  504  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.10744e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0152  poly(A) polymerase I  56.93 
 
 
454 aa  504  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  5.693e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0147  poly(A) polymerase I  56.93 
 
 
454 aa  504  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  7.59631e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0201  poly(A) polymerase I  58.04 
 
 
437 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000171206  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0146  poly(A) polymerase I  56.93 
 
 
454 aa  504  1e-141  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.26812e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2821  poly(A) polymerase I  57.61 
 
 
449 aa  504  1e-141  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00527466  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00142  poly(A) polymerase I  56.93 
 
 
454 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  2.208e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0683  poly(A) polymerase I  58.15 
 
 
437 aa  502  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  1.90798e-07  normal  0.448758 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0134  poly(A) polymerase I  56.93 
 
 
454 aa  504  1e-141  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  1.09672e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0125  polyA polymerase  54.86 
 
 
457 aa  498  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  1.72768e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4310  polyA polymerase  56.29 
 
 
474 aa  496  1e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03548  poly(A) polymerase I  55.77 
 
 
439 aa  491  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.339485  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2607  poly(A) polymerase (plasmid copy number protein)  53.08 
 
 
441 aa  489  1e-137  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000156252  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0582  poly(A) polymerase  53.58 
 
 
459 aa  484  1e-135  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3935  poly(A) polymerase  53.22 
 
 
415 aa  462  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  9.67164e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3063  poly(A) polymerase  51.1 
 
 
473 aa  441  1e-122  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1528  poly(A) polymerase  53.24 
 
 
484 aa  441  1e-122  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  4.10456e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0562  poly(A) polymerase  49.54 
 
 
479 aa  435  1e-120  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.057959  hitchhiker  4.59725e-07 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0669  poly(A) polymerase  54.17 
 
 
455 aa  434  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.598779  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2312  polyA polymerase  54.68 
 
 
438 aa  432  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.049056  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0882  Polynucleotide adenylyltransferase  48.82 
 
 
465 aa  421  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5444  poly(A) polymerase  49.27 
 
 
467 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1515  poly(A) polymerase  52.31 
 
 
461 aa  418  1e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0267914  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42690  polynucleotide adenylyltransferase; PcnB  50.84 
 
 
463 aa  420  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.881175  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05829  poly(A) polymerase (PAP) (Plasmid copy number protein)  52.17 
 
 
455 aa  421  1e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.832163  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62560  poly(A) polymerase  49.27 
 
 
467 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.804873  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2046  poly(A) polymerase  49.76 
 
 
461 aa  417  1e-115  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1024  poly(A) polymerase  45.56 
 
 
457 aa  418  1e-115  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0736  poly(A) polymerase  46.21 
 
 
462 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  3.05046e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4562  poly(A) polymerase  46.41 
 
 
460 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00263697 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4809  Poly(A) polymerase, PcnB  46.29 
 
 
466 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0814505  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4697  poly(A) polymerase  46.64 
 
 
460 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.233553  hitchhiker  4.55164e-05 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4696  poly(A) polymerase  46.21 
 
 
462 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0830  Poly(A) polymerase  44.28 
 
 
491 aa  407  1e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.715876  hitchhiker  0.000411869 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3590  poly(A) polymerase  49.16 
 
 
463 aa  408  1e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.787264 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0963  poly(A) polymerase  46.85 
 
 
467 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4014  poly(A) polymerase  47.16 
 
 
484 aa  405  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0546071  normal  0.868909 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1775  polyA polymerase  50.72 
 
 
477 aa  399  1e-110  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1451  poly(A) polymerase  50.72 
 
 
497 aa  399  1e-110  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.584195  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0883  Poly(A) polymerase, PcnB  51.67 
 
 
401 aa  401  1e-110  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0632296  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1488  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  48.63 
 
 
423 aa  397  1e-109  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1495  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  48.63 
 
 
423 aa  397  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0195  polynucleotide adenyltransferase  50.64 
 
 
421 aa  394  1e-108  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0171  poly(A) polymerase  50.64 
 
 
394 aa  393  1e-108  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0677  poly(A) polymerase  52.02 
 
 
411 aa  381  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.34665  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3376  poly(A) polymerase  45.89 
 
 
443 aa  377  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  5.90256e-12  normal  0.326432 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0677  poly(A) polymerase  41.78 
 
 
512 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198476  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2050  poly(A) polymerase, PcnB  45.69 
 
 
462 aa  370  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.187335 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0882  poly(A) polymerase  45.63 
 
 
471 aa  369  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0744  poly(A) polymerase  43.02 
 
 
529 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0495763  normal  0.506624 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2627  poly(A) polymerase  43.07 
 
 
512 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0274  poly(A) polymerase  43.2 
 
 
518 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2491  poly(A) polymerase  43.3 
 
 
538 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.346096 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0652  poly(A) polymerase  43.84 
 
 
461 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3845  Poly(A) polymerase, PcnB  42.18 
 
 
512 aa  368  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.723142  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3955  Poly(A) polymerase  42.57 
 
 
529 aa  366  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0305826 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0727  poly(A) polymerase  43.2 
 
 
518 aa  365  1e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.476146  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0758  poly(A) polymerase  43.2 
 
 
518 aa  365  1e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0507  polyA polymerase  44.16 
 
 
515 aa  363  6e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1092  polyA polymerase  44.16 
 
 
515 aa  363  6e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3271  poly(A) polymerase  44.16 
 
 
515 aa  363  6e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.264957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3304  poly(A) polymerase  44.16 
 
 
515 aa  363  6e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2199  poly(A) polymerase  44.16 
 
 
515 aa  363  6e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.968524  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2320  polyA polymerase  44.16 
 
 
515 aa  363  6e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3314  polyA polymerase  44.16 
 
 
515 aa  363  6e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1314  polyA polymerase  44.19 
 
 
514 aa  362  7e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.283102  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2862  poly(A) polymerase  43.18 
 
 
521 aa  357  2e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.658276  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0228  poly(A) polymerase  48.08 
 
 
349 aa  356  6e-97  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0945359  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2456  poly(A) polymerase  42.82 
 
 
520 aa  355  1e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>