282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3930 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3930  cytidyltransferase-like protein  100 
 
 
130 aa  271  2e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3695  cytidyltransferase-like protein  80.77 
 
 
130 aa  225  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4205  glycerol-3-phosphate cytidyltransferase  63.08 
 
 
131 aa  181  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.680646  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0255  cytidyltransferase-like protein  61.9 
 
 
131 aa  180  5e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3377  cytidyltransferase-like protein  60.16 
 
 
131 aa  177  5e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3211  cytidyltransferase-like protein  64.52 
 
 
132 aa  175  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0295  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase, putative  68.5 
 
 
129 aa  171  4e-42  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1691  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  63.41 
 
 
132 aa  170  5e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0283743  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0301  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  53.12 
 
 
185 aa  132  1e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.675292  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1075  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  50.79 
 
 
167 aa  130  5e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00521191  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27890  Glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  45 
 
 
133 aa  110  7e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.90735  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2953  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  43.31 
 
 
131 aa  110  9e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1692  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  48.31 
 
 
133 aa  109  1e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0819  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  44.53 
 
 
187 aa  108  2e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.609533 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05830  Glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  44.63 
 
 
139 aa  108  2e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.871653  hitchhiker  0.000166463 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1533  cytidylyltransferase  46.09 
 
 
116 aa  108  3e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000327632  normal  0.335792 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1747  cytidyltransferase-related domain protein  42.98 
 
 
451 aa  107  5e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2003  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  45.38 
 
 
142 aa  107  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.10524 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1422  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  49.15 
 
 
151 aa  106  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5025  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  44.17 
 
 
144 aa  106  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.310334  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0300  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  46.67 
 
 
128 aa  106  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05910  cytidyltransferase-related enzyme  40.16 
 
 
464 aa  105  2e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  7.37737e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2321  cytidyltransferase-like protein  42.86 
 
 
143 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2588  cytidyltransferase-related domain protein  43.33 
 
 
447 aa  102  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0679  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  39.67 
 
 
132 aa  100  9e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0664  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  39.67 
 
 
132 aa  100  9e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0300  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  40 
 
 
132 aa  99  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14660  Glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  40 
 
 
127 aa  90.5  7e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0290332  decreased coverage  2.46532e-07 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0886  cytidyltransferase-related domain protein  41.13 
 
 
147 aa  89.4  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.626022 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1824  cytidyltransferase-related domain  40.62 
 
 
146 aa  89.7  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0257139  decreased coverage  0.00475018 
 
 
-
 
NC_002950  PG2068  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  38.58 
 
 
152 aa  88.6  3e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0113  cytidyltransferase-like protein  35 
 
 
139 aa  85.1  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0992  cytidyltransferase-related protein domain protein  39.84 
 
 
153 aa  84.7  4e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233885 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0245  cytidyltransferase-like protein  37.4 
 
 
512 aa  81.3  5e-15  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3788  bifunctional ADP-heptose synthase  37.21 
 
 
223 aa  79.3  1e-14  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3034  rfaE bifunctional protein  41.09 
 
 
161 aa  79  2e-14  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  1.05513e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1685  cytidyltransferase-like protein  36.36 
 
 
169 aa  77.8  4e-14  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1616  bifunctional ADP-heptose synthase  37.31 
 
 
163 aa  75.9  2e-13  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4994  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  33.33 
 
 
158 aa  75.5  2e-13  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.327738  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3466  rfaE bifunctional protein  37.88 
 
 
159 aa  74.7  3e-13  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02680  cytidyltransferase-related enzyme  36.8 
 
 
148 aa  74.3  5e-13  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0342  rfaE bifunctional protein  42.55 
 
 
172 aa  73.6  8e-13  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.699797 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4442  cytidyltransferase-related domain protein  38.21 
 
 
152 aa  72.4  2e-12  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.437739 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4553  rfaE bifunctional protein  34.85 
 
 
162 aa  71.6  3e-12  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.587181 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0146  cytidyltransferase-related domain protein  37.5 
 
 
495 aa  71.6  4e-12  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2639  rfaE bifunctional protein  36.43 
 
 
461 aa  71.2  4e-12  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0346  rfaE bifunctional protein  36.3 
 
 
185 aa  70.5  8e-12  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4011  transketolase  57.63 
 
 
73 aa  69.3  2e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1575  cytidyltransferase-related domain protein  35.9 
 
 
501 aa  68.6  3e-11  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.528601  normal  0.0217414 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0864  rfaE bifunctional protein  40 
 
 
487 aa  67.8  4e-11  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.848286  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2602  rfaE bifunctional protein  36.15 
 
 
170 aa  67.8  5e-11  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3395  rfaE bifunctional protein  34.88 
 
 
487 aa  67.4  7e-11  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1901  bifunctional ADP-heptose synthase  35.38 
 
 
179 aa  67  8e-11  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0730146  normal  0.846811 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0105  cytidyltransferase-like protein  40.82 
 
 
171 aa  66.6  1e-10  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_40163  predicted protein  32.54 
 
 
371 aa  66.2  1e-10  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.258243  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2277  rfaE bifunctional protein  34.33 
 
 
163 aa  66.6  1e-10  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4657  bifunctional ADP-heptose synthase  36.23 
 
 
161 aa  66.2  1e-10  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1282  putative ADP-heptose synthase  40 
 
 
490 aa  65.9  2e-10  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1486  cytidyltransferase-related domain protein  33.57 
 
 
170 aa  65.9  2e-10  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.895055  normal  0.966364 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0977  rfaE bifunctional protein  36.09 
 
 
491 aa  65.1  3e-10  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.673114  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2610  cytidyltransferase-related  42.22 
 
 
163 aa  65.1  3e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.248173  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11230  cytidyltransferase-related enzyme  35.11 
 
 
484 aa  65.1  3e-10  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.448325  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2791  cytidyltransferase-related domain protein  42.22 
 
 
163 aa  65.1  3e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3669  cytidyltransferase-related domain protein  39.36 
 
 
488 aa  65.5  3e-10  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.088026  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0922  D-beta-D-heptose 1-phosphate adenylyltransferase / D-alpha,beta-D-heptose 7-phosphate 1-kinase  37.89 
 
 
490 aa  65.1  3e-10  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.053941  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1813  rfaE bifunctional protein  39.06 
 
 
472 aa  64.7  4e-10  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2696  cytidyltransferase-related domain protein  42.22 
 
 
163 aa  64.7  4e-10  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0199265  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0487  rfaE bifunctional protein  41.84 
 
 
160 aa  64.7  4e-10  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0349421 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4229  cytidyltransferase-related protein  41.84 
 
 
160 aa  64.7  5e-10  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.204202 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33520  predicted protein  31.5 
 
 
337 aa  64.3  5e-10  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0371958  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0240  putative transferase protein  31.85 
 
 
159 aa  64.3  6e-10  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0577  udp-N-acetylglucosamine--n-acetylmuramyl- (pentapeptide)pyrophosphoryl -undecaprenol n-acetylglucosamine transferase (undecaprenyl-PP-MurNAc-pentapeptide-udpglcnac glcnactransferase)  36.64 
 
 
472 aa  64.3  6e-10  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.347278  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0201  rfaE bifunctional protein  40.82 
 
 
160 aa  63.9  6e-10  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0141  phosphoheptose isomerase/cytidylyltransferase  40.62 
 
 
358 aa  63.5  8e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3773  rfaE bifunctional protein  35.34 
 
 
482 aa  63.5  8e-10  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.889229  normal  0.588929 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0314  rfaE bifunctional protein  40.62 
 
 
358 aa  63.5  8e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000289381 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0786  bifunctional heptose 7-phosphate kinase/heptose 1-phosphate adenyltransferase  33.33 
 
 
481 aa  63.5  9e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1304  cytidyltransferase-like protein  39.13 
 
 
156 aa  63.5  9e-10  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.494614  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3211  rfaE bifunctional protein  38.95 
 
 
490 aa  63.5  9e-10  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.342523  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0244  bifunctional protein HldE  32.81 
 
 
468 aa  63.2  1e-09  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1969  rfaE bifunctional protein  37.27 
 
 
162 aa  63.2  1e-09  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0616  rfaE bifunctional protein  37.5 
 
 
163 aa  62.8  1e-09  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.584874  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0367  ADP-D-glycero-D-manno-heptose synthase  40.82 
 
 
161 aa  62.8  1e-09  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0870794  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0368  rfaE bifunctional protein  32.56 
 
 
162 aa  63.2  1e-09  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0238  cytidyltransferase-like protein  40.82 
 
 
161 aa  62.4  2e-09  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3207  cytidyltransferase-like protein  40.82 
 
 
161 aa  62.4  2e-09  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0444  aut protein  40.82 
 
 
161 aa  62.4  2e-09  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47822  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0425  aut protein  40.82 
 
 
161 aa  62.4  2e-09  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.121089  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0607  bifunctional ADP-heptose synthase  40.82 
 
 
161 aa  62.4  2e-09  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1355  cytidyltransferase-like protein  40.82 
 
 
161 aa  62.4  2e-09  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.29998  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3591  rfaE bifunctional protein  35.34 
 
 
488 aa  62.4  2e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00169311  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2613  bifunctional heptose 7-phosphate kinase/heptose 1-phosphate adenyltransferase  32.58 
 
 
502 aa  62.4  2e-09  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0100846  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2819  rfaE bifunctional protein  42.27 
 
 
161 aa  62.8  2e-09  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675163  normal  0.258332 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0072  cytidyltransferase-like protein  40.82 
 
 
161 aa  62.4  2e-09  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.41814  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2577  cytidyltransferase-like protein  41.11 
 
 
160 aa  61.6  3e-09  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.526786  normal  0.149536 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0596  rfaE bifunctional protein  35.11 
 
 
151 aa  61.6  3e-09  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0309  putative transferase protein  36.46 
 
 
166 aa  61.6  3e-09  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1676  rfaE bifunctional protein  37.61 
 
 
162 aa  62  3e-09  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0105  cytidyltransferase  40 
 
 
159 aa  61.6  4e-09  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.160832  normal  0.0164853 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0397  rfaE bifunctional protein  40.62 
 
 
160 aa  61.2  5e-09  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.32955  normal  0.0151006 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>