More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0367 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0367  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
68 aa  137  4e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.12569e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  73.53 
 
 
68 aa  104  5e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
71 aa  93.2  9e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  66.67 
 
 
68 aa  93.2  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  64.06 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
67 aa  89.4  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  64.71 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.46303e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.58 
 
 
67 aa  89  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 
83 aa  89.4  2e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  7.34957e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
67 aa  89  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  4.24325e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.06 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  62.12 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  2.97873e-14  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  54.41 
 
 
68 aa  88.2  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  57.58 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  62.5 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0926  cold-shock DNA-binding domain protein  61.43 
 
 
71 aa  88.2  4e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  1.57292e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.93 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.93 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  57.35 
 
 
68 aa  87.8  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.38 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
68 aa  87.4  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  1.01913e-11  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 
66 aa  87.4  6e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  65.08 
 
 
69 aa  87  7e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 
68 aa  87  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  1.06482e-14  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0526  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
70 aa  87  7e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0898507  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
67 aa  87  7e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
67 aa  87  7e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  1.63048e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60.29 
 
 
67 aa  87  7e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  60.66 
 
 
67 aa  87  7e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.09 
 
 
70 aa  87  7e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
68 aa  87  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  4.93488e-08  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
67 aa  87  8e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3156  cold shock-like transcription regulator protein  61.54 
 
 
67 aa  86.7  9e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.82157 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
68 aa  86.3  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  4.33441e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  65.57 
 
 
79 aa  86.7  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
94 aa  86.7  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
67 aa  86.7  1e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
67 aa  86.7  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 
68 aa  86.3  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
69 aa  86.7  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
68 aa  85.5  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.06 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215281  normal  0.985957 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  66.15 
 
 
70 aa  85.9  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.94 
 
 
77 aa  85.9  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1900  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.030523  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1310  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00171676  normal  0.537383 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  56.06 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5185  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  60.61 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  60.61 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  61.9 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  60.61 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  60.61 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  60.61 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  60.61 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  61.9 
 
 
69 aa  84.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  60.61 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  60.61 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  60.61 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5171  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
126 aa  85.1  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.515643  normal  0.7858 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  60.61 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  60.61 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  55.88 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
67 aa  84.7  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  1.57436e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  60.66 
 
 
68 aa  85.1  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  60.61 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  60.61 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
65 aa  84.7  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.58 
 
 
67 aa  84.3  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  59.09 
 
 
70 aa  84.7  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
65 aa  84.7  4e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  1.41015e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2676  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  2.56327e-06  unclonable  1.4308e-18 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  59.09 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  60.61 
 
 
70 aa  84.3  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>