More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0565 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
412 aa  781    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  77.67 
 
 
412 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  77.91 
 
 
412 aa  594  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.91 
 
 
417 aa  280  4e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.59 
 
 
430 aa  248  1e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.63 
 
 
422 aa  213  3.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.92 
 
 
409 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.71 
 
 
434 aa  182  1e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  31.31 
 
 
433 aa  176  6e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.44 
 
 
443 aa  176  6e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  33.13 
 
 
431 aa  172  1e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.87 
 
 
345 aa  151  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.27 
 
 
368 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  37.46 
 
 
371 aa  143  4e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  32.6 
 
 
454 aa  142  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.58 
 
 
346 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  39.5 
 
 
358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.21 
 
 
326 aa  132  1.0000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.45 
 
 
345 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  44.29 
 
 
448 aa  125  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.29 
 
 
448 aa  125  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.6 
 
 
456 aa  124  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.12 
 
 
346 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.4 
 
 
450 aa  123  5e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.56 
 
 
400 aa  122  8e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  45.64 
 
 
347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.77 
 
 
342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  45.64 
 
 
346 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
491 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.67 
 
 
339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.85 
 
 
342 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.02 
 
 
524 aa  114  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.38 
 
 
453 aa  114  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.21 
 
 
377 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  44.57 
 
 
462 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.55 
 
 
347 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.75 
 
 
492 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.69 
 
 
468 aa  106  7e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.66 
 
 
446 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.37 
 
 
390 aa  103  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.16 
 
 
440 aa  103  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.11 
 
 
464 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.11 
 
 
464 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1352  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.34 
 
 
320 aa  102  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.150129  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  37.61 
 
 
455 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.39 
 
 
344 aa  100  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.8 
 
 
325 aa  101  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0437  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.38 
 
 
349 aa  101  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203685  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  38.57 
 
 
445 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  42.04 
 
 
284 aa  100  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.59 
 
 
445 aa  97.8  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4508  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.87 
 
 
319 aa  97.4  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.493535  normal  0.0950687 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.48 
 
 
442 aa  97.1  5e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
429 aa  97.1  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.16 
 
 
449 aa  97.1  6e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.9 
 
 
509 aa  96.7  7e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.75 
 
 
439 aa  96.3  8e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  31.16 
 
 
449 aa  96.3  9e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.86 
 
 
335 aa  96.3  9e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  34.38 
 
 
455 aa  95.9  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1208  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.86 
 
 
438 aa  95.9  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.429523  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  37.63 
 
 
458 aa  95.1  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.79 
 
 
321 aa  94.4  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.06 
 
 
326 aa  94  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  38.52 
 
 
442 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  30.56 
 
 
431 aa  93.6  5e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  30.95 
 
 
431 aa  93.6  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.57 
 
 
426 aa  94  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  31.58 
 
 
321 aa  93.6  6e-18  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0957  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.86 
 
 
377 aa  93.6  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.56 
 
 
390 aa  93.2  7e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.68 
 
 
319 aa  93.2  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  37.39 
 
 
471 aa  92.4  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.62 
 
 
427 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.78 
 
 
335 aa  92.4  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.379803  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.46 
 
 
440 aa  92.8  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.56 
 
 
427 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.07 
 
 
459 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  34.84 
 
 
434 aa  91.7  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.85 
 
 
427 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  26.83 
 
 
484 aa  91.7  2e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.25 
 
 
454 aa  92  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0581  ATP/GTP hydrolase  32.92 
 
 
330 aa  90.9  3e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4424  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.05 
 
 
455 aa  90.5  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.706573 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.25 
 
 
521 aa  89.7  7e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.71 
 
 
438 aa  89.4  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0845  PP-loop  40.86 
 
 
323 aa  89.4  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.985439  hitchhiker  0.00439343 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.34 
 
 
472 aa  89.4  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0504  tRNA(Ile)-lysidine synthase  29.28 
 
 
331 aa  89.4  1e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.58 
 
 
436 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.934648 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
430 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0614  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.92 
 
 
341 aa  88.6  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.25 
 
 
456 aa  88.6  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.68 
 
 
430 aa  87.8  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4939  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.67 
 
 
308 aa  88.2  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.457595 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.53 
 
 
475 aa  87.4  4e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.723741  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.91 
 
 
430 aa  87.4  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.12 
 
 
442 aa  87.4  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2323  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.84 
 
 
347 aa  87.4  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368291  hitchhiker  0.0000894002 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.91 
 
 
430 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>