163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0339 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0339  regulatory protein, FmdB family  100 
 
 		 113 aa  218  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0354  regulatory protein, FmdB family  91.15 
 
 		 113 aa  145  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.379758  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0464  hypothetical protein  88.61 
 
 		 112 aa  144  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0376  hypothetical protein  69.3 
 
 		 109 aa  134  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0558  hypothetical protein  75.86 
 
 		 112 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6054  hypothetical protein  82.19 
 
 		 115 aa  128  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2115  FmdB transcriptional regulator  86.11 
 
 		 117 aa  128  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.633311  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2727  FmdB family regulatory protein  86.11 
 
 		 117 aa  128  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0305194  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2754  FmdB family regulatory protein  86.11 
 
 		 117 aa  128  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0326543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0379  FmdB family regulatory protein  75 
 
 		 114 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.42078 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0850  regulatory protein  79.45 
 
 		 113 aa  124  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.172615  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2754  hypothetical protein  79.45 
 
 		 113 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.82151  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2324  hypothetical protein  79.45 
 
 		 113 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0673  hypothetical protein  79.45 
 
 		 113 aa  124  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.295597  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0689  hypothetical protein  79.45 
 
 		 113 aa  124  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471349  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2404  hypothetical protein  79.45 
 
 		 113 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2778  FmdB family regulatory protein  83.58 
 
 		 111 aa  123  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2645  FmdB family regulatory protein  83.58 
 
 		 111 aa  123  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.596631  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0654  regulatory protein, FmdB family  62.24 
 
 		 125 aa  122  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0864  hypothetical protein  69.05 
 
 		 121 aa  121  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.115967 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1324  FmdB family regulatory protein  75.95 
 
 		 114 aa  121  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811436 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1068  hypothetical protein  51.56 
 
 		 128 aa  121  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0572  FmdB family regulatory protein  85.48 
 
 		 107 aa  120  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.13841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0785  FmdB family regulatory protein  77.94 
 
 		 120 aa  119  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4045  hypothetical protein  76.81 
 
 		 133 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.859174  normal  0.576471 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1295  hypothetical protein  85.25 
 
 		 113 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.30554  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0437  hypothetical protein  90 
 
 		 157 aa  116  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4124  regulatory protein, FmdB family  84.13 
 
 		 112 aa  114  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0599881  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0872  FmdB family regulatory protein  85 
 
 		 105 aa  114  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.616078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0801  regulatory protein, FmdB family  85 
 
 		 90 aa  113  7.999999999999999e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3639  FmdB family regulatory protein  84.75 
 
 		 105 aa  113  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5455  FmdB family regulatory protein  81.67 
 
 		 105 aa  110  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4011  FmdB family regulatory protein  59.29 
 
 		 108 aa  109  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000161768 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0229  FmdB family regulatory protein  66.13 
 
 		 99 aa  103  9e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0636  hypothetical protein  61.84 
 
 		 83 aa  102  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108864  normal  0.992354 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1172  regulatory protein, FmdB family  63.16 
 
 		 87 aa  102  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.884251  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0601  type I antifreeze protein  59.55 
 
 		 97 aa  101  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1777  hypothetical protein  66.67 
 
 		 92 aa  99.4  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0440  hypothetical protein  70.97 
 
 		 86 aa  98.6  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0301  hypothetical protein  40 
 
 		 108 aa  95.1  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298186  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0428  hypothetical protein  49.28 
 
 		 91 aa  92.4  2e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.575896  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1745  FmdB family regulatory protein  49.28 
 
 		 91 aa  92.4  2e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.195874  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4412  hypothetical protein  62.3 
 
 		 73 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0167731  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36740  regulatory protein, FmdB family  61.29 
 
 		 88 aa  91.3  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0912  hypothetical protein  59.68 
 
 		 78 aa  90.1  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  2.32009e-16  decreased coverage  0.0000000881745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0055  hypothetical protein  62.9 
 
 		 85 aa  90.1  9e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130554  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1142  regulatory protein, FmdB family  52.44 
 
 		 95 aa  90.1  9e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0056  regulatory protein, FmdB family  62.9 
 
 		 85 aa  90.1  9e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00717185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1241  FmdB family regulatory protein  62.3 
 
 		 73 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2782  FmdB family regulatory protein  62.9 
 
 		 63 aa  89  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155022  normal  0.0575706 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1212  hypothetical protein  60.66 
 
 		 73 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4206  FmdB family regulatory protein  60.66 
 
 		 73 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.384212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4003  FmdB family regulatory protein  62.3 
 
 		 73 aa  87  7e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2386  hypothetical protein  40.71 
 
 		 83 aa  86.3  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.954945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0512  regulatory protein, FmdB family  59.32 
 
 		 94 aa  85.9  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1432  hypothetical protein  47.83 
 
 		 104 aa  84.7  4e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1552  hypothetical protein  47.83 
 
 		 104 aa  84.7  4e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2229  FmdB family regulatory protein  54.84 
 
 		 113 aa  83.6  8e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1843  hypothetical protein  50 
 
 		 85 aa  80.9  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00987876  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01549  putative regulatory protein, FmdB family  57.63 
 
 		 97 aa  79  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1970  hypothetical protein  52.63 
 
 		 81 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0195  regulatory protein, FmdB family  52.54 
 
 		 81 aa  73.6  0.0000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2555  FmdB family regulatory protein  48 
 
 		 85 aa  72.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0169359  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0863  hypothetical protein  48.53 
 
 		 83 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.574225  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1038  FmdB family regulatory protein  40 
 
 		 90 aa  72.4  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000617496  unclonable  0.00000827491 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6324  regulatory protein, FmdB family  41.58 
 
 		 108 aa  72.8  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3821  FmdB family regulatory protein  42.53 
 
 		 89 aa  72  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268528  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2798  regulatory protein, FmdB family  50 
 
 		 88 aa  71.2  0.000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.821801  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0548  FmdB family regulatory protein  44.44 
 
 		 88 aa  71.6  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000145953  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2815  regulatory protein, FmdB family  56.67 
 
 		 86 aa  71.2  0.000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.640652  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0686  FmdB family regulatory protein  48.57 
 
 		 128 aa  70.5  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.249873 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0204  regulatory protein, FmdB family  50 
 
 		 81 aa  70.1  0.000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0297929 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16440  putative regulatory protein, FmdB family  55.93 
 
 		 92 aa  70.1  0.00000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.324116  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2036  hypothetical protein  52.54 
 
 		 95 aa  70.1  0.00000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000459423  normal  0.717478 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0742  FmdB family regulatory protein  47.22 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.105899  normal  0.441026 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3272  regulatory protein, FmdB family  44.9 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.248123  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1094  FmdB transcriptional regulator  47.67 
 
 		 89 aa  68.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.176161  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2661  hypothetical protein  47.37 
 
 		 82 aa  68.6  0.00000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2392  regulatory protein, FmdB family  50.82 
 
 		 85 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1163  hypothetical protein  42.25 
 
 		 83 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.62411e-16  hitchhiker  0.00947496 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0034  type I antifreeze protein  44.62 
 
 		 99 aa  66.6  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.080792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0161  FmdB family regulatory protein  42.03 
 
 		 102 aa  66.6  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.740481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0509  regulatory protein, FmdB family  43.84 
 
 		 73 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000024131  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1168  FmdB family regulatory protein  42.11 
 
 		 82 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000232466  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2573  regulatory protein, FmdB family  47.62 
 
 		 86 aa  66.2  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000135331 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0902  regulatory protein, FmdB family  54.39 
 
 		 111 aa  65.9  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5267  regulatory protein, FmdB family  36.27 
 
 		 118 aa  63.9  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.471797 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2391  regulatory protein, FmdB family  50 
 
 		 109 aa  63.9  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.873408  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2303  regulatory protein, FmdB family  50 
 
 		 109 aa  63.9  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0327558  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2539  hypothetical protein  42.53 
 
 		 85 aa  63.5  0.0000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.36204e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0219  regulatory protein, FmdB family  43.68 
 
 		 91 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.530805  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0208  regulatory protein, FmdB family  43.68 
 
 		 91 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0196  hypothetical protein  44.19 
 
 		 91 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0838449  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1727  regulatory protein, FmdB family  44.62 
 
 		 85 aa  62.4  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0359754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8652  putative regulatory protein, FmdB family  49.12 
 
 		 115 aa  62.4  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0488  regulatory protein, FmdB family  39.73 
 
 		 107 aa  62.4  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.813132  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4042  hypothetical protein  45.45 
 
 		 125 aa  62  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2866  FmdB family regulatory protein  42.86 
 
 		 81 aa  61.6  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0787  FmdB family regulatory protein  46.77 
 
 		 93 aa  61.6  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1561  hypothetical protein  46.3 
 
 		 104 aa  60.5  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.266221  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>