258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1307 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1307  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  100 
 
 
212 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1205  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  89.62 
 
 
212 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.692006 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1389  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  86.79 
 
 
212 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1136  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  84.98 
 
 
213 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.356422 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2463  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  81.48 
 
 
216 aa  363  1e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0765  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  81.69 
 
 
213 aa  355  3e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0705195  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0622  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  77.46 
 
 
213 aa  339  2e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.318337  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2478  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  63.98 
 
 
213 aa  288  3e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12705  normal  0.1751 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0509  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  63.05 
 
 
206 aa  285  5e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.069325  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0634  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  64.53 
 
 
206 aa  282  2e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.119469 
 
 
-
 
NC_004310  BR0416  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  64 
 
 
208 aa  279  2e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.867273  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0594  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  64.04 
 
 
206 aa  277  7e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0424  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  63.5 
 
 
208 aa  277  8e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0724  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  61.79 
 
 
209 aa  274  8e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.690849  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1026  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  61.27 
 
 
206 aa  273  1e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.392091  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0531  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  61.81 
 
 
216 aa  270  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1088  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  64.53 
 
 
204 aa  270  1e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0857  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  64.58 
 
 
222 aa  259  2e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1108  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  62.83 
 
 
208 aa  254  7e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.536628  normal  0.458712 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0394  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  59.7 
 
 
215 aa  253  2e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.17512  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1068  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  58.02 
 
 
210 aa  251  6e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326405  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0678  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  57.73 
 
 
213 aa  244  7e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.595144  normal  0.101223 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2627  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  57.65 
 
 
201 aa  236  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752106  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2100  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  58.96 
 
 
210 aa  237  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00869837 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0790  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  58.29 
 
 
208 aa  235  3e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.150003 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0654  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  60.1 
 
 
216 aa  234  5e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.273077  normal  0.151538 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1311  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.86 
 
 
233 aa  232  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279184  normal  0.369294 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3947  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.77 
 
 
207 aa  221  8e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.932005 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0829  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.5 
 
 
212 aa  219  2e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0885  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56.7 
 
 
193 aa  218  6e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4664  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.31 
 
 
214 aa  214  1e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.187726 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4754  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.41 
 
 
200 aa  213  2e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.1157  normal  0.0209318 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4295  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.81 
 
 
214 aa  213  2e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0048  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.93 
 
 
203 aa  208  5e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892754  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4813  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.28 
 
 
214 aa  207  9e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.134817  normal  0.171584 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3130  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.4 
 
 
218 aa  206  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  0.139192 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2372  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.21 
 
 
229 aa  202  4e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0186  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.52 
 
 
213 aa  200  1e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.626116  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0155  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.96 
 
 
211 aa  199  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.923059  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1067  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.36 
 
 
211 aa  196  3e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0659  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.3 
 
 
214 aa  194  8e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0194138  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2494  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.3 
 
 
214 aa  194  8e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00659427  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0359  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.3 
 
 
214 aa  194  8e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0016328  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0107  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.3 
 
 
214 aa  194  8e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  2.3808e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1789  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52 
 
 
201 aa  194  8e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00011634  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1148  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.72 
 
 
201 aa  194  1e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  1.48678e-10  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1052  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.52 
 
 
200 aa  193  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1020  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.48 
 
 
200 aa  192  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.137721  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0717  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.81 
 
 
265 aa  192  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  9.6585e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0901  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.78 
 
 
214 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.901665  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0904  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.78 
 
 
214 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0158513  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2345  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.48 
 
 
200 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1061  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.78 
 
 
214 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.040983  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02183  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.6 
 
 
199 aa  192  4e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0332  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.12 
 
 
211 aa  191  9e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.207205 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1509  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.94 
 
 
214 aa  190  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.01004e-05 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2487  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.77 
 
 
214 aa  189  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.262881 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2616  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.77 
 
 
214 aa  189  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5900  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.48 
 
 
214 aa  189  3e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.495337 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0741  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.21 
 
 
213 aa  189  3e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.643542  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2475  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.24 
 
 
206 aa  188  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.102902  normal  0.0239297 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3221  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.69 
 
 
213 aa  188  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110352  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2592  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.23 
 
 
214 aa  188  6e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.984906 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3033  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.48 
 
 
199 aa  188  6e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.312491  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1053  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.16 
 
 
217 aa  187  8e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0728  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.74 
 
 
214 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0423  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.17 
 
 
211 aa  186  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.190408  normal  0.079885 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1957  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.72 
 
 
214 aa  185  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.414052  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0787  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.44 
 
 
212 aa  185  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.109615  normal  0.222265 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0858  pyridoxamine-phosphate oxidase  51.31 
 
 
220 aa  185  4e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.911658  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2568  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.72 
 
 
214 aa  185  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0767  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.96 
 
 
212 aa  184  1e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.127871 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0514  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.37 
 
 
212 aa  184  1e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.439872  normal  0.298122 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4533  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.77 
 
 
202 aa  182  2e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.387891  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0717  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.92 
 
 
212 aa  182  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0663  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.33 
 
 
211 aa  182  3e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0835  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.89 
 
 
239 aa  182  3e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1436  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.62 
 
 
215 aa  182  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2931  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.94 
 
 
224 aa  182  4e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0557  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.3 
 
 
214 aa  181  6e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.365319  normal  0.0595481 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0612  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.85 
 
 
199 aa  181  8e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.692449  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1988  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50 
 
 
196 aa  181  9e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000145695  normal  0.0355751 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1895  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.31 
 
 
217 aa  181  9e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.85169  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0778  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.6 
 
 
218 aa  179  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0628  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.6 
 
 
218 aa  179  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1850  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.59 
 
 
214 aa  178  5e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.239685  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0815  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.91 
 
 
212 aa  177  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.554957  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2803  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.45 
 
 
225 aa  177  8e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00595972  normal  0.551671 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3713  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.95 
 
 
226 aa  177  9e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.589399  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50800  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.69 
 
 
215 aa  177  9e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00587779 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0521  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.15 
 
 
214 aa  177  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  hitchhiker  0.00802215 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0693  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.32 
 
 
199 aa  177  1e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.73499  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2642  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.15 
 
 
212 aa  176  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0886  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.27 
 
 
214 aa  175  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2888  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.89 
 
 
210 aa  175  5e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.877962  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4331  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.67 
 
 
215 aa  174  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262405  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8786  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.43 
 
 
231 aa  174  9e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.829271 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1243  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.43 
 
 
213 aa  174  9e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0527508 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2893  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.55 
 
 
213 aa  174  1e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0957  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.89 
 
 
212 aa  172  2e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>