26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4308 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4308  hypothetical protein  100 
 
 		 702 aa  1440    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0554257  normal  0.0504363 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0684  hypothetical protein  22.7 
 
 		 673 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.093919  hitchhiker  0.000000000000985329 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3853  hypothetical protein  25.38 
 
 		 662 aa  93.2  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000936749  normal  0.0170599 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0529  hypothetical protein  38.28 
 
 		 609 aa  79.3  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.320462  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2202  DNA mismatch repair ATPase-like protein  23.91 
 
 		 651 aa  72  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.000849326  normal  0.525867 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1182  hypothetical protein  36.36 
 
 		 671 aa  71.6  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0023926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4048  histidine kinase  25.57 
 
 		 773 aa  61.2  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.219479  normal  0.803154 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1643  hypothetical protein  36.03 
 
 		 361 aa  58.5  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1575  histidine kinase  34.19 
 
 		 684 aa  56.6  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.0000414678  decreased coverage  0.0000074807 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0961  hypothetical protein  32.76 
 
 		 587 aa  56.6  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.598783  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0504  signal transduction protein, histidine kinase  30.4 
 
 		 997 aa  56.2  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.284164  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3783  histidine kinase  30.09 
 
 		 946 aa  54.3  0.000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.377863  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4625  histidine kinase  31.67 
 
 		 756 aa  53.9  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.402141 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2441  histidine kinase  28.48 
 
 		 674 aa  52.8  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.459087  unclonable  0.00000000106284 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3436  hypothetical protein  27.43 
 
 		 667 aa  52.8  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1455  hypothetical protein  28.31 
 
 		 860 aa  52.4  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.316955 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0079  histidine kinase  31.03 
 
 		 987 aa  50.4  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.217254  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0268  histidine kinase  24.58 
 
 		 738 aa  49.3  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1181  histidine kinase  26.23 
 
 		 719 aa  50.1  0.0002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.798724  normal  0.0930045 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2565  histidine kinase  24.59 
 
 		 796 aa  49.3  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3949  histidine kinase  30.11 
 
 		 679 aa  48.9  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4222  hypothetical protein  26.57 
 
 		 640 aa  47.4  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1495  ATP-binding region, ATPase-like  28.26 
 
 		 580 aa  46.6  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.121503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0109  hypothetical protein  19.91 
 
 		 672 aa  46.2  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2091  hypothetical protein  22.36 
 
 		 642 aa  46.2  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1589  hypothetical protein  30.43 
 
 		 698 aa  44.7  0.006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.242692  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>